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万見
- EMDB-2270: Average reconstruction of cryoEM poliovirus polymerase tubes with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2270
タイトルAverage reconstruction of cryoEM poliovirus polymerase tubes with (-32,6) helical symmetry
マップデータHelical reconstruction of wild-type poliovirus polymerase tubes n,l (1,0): -32, 5 n,l (0,1): 6, 30 Map has 2-fold symmetry around the helical axis. t= 170, u= 495 (l = 170n + 495m) dphi = 123.636364, dz = 6.071919
試料
  • 試料: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
  • タンパク質・ペプチド: polymeraseポリメラーゼ
キーワードpoliovirus polymerase / virus replication (ウイルス複製) / helical reconstruction / cryoEM (低温電子顕微鏡法)
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Wang J / Bullitt E
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Surface for catalysis by poliovirus RNA-dependent RNA polymerase.
著者: Jing Wang / John M Lyle / Esther Bullitt /
要旨: The poliovirus RNA-dependent RNA polymerase, 3Dpol, replicates the viral genomic RNA on the surface of virus-induced intracellular membranes. Macromolecular assemblies of 3Dpol form linear arrays of ...The poliovirus RNA-dependent RNA polymerase, 3Dpol, replicates the viral genomic RNA on the surface of virus-induced intracellular membranes. Macromolecular assemblies of 3Dpol form linear arrays of subunits that propagate along a strong protein-protein interaction called interface-I, as was observed in the crystal structure of wild-type poliovirus polymerase. These "filaments" recur with slight modifications in planar sheets and, with additional modifications that accommodate curvature, in helical tubes of the polymerase, by packing filaments together via a second set of interactions. Periodic variations of subunit orientations within 3Dpol tubes give rise to "ghost reflections" in diffraction patterns computed from electron cryomicrographs of helical arrays. The ghost reflections reveal that polymerase tubes are formed by bundles of four to five interface-I filaments, which are then connected to the next bundle of filaments with a perturbation of interface interactions between bundles. While enzymatically inactive polymerase is also capable of oligomerization, much thinner tubes that lack interface-I interactions between adjacent subunits are formed, suggesting that long-range allostery produces conformational changes that extend from the active site to the protein-protein interface. Macromolecular assemblies of poliovirus polymerase show repeated use of flexible interface interactions for polymerase lattice formation, suggesting that adaptability of polymerase-polymerase interactions facilitates RNA replication. In addition, the presence of a positively charged groove identified in polymerase arrays may help position and stabilize the RNA template during replication.
履歴
登録2012年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年1月16日-
マップ公開2014年1月22日-
更新2014年1月22日-
現状2014年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.2
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical reconstruction of wild-type poliovirus polymerase tubes n,l (1,0): -32, 5 n,l (0,1): 6, 30 Map has 2-fold symmetry around the helical axis. t= 170, u= 495 (l = 170n + 495m) dphi = 123.636364, dz = 6.071919
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度
表面レベル登録者による: 9.199999999999999 / ムービー #1: 9.2
最小 - 最大-2.54001379 - 11.471538539999999
平均 (標準偏差)1.14350343 (±3.21037865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-125
サイズ351351251
Spacing351351251
セルA: 702.0 Å / B: 702.0 Å / C: 502.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z351351251
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z702.000702.000502.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-125
NC/NR/NS351351251
D min/max/mean-2.54011.4721.144

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes

全体名称: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
要素
  • 試料: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
  • タンパク質・ペプチド: polymeraseポリメラーゼ

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超分子 #1000: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes

超分子名称: Average reconstruction of poliovirus polymerase tubes
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 17.4 MDa

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分子 #1: polymerase

分子名称: polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 331 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
分子量理論値: 52.5 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT5T-3D

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

グリッド詳細: Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: OTHER
日付2011年1月1日
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 67.5 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / ソフトウェア - 名称: MRC, EMIP, Chimera

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ra6

ソフトウェア名称: Chimera
精密化空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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