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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19861 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of the vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex isolated from Xenopus leavis egg extract | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | cytoskeleton (細胞骨格) / microtubule (微小管) / microtubule nucleation / complex / template / cap / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / CELL CYCLE (細胞周期) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / cytoplasmic microtubule organization / spindle / 紡錘体 ...gamma-tubulin complex localization / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / cytoplasmic microtubule organization / spindle / 紡錘体 / 微小管 / 中心体 / GTP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Vermeulen BJA / Pfeffer S | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 6件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: γ-TuRC asymmetry induces local protofilament mismatch at the RanGTP-stimulated microtubule minus end. 著者: Bram Ja Vermeulen / Anna Böhler / Qi Gao / Annett Neuner / Erik Župa / Zhenzhen Chu / Martin Würtz / Ursula Jäkle / Oliver J Gruss / Stefan Pfeffer / Elmar Schiebel / 要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for de novo microtubule assembly from α/β-tubulin units. The isolated vertebrate γ-TuRC assumes an asymmetric, open structure ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is a structural template for de novo microtubule assembly from α/β-tubulin units. The isolated vertebrate γ-TuRC assumes an asymmetric, open structure deviating from microtubule geometry, suggesting that γ-TuRC closure may underlie regulation of microtubule nucleation. Here, we isolate native γ-TuRC-capped microtubules from Xenopus laevis egg extract nucleated through the RanGTP-induced pathway for spindle assembly and determine their cryo-EM structure. Intriguingly, the microtubule minus end-bound γ-TuRC is only partially closed and consequently, the emanating microtubule is locally misaligned with the γ-TuRC and asymmetric. In the partially closed conformation of the γ-TuRC, the actin-containing lumenal bridge is locally destabilised, suggesting lumenal bridge modulation in microtubule nucleation. The microtubule-binding protein CAMSAP2 specifically binds the minus end of γ-TuRC-capped microtubules, indicating that the asymmetric minus end structure may underlie recruitment of microtubule-modulating factors for γ-TuRC release. Collectively, we reveal a surprisingly asymmetric microtubule minus end protofilament organisation diverging from the regular microtubule structure, with direct implications for the kinetics and regulation of nucleation and subsequent modulation of microtubules during spindle assembly. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19861.map.gz | 57.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19861-v30.xml emd-19861.xml | 28.3 KB 28.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19861.png | 104.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19861.cif.gz | 9.8 KB | ||
