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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26156 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human reduced folate carrier | ||||||||||||
マップデータ | sharpened full map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / folate transmembrane transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate import across plasma membrane / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / organic anion transport ...folic acid transmembrane transporter activity / folate:monoatomic anion antiporter activity / methotrexate transport / folate transmembrane transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folic acid transport / folate import across plasma membrane / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / organic anion transport / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / xenobiotic transmembrane transport / organic anion transmembrane transporter activity / Metabolism of folate and pterines / antiporter activity / folic acid binding / folic acid metabolic process / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / female pregnancy / brush border membrane / basolateral plasma membrane / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / apical plasma membrane / heme binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wright NJ / Fedor JG / Lee S-Y | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Methotrexate recognition by the human reduced folate carrier SLC19A1. 著者: Nicholas J Wright / Justin G Fedor / Han Zhang / Pyeonghwa Jeong / Yang Suo / Jiho Yoo / Jiyong Hong / Wonpil Im / Seok-Yong Lee / 要旨: Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during ...Folates are essential nutrients with important roles as cofactors in one-carbon transfer reactions, being heavily utilized in the synthesis of nucleic acids and the metabolism of amino acids during cell division. Mammals lack de novo folate synthesis pathways and thus rely on folate uptake from the extracellular milieu. The human reduced folate carrier (hRFC, also known as SLC19A1) is the major importer of folates into the cell, as well as chemotherapeutic agents such as methotrexate. As an anion exchanger, RFC couples the import of folates and antifolates to anion export across the cell membrane and it is a major determinant in methotrexate (antifolate) sensitivity, as genetic variants and its depletion result in drug resistance. Despite its importance, the molecular basis of substrate specificity by hRFC remains unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of hRFC in the apo state and captured in complex with methotrexate. Combined with molecular dynamics simulations and functional experiments, our study uncovers key determinants of hRFC transport selectivity among folates and antifolate drugs while shedding light on important features of anion recognition by hRFC. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26156.map.gz | 20.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26156-v30.xml emd-26156.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26156.png | 58.7 KB | ||
その他 | emd_26156_half_map_1.map.gz emd_26156_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_26156_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_26156_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human reduced folate carrier SLC19A1
全体 | 名称: human reduced folate carrier SLC19A1 |
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要素 |
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-超分子 #1: human reduced folate carrier SLC19A1
超分子 | 名称: human reduced folate carrier SLC19A1 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTi- |
-分子 #1: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562
分子 | 名称: Reduced folate transporter,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 74.797195 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS ...文字列: MVPSSPAVEK QVPVEPGPDP ELRSWRHLVC YLCFYGFMAQ IRPGESFITP YLLGPDKNFT REQVTNEITP VLSYSYLAVL VPVFLLTDY LRYTPVLLLQ GLSFVSVWLL LLLGHSVAHM QLMELFYSVT MAARIAYSSY IFSLVRPARY QRVAGYSRAA V LLGVFTSS VLGQLLVTVG RVSFSTLNYI SLAFLTFSVV LALFLKRPKR SLFFNRDLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VK DALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLL RVACGD SVLARMLREL GDSLRRPQLR LWSLWWVFNS AGYYLVVYYV HILWNEVDPT TNSARVYNGA ADAASTLLGA ITSF AAGFV KIRWARWSKL LIAGVTATQA GLVFLLAHTR HPSSIWLCYA AFVLFRGSYQ FLVPIATFQI ASSLSKELCA LVFGV NTFF ATIVKTIITF IVSDVRGLGL PVRKQFQLYS VYFLILSIIY FLGAMLDGLR HCQRGHHPRQ PPAQGLRSAA EEKAAQ ALS VQDKGLGGLQ PAQSPPLSPE DSLGAVGPAS LEQRQSDPYL AQAPAPQAAE FLSPVTTPSP CTLCSAQASG PEAADET CP QLAVHPPGVS KLGLQCLPSD GVQNVNQANS LEVLFQ |
-分子 #2: Digitonin
分子 | 名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: AJP |
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分子量 | 理論値: 1.229312 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AJP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: GOLD / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00039000000000000005 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21002 / 平均露光時間: 4.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 4538955 |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 3), CTFFIND (ver. 4)) |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 298876 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 120 |
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得られたモデル | PDB-7tx7: |