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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1952 | |||||||||
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タイトル | Structure of the CS1 pilus of enterotoxigenic Escherichia coli reveals structural polymorphism | |||||||||
マップデータ | CS1-Group 2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | pili / bacterial pathogenesis / colonization / virulence factor (病原性因子) / donor strand complementarity / image reconstruction / helical symmetry / adhesion (接着) | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Galkin VE / Kolappan S / Ng D / Zong Z / Li J / Yu X / Egelman EH / Craig L | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2013 タイトル: The structure of the CS1 pilus of enterotoxigenic Escherichia coli reveals structural polymorphism. 著者: Vitold E Galkin / Subramaniapillai Kolappan / Dixon Ng / ZuSheng Zong / Juliana Li / Xiong Yu / Edward H Egelman / Lisa Craig / 要旨: Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) is a bacterial pathogen that causes diarrhea in children and travelers in developing countries. ETEC adheres to host epithelial cells in the small intestine ...Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) is a bacterial pathogen that causes diarrhea in children and travelers in developing countries. ETEC adheres to host epithelial cells in the small intestine via a variety of different pili. The CS1 pilus is a prototype for a family of related pili, including the CFA/I pili, present on ETEC and other Gram-negative bacterial pathogens. These pili are assembled by an outer membrane usher protein that catalyzes subunit polymerization via donor strand complementation, in which the N terminus of each incoming pilin subunit fits into a hydrophobic groove in the terminal subunit, completing a β-sheet in the Ig fold. Here we determined a crystal structure of the CS1 major pilin subunit, CooA, to a 1.6-Å resolution. CooA is a globular protein with an Ig fold and is similar in structure to the CFA/I major pilin CfaB. We determined three distinct negative-stain electron microscopic reconstructions of the CS1 pilus and generated pseudoatomic-resolution pilus structures using the CooA crystal structure. CS1 pili adopt multiple structural states with differences in subunit orientations and packing. We propose that the structural perturbations are accommodated by flexibility in the N-terminal donor strand of CooA and by plasticity in interactions between exposed flexible loops on adjacent subunits. Our results suggest that CS1 and other pili of this class are extensible filaments that can be stretched in response to mechanical stress encountered during colonization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1952.map.gz | 111.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1952-v30.xml emd-1952.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1952.png | 52.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1952 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CS1-Group 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : CS1 pilus
全体 | 名称: CS1 pilus |
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要素 |
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-超分子 #1000: CS1 pilus
超分子 | 名称: CS1 pilus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: oligomer / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: CooA
超分子 | 名称: CooA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: CS1 pilin / 集合状態: Oligomer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: LMC10 / 別称: ETEC / 細胞: Escherichia coli strain LMC10 / Organelle: pili / 細胞中の位置: cell surface |
分子量 | 実験値: 15 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4, 10 mM EDTA |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl acetate |
グリッド | 詳細: glow discharged continuous carbon coated grids |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 80 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
詳細 | Low dose mode |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.16 µm / 実像数: 10 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.6 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 113.1 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IHRSR |
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詳細 | Pilus segments were selected using the helixboxer program in SPIDER. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 3s0v Chain - Chain ID: A |
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詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. A single subunit was manually docked using CHIMERA and the filament was built by applying the symmetry parameters for the reconstruction. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル |
PDB-3s0v: |