その他 | emd_19861_half_map_1.map.gz emd_19861_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19861 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19861 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9eojMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19861.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of the vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex isolated from Xenopus leavis egg extract | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.004 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2 of the cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_19861_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of the cryo-EM reconstruction of the vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex isolated from Xenopus leavis egg extract | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of the cryo-EM reconstruction of...
ファイル | emd_19861_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of the cryo-EM reconstruction of the vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex isolated from Xenopus leavis egg extract | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex
全体 | 名称: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex
超分子 | 名称: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Vertebrate microtubule-capping gamma-tubulin ring complex induced through the RanGTP spindle assembly pathway and isolated from Xenopus laevis egg extract |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-分子 #1: Mitotic-spindle organizing protein 1
分子 | 名称: Mitotic-spindle organizing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 7.749854 KDa |
配列 | 文字列: MANASGNMSA VRETMDVLLE ISRLLNTGLD METLSICVRL CEQGINPEAL SSVIKELRRA SDTLKASEST AS UniProtKB: Mitotic-spindle organizing protein 1 |
-分子 #2: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
分子 | 名称: Gamma-tubulin complex component 3 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 103.789352 KDa |
配列 | 文字列: MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREAD GALFSELHRK LQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLSYQDRNVQ CAQNAASIGS S GISSIGMY ...文字列: MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREAD GALFSELHRK LQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLSYQDRNVQ CAQNAASIGS S GISSIGMY ALNGPTPQSI IQGQSNQTPN MGDALRQQLG SRLAWTLAAG QQPSQQSTTT KGLPNTVSRN VPRTRREGDS SG SVEITET SLVRDLLYVF QGIDGKFVKM CNSENCYKVD GKVAVSKSLK DITSKLSELG WLHNKIKKYT DQRSLDRAFG LVG QSFCAA LHQELKEYYR LLSVLHSQLQ VEDDQGVNLG VESSLTLRRL LVWTFDPKIR LKTLAALVDH CQGRKGGELA SAVH AYTKT GDPYMRSLVQ HILGLVAYPI LNFLYRWIYD GELEDTYHEF FVASDPVVKT DRLWHDKYSL RKSMIPSFMT MDQSR KVLL IGKSINFLHQ VCHDQTPASK AMAVGKSAES PKDAAELFTD LENAFQTKID AAYFDTSKYL LDVLNKNYNL LEHMQA MRR YLLLGQGDFI RHLMDLLKPE LVRPATTLYQ HNLTGILETA VRATNAQFDN PEILKRLDVR LLEVSPGDTG WDVFSLD YH VDGPIATVFT RECMSHYLRV FNFLWRAKRM EYILTDIWKG HMCNAKLLKG MPELSGVLHQ CHILASEMVH FIHQMQYY I TFEVLECSWD ELWNKVLKAQ DLDHIIAAHD VFLDTIISRC LLDSESRALL NQLRAVFDQI IEFQNAQDAL YRAALEELQ QRLQFEERKK ERESEGEWGV TAAEEDVENK RIQEFQESIP KMRSQLRILT HFYQGIVQQF LVLLTTSTDE SLRFLSFRLD FNEHYKARE PRLRVSMGTR GRRSFHV UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 3 homolog |
-分子 #3: Gamma-tubulin complex component
分子 | 名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 103.468312 KDa |
