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- EMDB-2092: Three Dimensional Structure of the Epstein-Barr Virus Capsid. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2092
タイトルThree Dimensional Structure of the Epstein-Barr Virus Capsid.
マップデータEBV capsid purified over CsCl gradient
試料
  • 試料: Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient
  • ウイルス: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
キーワードStructure (構造) / cryo-electron microscopy (低温電子顕微鏡法) / Epstein-Barr virus (エプスタイン・バール・ウイルス) / purification
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Germi R / Effantin G / Grossi L / Ruigrok RWH / Morand P / Schoehn G
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2012
タイトル: Three-dimensional structure of the Epstein-Barr virus capsid.
著者: Raphaele Germi / Gregory Effantin / Laurence Grossi / Rob W H Ruigrok / Patrice Morand / Guy Schoehn /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV), a gammaherpesvirus, infects >90 % of the world's population. Primary infection by EBV can lead to infectious mononucleosis, and EBV persistence is associated with several ...Epstein-Barr virus (EBV), a gammaherpesvirus, infects >90 % of the world's population. Primary infection by EBV can lead to infectious mononucleosis, and EBV persistence is associated with several malignancies. Despite its importance for human health, little structural information is available on EBV. Here we report the purification of the EBV capsid by CsCl- or sucrose density-gradient centrifugation. Cryo-electron microscopy and image analysis resulted in two slightly different three-dimensional structures at about 20 Å resolution. These structures were compared with that of human herpesvirus 8, another gammaherpesvirus. CsCl-gradient purification leads to the removal of part of the triplex complex around the fivefold axes, whereas the complexes between hexons remained in place. This may be due to local differences in stability resulting from variation in quasi-equivalent interactions between pentons and hexons compared with those between hexons only.
履歴
登録2012年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1500
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2092.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2092.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EBV capsid purified over CsCl gradient
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.5 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 1450.0 / ムービー #1: 1500
最小 - 最大-9426.166015630000402 - 11176.166992189999291
平均 (標準偏差)78.29924011 (±1011.545043950000036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ219219219
Spacing219219219
セルA=B=C: 1423.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.56.56.5
M x/y/z219219219
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1423.5001423.5001423.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS219219219
D min/max/mean-9426.16611176.16778.299

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient

全体名称: Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient
要素
  • 試料: Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient
  • ウイルス: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient

超分子名称: Epstein-Barr capsid purified over CsCl gradient / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 4

超分子名称: Human herpesvirus 4 / タイプ: virus / ID: 1
詳細: Peripentonal triplex have been removed during purification
NCBI-ID: 10376 / 生物種: Human herpesvirus 4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: EBV / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.05 M Tris 0.15 M NaCl, pH 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo
グリッド詳細: Quantifoil 300 mesh R2/1 covered by a thin layer of carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200T
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2007年6月3日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PFT2, em3dr2 / 使用した粒子像数: 500
詳細pft2 and em3dr2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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