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- EMDB-2821: Negative stain electron microscopy reconstruction of an intact Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2821
タイトルNegative stain electron microscopy reconstruction of an intact Phycobilisome.
マップデータNegative stain electron microscopy reconstruction of the intact Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.
試料
  • 試料: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.フィコビリソーム
  • タンパク質・ペプチド: Phycobilisomeフィコビリソーム
キーワードlight-harvesting antennae / photosynthesis (光合成)
生物種Anabaena (アナベナ)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Chang L / Liu X / Li Y / Liu CC / Yang F / Zhao J / Sui SF
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2015
タイトル: Structural organization of an intact phycobilisome and its association with photosystem II.
著者: Leifu Chang / Xianwei Liu / Yanbing Li / Cui-Cui Liu / Fan Yang / Jindong Zhao / Sen-Fang Sui /
要旨: Phycobilisomes (PBSs) are light-harvesting antennae that transfer energy to photosynthetic reaction centers in cyanobacteria and red algae. PBSs are supermolecular complexes composed of ...Phycobilisomes (PBSs) are light-harvesting antennae that transfer energy to photosynthetic reaction centers in cyanobacteria and red algae. PBSs are supermolecular complexes composed of phycobiliproteins (PBPs) that bear chromophores for energy absorption and linker proteins. Although the structures of some individual components have been determined using crystallography, the three-dimensional structure of an entire PBS complex, which is critical for understanding the energy transfer mechanism, remains unknown. Here, we report the structures of an intact PBS and a PBS in complex with photosystem II (PSII) from Anabaena sp. strain PCC 7120 using single-particle electron microscopy in combination with biochemical and molecular analyses. In the PBS structure, all PBP trimers and the conserved linker protein domains were unambiguously located, and the global distribution of all chromophores was determined. We provide evidence that ApcE and ApcF are critical for the formation of a protrusion at the bottom of PBS, which plays an important role in mediating PBS interaction with PSII. Our results provide insights into the molecular architecture of an intact PBS at different assembly levels and provide the basis for understanding how the light energy absorbed by PBS is transferred to PSII.
履歴
登録2014年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2015年6月3日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2821.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain electron microscopy reconstruction of the intact Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-10.72281265 - 14.158310889999999
平均 (標準偏差)0.03494628 (±0.81071824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-90
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 802.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.464.464.46
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z802.800802.800802.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-90-90-90
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-10.72314.1580.035

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.

全体名称: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.フィコビリソーム
要素
  • 試料: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.フィコビリソーム
  • タンパク質・ペプチド: Phycobilisomeフィコビリソーム

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超分子 #1000: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120.

超分子名称: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120. / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 6 MDa

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分子 #1: Phycobilisome

分子名称: Phycobilisome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Anabaena (アナベナ)
分子量理論値: 6 MDa

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 0.8 M K/Na-PO4
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2011年6月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 32966

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1b33

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1jbo

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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