配列 | 文字列: MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP IAPNTSKISM QELEELRRQL ETATVAVSCS HQPVEVLRKF L RDKLNKKH ...文字列: MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP IAPNTSKISM QELEELRRQL ETATVAVSCS HQPVEVLRKF L RDKLNKKH TGHPVPVFPS WVYERPALTG DFMSFSNPST DVTVSIGTLP LPSQETCLVE DLLYILIGVD GRYISVQPLV GR QSRSFSV EQNLDSSVKE LVNRILPVAT NYSTVTRFVE ENSSFEYGQV NHALGAAMRT LGKEYMILIS QLEHLQRQGL LSL QKLWFY IQPTLRTMEV LASIATSLNK GECFGGATLS LLHDRTFGYT GDSQAQELCL YLTKAASAPY FDILERWIYR GIIN DPYSE FMVEEHELQK EKIQEDYNDK YWDQRYTIVQ QQIPSFLQKV ADKILSTGKY LNVVRECGHD VTCPDAKEIT YTLKE QAYV ERIEKAYNYA SKVLLDFLME EEELVAHLRS IKHYFLMDQG DFFVHFMDLT EEELKKPVDD IIPTRLEALL ELALRM STA NTDPFKDDLK IELMPHDLIT QLLRVLAIET HQEKALINSD PTELALSGLE SFSFDYIVKW PLSLIINRKA LTRYQML FR HMFYCKHVER LLCNVWISNK TAKQFSLHSA KWFAGAFTLR QRMLNFVQNI QYYMMFEVME PTWHILEKNL KSASNIDD V LSHHTSFLDN CLKDCMLTNP ELLKIFSKLM SVCVMFTNCL QRFTQSMQVQ TEMEHLTLEH GTMMGPPTQC ERTEEALKK KLTSKYLEEH IDKFPSSFGF ESTINNFDSN FSAHLMDLLD KLSMYSTSDC EHSMINIIYR LDFNGFYTER LKQLSSERNQ KSAPLLGPA QHAVSTK UniProtKB: Gamma-tubulin complex component |
-分子 #4: Gamma-tubulin complex component 6
分子 | 名称: Gamma-tubulin complex component 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 193.069141 KDa |
配列 | 文字列: MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVKN KIIMLSFNLR ICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL SGTGPPQLLP PKRDYFKNNK YVGRNVKYQG YDYYDVQVFE A DLGTTVAY ...文字列: MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVKN KIIMLSFNLR ICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL SGTGPPQLLP PKRDYFKNNK YVGRNVKYQG YDYYDVQVFE A DLGTTVAY QELEISTTIQ RTLQIMEAAP GTGLPALSFF SQNDLSTDKF EKETRGSLFG ALVHSRTNDM DIKLDMPPVP EN ADLSGLA IKVPQSIDQS EDEGFQSASN MTPDSQSEPS MTPDIDVWEA VLTYGPSKRR CWERIGCPPG KREEPYVTEA GRE AFDKLY KLHEGGLQIL SATTLQPQLV LLEETDLVKA VLNVLIGVVS STFSYNQALQ SFAVKQGVYI SGTSPDNVSS LLTQ VAEYG TYYTRLSHFS LLTVLDSSHS NGLVFQAFTS GLRKYLQYYR ACVLSTPASL TLLTISFLFR KLGRQLRYLA ELCCI GTLV TSATRGISTA FPTGVKLLSY LYKEALENSS NENYPVLLSL LKTSCEPYTR FIYDWVYSGV FRDVCGEFMI QVNEDY LGF RDKRYWTHGY VLISKEVEDC VPVFLKHVAN EIYICGKTIN LLKLCCPKHY ICWSDIPVPR ISVTFSLEEL KEMEKDC AV YVARMERIAR HSCISKEQKA LQTEIARQEL IIQARETTEK VFETFKDRKL AEKLSLDTKK RELFQKLKDQ YEKEQERR L TTKQEEADDD FSYAREIRDR EKRLKALEEE LELKTRQELI EHYSRLSEEA TRKEQRALWK LQRHKLETIR LKFFLEEQK RMQDLVANFP VDICEENLGV LPDGEISHQT DNTNDAGLGN IENEKSVPEQ HALHNNNDEV YTAQNCISKS ESLCVDVTLP TENVHSQTS NASVLGVPSF DSNLCTPDVD IIDFLPTLPS ENQEVAVVQS LVDDALISIG SDLNTDTKDK ESLCALKSDL Q ESSTGSEY DFKTILKPIA CTQVSQGHIK IGEYSSNVQP ARPRWSTHGH SSDSNIKIGN YVSDINVHQP KHSQHGHSSD SN INISDHM SDVEPRLPRL NLHGHISTGH IKVGEYASDV EPSTPRHSVH GHASQGNIKI GENVSDVKLS RPRWNIHGHV SDA NIKIGE NTSEIAPLRP RWNIHGHASQ SHIKIGELVS DIEPSQPRRT PFGHPSQSSI PIGDQPVEKY AQKSESEVHS SNST IQHLL YSNIPDKNKD TGGTLTDSPV PVPDQGNSND DTEKRSSTLE QRVQAADSVC DGEASPNTAQ SLPCMSDTLD FGTNG EENV GNDDHTWEKQ QEYLKGLAEK YCLEKYQDSY ELMSHPPVLH LYSNVMPNRF SFPTDSDIKS ATDETTVQLI ELLSLP VLM KYSVTAPMVS HVYLVNKAIV DYYFVELKME RHFEAMRHFL LMEDGEFAQS LSDMLFEKLG SGQTPSELLN PLVLNSI LN KALQYSLHGD SSLASNLTFA LKYLPEVFTP TAPDALSCLE LKYKVDWPLN IVITDTCMNK YSRIFSFLLQ LKHMVWTL R DVWFHLKRTA LVNQASNSVQ YRQLQLYRHE MQHFVKVIQG YIANQILHVT WCEFRNKLSA VSNLEEIYKT HADYLNKAL FRGLLTEKAA PLMNIIHSIF SLILKFRLQL ISQSWICDTG KQMAVHPNFG LMQQSYNTFK YYSDFLFEVV SKLVNRGYQP HLEDFLLRI NFNSYYKQS UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 6 |
-分子 #5: Tubulin gamma-1 chain
分子 | 名称: Tubulin gamma-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 51.226719 KDa |
