+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1932 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Negative stain EM Map of the AAA protein CbbX, a red-type Rubisco activase from R. sphaeroides | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM reconstruction of the R. sphaeroides CbbX hexamer | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | AAA+ protein / ATPase / Rubisco activase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller-Cajar O / Stotz M / Wendler P / Hartl FU / Bracher A / Hayer-Hartl M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structure and function of the AAA+ protein CbbX, a red-type Rubisco activase. 著者: Oliver Mueller-Cajar / Mathias Stotz / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl / 要旨: Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, but tends to form inactive complexes with its substrate ribulose 1,5- ...Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) catalyses the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, but tends to form inactive complexes with its substrate ribulose 1,5-bisphosphate (RuBP). In plants, Rubisco is reactivated by the AAA(+) (ATPases associated with various cellular activities) protein Rubisco activase (Rca), but no such protein is known for the Rubisco of red algae. Here we identify the protein CbbX as an activase of red-type Rubisco. The 3.0-Å crystal structure of unassembled CbbX from Rhodobacter sphaeroides revealed an AAA(+) protein architecture. Electron microscopy and biochemical analysis showed that ATP and RuBP must bind to convert CbbX into functionally active, hexameric rings. The CbbX ATPase is strongly stimulated by RuBP and Rubisco. Mutational analysis suggests that CbbX functions by transiently pulling the carboxy-terminal peptide of the Rubisco large subunit into the hexamer pore, resulting in the release of the inhibitory RuBP. Understanding Rubisco activation may facilitate efforts to improve CO(2) uptake and biomass production by photosynthetic organisms. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1932.map.gz | 147 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1932-v30.xml emd-1932.xml | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1932.png emd_1932.png | 121.7 KB 105.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1932 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1932_validation.pdf.gz | 183.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1932_full_validation.pdf.gz | 182.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1932_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1932 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Negative stain EM reconstruction of the R. sphaeroides CbbX hexamer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : R. sphaeroides CbbX 3D density map.
全体 | 名称: R. sphaeroides CbbX 3D density map. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: R. sphaeroides CbbX 3D density map.
超分子 | 名称: R. sphaeroides CbbX 3D density map. / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Hexamer / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 206 KDa |
-分子 #1: Rubisco Activase
分子 | 名称: Rubisco Activase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CbbX 詳細: The protein is bound to Ribulose-1,5-bisphosphate, ATP and ATPgammaS コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 206 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pHue |
配列 | GO: ATP binding |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.072 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 5mM MgCl2, 1mM Ribulose-1,5-bisphosphate, 1mM ATP/ATPgammaS |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein stained with 2% (w/v) uranyl acetate for 40 seconds. |
グリッド | 詳細: plain carbon grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
---|---|
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected for at 110k magnification |
日付 | 2010年11月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 90600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.26 µm / 倍率(公称値): 90600 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: phase flipping, each particle |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 245 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-3zuh: |