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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17878
タイトル2.5 A cryo-EM structure of the in vitro FimD-catalyzed assembly of type 1 pilus rod
マップデータ
試料
  • 複合体: Type 1 pilus rod
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードFimA / pilus (性繊毛) / monomer (モノマー) / subunit / pili / main structural subunit / high resolution (解像度) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / helical processing / RELION / Chaperone-usher pilus
機能・相同性cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / 性繊毛 / 細胞接着 / identical protein binding / Type-1 fimbrial protein, A chain
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Zyla D / Hospenthal M / Glockshuber R / Waksman G
資金援助 スイス, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
Swiss National Science Foundation310030_201234 スイス
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)018434 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The assembly platform FimD is required to obtain the most stable quaternary structure of type 1 pili.
著者: Dawid S Zyla / Thomas Wiegand / Paul Bachmann / Rafal Zdanowicz / Christoph Giese / Beat H Meier / Gabriel Waksman / Manuela K Hospenthal / Rudi Glockshuber /
要旨: Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of ...Type 1 pili are important virulence factors of uropathogenic Escherichia coli that mediate bacterial attachment to epithelial cells in the urinary tract. The pilus rod is comprised of thousands of copies of the main structural subunit FimA and is assembled in vivo by the assembly platform FimD. Although type 1 pilus rods can self-assemble from FimA in vitro, this reaction is slower and produces structures with lower kinetic stability against denaturants compared to in vivo-assembled rods. Our study reveals that FimD-catalysed in vitro-assembled type 1 pilus rods attain a similar stability as pilus rods assembled in vivo. Employing structural, biophysical and biochemical analyses, we show that in vitro assembly reactions lacking FimD produce pilus rods with structural defects, reducing their stability against dissociation. Overall, our results indicate that FimD is not only required for the catalysis of pilus assembly, but also to control the assembly of the most stable quaternary structure.
履歴
登録2023年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17878.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.08 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.08 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.09555933 - 0.18057343
平均 (標準偏差)0.00013539384 (±0.004702292)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 270.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17878_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17878_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17878_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type 1 pilus rod

全体名称: Type 1 pilus rod
要素
  • 複合体: Type 1 pilus rod
    • タンパク質・ペプチド: Type-1 fimbrial protein, A chain

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超分子 #1: Type 1 pilus rod

超分子名称: Type 1 pilus rod / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Type 1 pilus rod assembled from FimA-FimC complexes in vitro in the presence of the usher FimD activated by FimG/FimF (250 molar excess of FimA-FimC over FimD)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.3 kDa/nm

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分子 #1: Type-1 fimbrial protein, A chain

分子名称: Type-1 fimbrial protein, A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.121074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKIKTLAIVV LSALSLSSTA ALAAATTVNG GTVHFKGEVV NAACAVDAGS VDQTVQLGQV RTASLAQEGA TSSAVGFNIQ LNDCDTNVA SKAAVAFLGT AIDAGHTNVL ALQSSAAGSA TNVGVQILDR TGAALTLDGA TFSSETTLNN GTNTIPFQAR Y FATGAATP GAANADATFK VQYQ

UniProtKB: Type-1 fimbrial protein, A chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.58 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: in ddH2O.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul sample, 30 s wait time, 0.5 s drain time, 6 s blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 47393 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 725 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Segment selection選択した数: 416000 / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Autopicking based on the 2D classes from manually chosen filaments
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.8 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 115.0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 詳細: standard Relion protocol / 使用した粒子像数: 135000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5oh0


Chain - Chain ID: D / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 46.49 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ptu:
2.5 A cryo-EM structure of the in vitro FimD-catalyzed assembly of type 1 pilus rod

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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