配列 | 文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYANLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT ...文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYANLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT YSVFPNQDEM SHVVVQPYNS LLTLKRLTQN ADCVVVLDNT ALNRIATDRL HIQNPSFSQI NQLVSTIMSA ST TTLRYPG YMNNDLIGLI ASLIPTPRLH FLMTGYTPLT TDQSVASVRK TTVLDVMRRL LQPKNVMVST GRDRQTNHCY IAI LNIIQG EVDPTQVHKS LQRIRERKLA NFIPWGPASI QVALSRKSPY LPSAHRVSGL MMANHTNISS LFERTCRQYD KLRK REAFL EQFRKEDIFK DNFDELDNSR EIVQQLIDEY HAATRPDYIS WGTQDK UniProtKB: Tubulin gamma-1 chain |
-分子 #6: Gamma-tubulin complex component
分子 | 名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 117.577633 KDa |
配列 | 文字列: MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLVV HSDLEKAESW KRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN HDYTEKPRKK ENDEQEPFDW GKYLREGEDI EFSPDADTPE W SEASEEED ...文字列: MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLVV HSDLEKAESW KRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN HDYTEKPRKK ENDEQEPFDW GKYLREGEDI EFSPDADTPE W SEASEEED AQEPPSREDS GIQVDRTPLE DPEKKGAPPL VSWKVGEPDA RSWLEQHIVH QYWTSRAPRF SHSSHLHSNL SA IWDQHLY TTDPLYTPDD KTIVTETQVI RETLWLLSGV KKLLIFQLND GKVNVRNDII VTHMTQNCLR SVLEQIAAYG QVV FRLQKF IDEITGHGSE VPLPGTLPTA KKTTEAPFRT YQAFMWALYK YFISFKEELT EIEKCIINKD ETVTLAIVLD KLAP RLAQL KVLHRVFSTG IAEVPPDTRN VVRASHLLNT LYKAILDYDN VGEASEQTVS LLFCLWVETV RPYLEIVDEW IVHGN LFDP AKEFIIQRNK DVPFNHRDFW YATYTLYSVS EKTENEDKMS DNASASSGSD QAPAGRQHTM VSFLKPVLKQ IIMAGK SMQ LLKNLKCRTA LQQDSSRDSD RKSLYTLFLE SVQSRLQHGN DSVPDIITEQ QVNKLSLIKM QSIVAKHLEL DEVHDPL LA INFVRLYLEQ SDFLETFTCN EVCVDRSSES VTCQSFELTL RSCLYPHIGK QYLECCGNLM YTLKKDYRLV EYLQAMRN F FLLEAGDTMY DFYTPIFDKI REKEPWLNLS YLNVQIQEAV GQRYPDDSTR LSVSFESVDL AKKKLPVHTL DGLILSYKV PWPVDIVISS ECQKIYNQVF LLLLLIKWAK YSLDVLQFNE LGNASENEST KEGATVEPFP LPPLTSPSEP KGQQIHRMFL LRVKLMHFV NSLHNYLMTR ILHSTGLEFQ HQVEEAKDLD QLIKIHYRYL STIHDRCLLR EKVSSVKEAI MKVLNVVLMF A DRWHAGLG AWKKESIVKM ESDFTNCHKF LVKVLNKAVC RGSFPHLESL ALSLMAGMEQ S UniProtKB: Gamma-tubulin complex component |
-分子 #7: Gamma-tubulin complex component
分子 | 名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 76.122961 KDa |
配列 | 文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQVG LHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF HLLFPSIMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV ...文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQVG LHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF HLLFPSIMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV RSALEKTLAV CHGVMYKQLS AWMLHGLLLD QYEEFFVRQG SSSGNLAAAF EEEEDDLGIG GLTGKQLREL QD LRLIEEE NMLAPSLKQF SLRAEMLPSY IPVRVAEKIL FVGESVQMFE NQNVNMSRTG SILKNQEDTF AAELHRLKQQ PLF SLVDFE SVLDRIRSTV AEHLWKLMVE ESDLLGQLKI IKDFYLLGRG ELFQAFIDVA QNMLKTPPTA VTEHDVNVAF QLSA HKVLL DDDNLLPLLN LTIDYHGKEH KDTSQPREGP FRDMSPREAP TSGWAALGLS YKVQWPLHIL FTPAVLEKYN VVFKY LLSV RRVQSELQHC WALQMQRKHL ESNKTDAIKW RLQNHMAFLV DNLQYYLQVD VLESQFSQLL QQINSTRDFE SIRLAH DHF LSNLLAQSFI LLKPVFHCLN EILELCHSFC SLVSQNLGPL DERGAGQLDI LVKGFSCQSS LLFRILSSVR NHQINPD LA QLLLRLDYNK YYTQAGGTLG SFGL UniProtKB: Gamma-tubulin complex component |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 33000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 詳細: GRIP2 and gamma-tubulin in spokes 5 and 6 were removed |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 8497 |