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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20224 | |||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 | |||||||||
マップデータ | BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Cottrell CA / de Val N / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Networks of HIV-1 Envelope Glycans Maintain Antibody Epitopes in the Face of Glycan Additions and Deletions. 著者: Gemma E Seabright / Christopher A Cottrell / Marit J van Gils / Alessio D'addabbo / David J Harvey / Anna-Janina Behrens / Joel D Allen / Yasunori Watanabe / Nicole Scaringi / Thomas M ...著者: Gemma E Seabright / Christopher A Cottrell / Marit J van Gils / Alessio D'addabbo / David J Harvey / Anna-Janina Behrens / Joel D Allen / Yasunori Watanabe / Nicole Scaringi / Thomas M Polveroni / Allison Maker / Snezana Vasiljevic / Natalia de Val / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Max Crispin / 要旨: Numerous broadly neutralizing antibodies (bnAbs) have been identified that target the glycans of the HIV-1 envelope spike. Neutralization breadth is notable given that glycan processing can be ...Numerous broadly neutralizing antibodies (bnAbs) have been identified that target the glycans of the HIV-1 envelope spike. Neutralization breadth is notable given that glycan processing can be substantially influenced by the presence or absence of neighboring glycans. Here, using a stabilized recombinant envelope trimer, we investigate the degree to which mutations in the glycan network surrounding an epitope impact the fine glycan processing of antibody targets. Using cryo-electron microscopy and site-specific glycan analysis, we reveal the importance of glycans in the formation of the 2G12 bnAb epitope and show that the epitope is only subtly impacted by variations in the glycan network. In contrast, we show that the PG9 and PG16 glycan-based epitopes at the trimer apex are dependent on the presence of the highly conserved surrounding glycans. Glycan networks underpin the conservation of bnAb epitopes and are an important parameter in immunogen design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20224.map.gz | 59.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20224-v30.xml emd-20224.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20224.png | 141.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20224 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20224 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2
全体 | 名称: BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2
超分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 with 2G12 Fab2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.121105 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #3: 2G12 Fab light chain
分子 | 名称: 2G12 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.24585 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVVMTQSPST LSASVGDTIT ITCRASQSIE TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLKTGVPS RFSGSGSGTE FTLTISGLQF DDFATYHCQ HYAGYSATFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DVVMTQSPST LSASVGDTIT ITCRASQSIE TWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASTLKTGVPS RFSGSGSGTE FTLTISGLQF DDFATYHCQ HYAGYSATFG QGTRVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGE |
-分子 #4: 2G12 Fab Heavy chain
分子 | 名称: 2G12 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.845791 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKAGGSLIL SCGVSNFRIS AHTMNWVRRV PGGGLEWVAS ISTSSTYRDY ADAVKGRFTV SRDDLEDFVY LQMHKMRVE DTAIYYCARK GSDRLSDNDP FDAWGPGTVV TVSPASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: EVQLVESGGG LVKAGGSLIL SCGVSNFRIS AHTMNWVRRV PGGGLEWVAS ISTSSTYRDY ADAVKGRFTV SRDDLEDFVY LQMHKMRVE DTAIYYCARK GSDRLSDNDP FDAWGPGTVV TVSPASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPK |
-分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.003 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0015 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2184 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 76.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 68155 |