[日本語] English
万見
- EMDB-28013: Cryo-EM structure of the Glutaminase C core filament (fGAC) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28013
タイトルCryo-EM structure of the Glutaminase C core filament (fGAC)
マップデータLocal refinement, after helical refinement with D2 symmetry expansion
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩
キーワードMitochondria (ミトコンドリア) / Filament / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性グルタミナーゼ / Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ambrosio AL / Dias SM / Quesnay JE / Portugal RV / Cassago A / van Heel MG / Islam Z / Rodrigues CT
資金援助 ブラジル, 1件
OrganizationGrant number国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/11766-5 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism of glutaminase activation through filamentation and the role of filaments in mitophagy protection.
著者: Douglas Adamoski / Marilia Meira Dias / Jose Edwin Neciosup Quesñay / Zhengyi Yang / Ievgeniia Zagoriy / Anna M Steyer / Camila Tanimoto Rodrigues / Alliny Cristiny da Silva Bastos / Bianca ...著者: Douglas Adamoski / Marilia Meira Dias / Jose Edwin Neciosup Quesñay / Zhengyi Yang / Ievgeniia Zagoriy / Anna M Steyer / Camila Tanimoto Rodrigues / Alliny Cristiny da Silva Bastos / Bianca Novaes da Silva / Renna Karoline Eloi Costa / Flávia Mayumi Odahara de Abreu / Zeyaul Islam / Alexandre Cassago / Marin Gerard van Heel / Sílvio Roberto Consonni / Simone Mattei / Julia Mahamid / Rodrigo Villares Portugal / Andre Luis Berteli Ambrosio / Sandra Martha Gomes Dias /
要旨: Glutaminase (GLS), which deaminates glutamine to form glutamate, is a mitochondrial tetrameric protein complex. Although inorganic phosphate (Pi) is known to promote GLS filamentation and activation, ...Glutaminase (GLS), which deaminates glutamine to form glutamate, is a mitochondrial tetrameric protein complex. Although inorganic phosphate (Pi) is known to promote GLS filamentation and activation, the molecular basis of this mechanism is unknown. Here we aimed to determine the molecular mechanism of Pi-induced mouse GLS filamentation and its impact on mitochondrial physiology. Single-particle cryogenic electron microscopy revealed an allosteric mechanism in which Pi binding at the tetramer interface and the activation loop is coupled to direct nucleophile activation at the active site. The active conformation is prone to enzyme filamentation. Notably, human GLS filaments form inside tubulated mitochondria following glutamine withdrawal, as shown by in situ cryo-electron tomography of cells thinned by cryo-focused ion beam milling. Mitochondria with GLS filaments exhibit increased protection from mitophagy. We reveal roles of filamentous GLS in mitochondrial morphology and recycling.
履歴
登録2022年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28013.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement, after helical refinement with D2 symmetry expansion
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-5.1829495 - 8.758822
平均 (標準偏差)-0.0005444609 (±0.15703604)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_28013_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_28013_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate

全体名称: Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩

-
超分子 #1: Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate

超分子名称: Glutaminase C filament, bound to inorganic phosphate
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Matrix
分子量理論値: 0.53 kDa/nm

-
分子 #1: Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

分子名称: Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: グルタミナーゼ
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 53.326961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMVAAGDN KIKQGLLPSL EDLLFYTIAE GQEKIPVHKF ITALKSTGLR TSDPRLKECM DMLRLTLQTT SDGVMLDKDL FKKCVQSNI VLLTQAFRRK FVIPDFMSFT SHIDELYESA KKQSGGKVAD YIPQLAKFSP DLWGVSVCTV DGQRHSIGDT K VPFCLQSC ...文字列:
GSHMVAAGDN KIKQGLLPSL EDLLFYTIAE GQEKIPVHKF ITALKSTGLR TSDPRLKECM DMLRLTLQTT SDGVMLDKDL FKKCVQSNI VLLTQAFRRK FVIPDFMSFT SHIDELYESA KKQSGGKVAD YIPQLAKFSP DLWGVSVCTV DGQRHSIGDT K VPFCLQSC VKPLKYAIAV NDLGTEYVHR YVGKEPSGLR FNKLFLNEDD KPHNPMVNAG AIVVTSLIKQ GVNNAEKFDY VM QFLNKMA GNEYVGFSNA TFQSERESGD RNFAIGYYLK EKKCFPEGTD MVGILDFYFQ LCSIEVTCES ASVMAATLAN GGF CPITGE RVLSPEAVRN TLSLMHSCGM YDFSGQFAFH VGLPAKSGVA GGILLVVPNV MGMMCWSPPL DKMGNSVKGI HFCH DLVSL CNFHNYDNLR HFAKKLDPRR EGGDQRHSFG PLDYESLQQE LALKDTVWKK VSPESSDDTS TTVVYRMESL GERS

UniProtKB: Isoform 2 of Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

-
分子 #2: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
50.0 mMTRIS-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTris hydrochloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
20.0 mMK2HPO4Dipotassium hydrogen phosphate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細In the presence of phosphate, GAC polymerizes and becomes polydisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 倍率（補正後）: 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 422097
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3ss3


詳細: One monomer was used for docking eight copies
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 229037
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ss3


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 128-674 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細run = *minimization_global *rigid_body local_grid_search *adp *occupancy *nqh_flips
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 162.1 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-8ec6:
Cryo-EM structure of the Glutaminase C core filament (fGAC)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る