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- EMDB-2683: Mammalian 80S-HCV-IRES initiation complex with eIF5B POST-like state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2683
タイトルMammalian 80S-HCV-IRES initiation complex with eIF5B POST-like state
マップデータMammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B POST-like state
試料
  • 試料: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • RNA: tRNA転移RNA
  • RNA: HCV-IRES
  • タンパク質・ペプチド: eIF5B
キーワードribosome (リボソーム) / translation initiation / Hepatitis C Virus internal ribosome entry site / eukaryotic initiation factor 5B
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain ...Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 5B / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Hepatitis C virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Yamamoto H / Unbehaun A / Loerke J / Behrmann E / Collier M / Marianne C / Burger J / Mielke T / Spahn CMT
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian 80S initiation complex with initiation factor 5B on HCV-IRES RNA.
著者: Hiroshi Yamamoto / Anett Unbehaun / Justus Loerke / Elmar Behrmann / Marianne Collier / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn /
要旨: The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the ...The universally conserved eukaryotic initiation factor (eIF) 5B, a translational GTPase, is essential for canonical translation initiation. It is also required for initiation facilitated by the internal ribosomal entry site (IRES) of hepatitis C virus (HCV) RNA. eIF5B promotes joining of 60S ribosomal subunits to 40S ribosomal subunits bound by initiator tRNA (Met-tRNAi(Met)). However, the exact molecular mechanism by which eIF5B acts has not been established. Here we present cryo-EM reconstructions of the mammalian 80S-HCV-IRES-Met-tRNAi(Met)-eIF5B-GMPPNP complex. We obtained two substates distinguished by the rotational state of the ribosomal subunits and the configuration of initiator tRNA in the peptidyl (P) site. Accordingly, a combination of conformational changes in the 80S ribosome and in initiator tRNA facilitates binding of the Met-tRNAi(Met) to the 60S P site and redefines the role of eIF5B as a tRNA-reorientation factor.
履歴
登録2014年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月9日-
マップ公開2014年7月30日-
更新2016年1月27日-
現状2016年1月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 2700
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

image-for-EM...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B POST-like state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.26 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 2700.0 / ムービー #1: 2700
最小 - 最大-4370.860839840000153 - 12450.331054689999291
平均 (標準偏差)-6.03156137 (±1022.399963380000031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-180-180-179
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.261.261.26
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.600453.600453.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-180-180-179
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-180-180-179
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-4370.86112450.331-6.032

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B;...

全体名称: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state
要素
  • 試料: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
  • RNA: tRNA転移RNA
  • RNA: HCV-IRES
  • タンパク質・ペプチド: eIF5B

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超分子 #1000: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B;...

超分子名称: Mammalian translation initiation 80S HCV-IRES complex with eIF5B; POST-like state
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4
分子量理論値: 4.8 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: reticulocyte lysate
分子量理論値: 4.5 MDa

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分子 #1: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit
分子量理論値: 2.5 KDa

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分子 #3: HCV-IRES

分子名称: HCV-IRES / タイプ: rna / ID: 3 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: Hepatitis C virus (ウイルス) / 別称: HCV
分子量理論値: 162 KDa
配列文字列: GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG ...文字列:
GCCAGCCCCC UGAUGGGGGC GACACUCCAC CAUGAAUCAC UCCCCUGUGA GGAACUACUG UCUUCACGCA GAAAGCGUCU AGCCAUGGCG UUAGUAUGAG UGUCGUGCAG CCUCCAGGAC CCCCCCUCCC GGGAGAGCCA UAGUGGUCUG CGGAACCGGU GAGUACACCG GAAUUGCCAG GACGACCGGG UCCUUUCUUG GAUAAACCCG CUCAAUGCCU GGAGAUUUGG GCGUGCCCCC GCAAGACUGC UAGCCGAGUA GUGUUGGGUC GCGAAAGGCC UUGUGGUACU GCCUGAUAGG GUGCUUGCGA GUGCCCCGGG AGGUCUCGUA GACCGUGCAC CAUGAGCACG AAUCCUAAAC CUCAAAGAAA AACCAAACGU AACACCAACC GUCGCCCACA GGACGUCAAG UUCCCGGGUG GCGGUCUAGA CGCCGAGAUC AGAAAUCCCU CUCUCGGAUC GCAUUUGGAC UUCUGCCUUC GGGCACCACG GUCGGAUCCG AAUU

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分子 #2: eIF5B

分子名称: eIF5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: rabbit / 組織: reticulocyte lysate
分子量理論値: 160 KDa
配列UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 5B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20mM Tris-HCl, 5mM MgCl2, 100mM KCl, 0.2mM spermidine, 2mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: blot for 2-4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 194805 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 115000
試料ステージ試料ホルダー: Cartridge system, LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 115,000 times magnification
詳細automated data collection using Leginon
日付2012年12月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 22287 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Automated data collection on using Leginon / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: spider, sparx / 使用した粒子像数: 541570

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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