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万見
- EMDB-17763: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17763
タイトルStructure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Serrate RNA effector molecule homolog
  • リガンド: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードNuclear cap-binding complex / ARS2 / Pol II transcript metabolism / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap binding complex binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / histone mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs ...mRNA cap binding complex binding / snRNA export from nucleus / nuclear cap binding complex / mRNA metabolic process / RNA cap binding complex / histone mRNA metabolic process / positive regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of RNA export from nucleus / cap-dependent translational initiation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / snRNA binding / positive regulation of RNA binding / RNA cap binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / neuronal stem cell population maintenance / regulation of mRNA processing / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / primary miRNA processing / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / : / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA 3'-end processing / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / mRNA 3'-end processing / response to arsenic-containing substance / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA cis splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / RNA catabolic process / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / regulation of translational initiation / RNA Polymerase II Transcription Termination / FGFR2 alternative splicing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of neurogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / spliceosomal complex assembly / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / 7-methylguanosine mRNA capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / mRNA export from nucleus / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA transcription by RNA polymerase II / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / protein-macromolecule adaptor activity / snRNP Assembly / positive regulation of cell growth / defense response to virus / molecular adaptor activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SERRATE/Ars2 , C-terminal / SERRATE/Ars2, N-terminal / SERRATE/Ars2 / Arsenite-resistance protein 2 / SERRATE/Ars2, N-terminal domain / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 ...SERRATE/Ars2 , C-terminal / SERRATE/Ars2, N-terminal / SERRATE/Ars2 / Arsenite-resistance protein 2 / SERRATE/Ars2, N-terminal domain / Nuclear cap-binding protein subunit 2 / NCBP2, RNA recognition motif / MIF4G-like, type 1 / MIF4G-like, type 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / MIF4G like / MIF4G like / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear cap-binding protein subunit 2 / Nuclear cap-binding protein subunit 1 / Serrate RNA effector molecule homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Dubiez E / Pellegrini E / Foucher AE / Cusack S / Kadlec J
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Structural basis for competitive binding of productive and degradative co-transcriptional effectors to the nuclear cap-binding complex.
著者: Etienne Dubiez / Erika Pellegrini / Maja Finderup Brask / William Garland / Anne-Emmanuelle Foucher / Karine Huard / Torben Heick Jensen / Stephen Cusack / Jan Kadlec /
要旨: The nuclear cap-binding complex (CBC) coordinates co-transcriptional maturation, transport, or degradation of nascent RNA polymerase II (Pol II) transcripts. CBC with its partner ARS2 forms mutually ...The nuclear cap-binding complex (CBC) coordinates co-transcriptional maturation, transport, or degradation of nascent RNA polymerase II (Pol II) transcripts. CBC with its partner ARS2 forms mutually exclusive complexes with diverse "effectors" that promote either productive or destructive outcomes. Combining AlphaFold predictions with structural and biochemical validation, we show how effectors NCBP3, NELF-E, ARS2, PHAX, and ZC3H18 form competing binary complexes with CBC and how PHAX, NCBP3, ZC3H18, and other effectors compete for binding to ARS2. In ternary CBC-ARS2 complexes with PHAX, NCBP3, or ZC3H18, ARS2 is responsible for the initial effector recruitment but inhibits their direct binding to the CBC. We show that in vivo ZC3H18 binding to both CBC and ARS2 is required for nuclear RNA degradation. We propose that recruitment of PHAX to CBC-ARS2 can lead, with appropriate cues, to competitive displacement of ARS2 and ZC3H18 from the CBC, thus promoting a productive rather than a degradative RNA fate.
履歴
登録2023年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17763.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.21774793 - 0.4285227
平均 (標準偏差)-0.000076382275 (±0.008672897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 302.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17763_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17763_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17763_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[...

全体名称: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP
要素
  • 複合体: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear cap-binding protein subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Serrate RNA effector molecule homolog
  • リガンド: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[...

超分子名称: Structure of the human nuclear cap-binding complex bound to ARS2[147-871] and m7GTP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nuclear cap-binding protein subunit 1

分子名称: Nuclear cap-binding protein subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: CBP80 construct has the N-terminal 20 residues (containing the NLS) deleted and replaced by a methionine
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 89.781938 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTSDANETE DHLESLICKV GEKSACSLES NLEGLAGVLE ADLPNYKSKI LRLLCTVARL LPEKLTIYTT LVGLLNARNY NFGGEFVEA MIRQLKESLK ANNYNEAVYL VRFLSDLVNC HVIAAPSMVA MFENFVSVTQ EEDVPQVRRD WYVYAFLSSL P WVGKELYE ...文字列:
MKTSDANETE DHLESLICKV GEKSACSLES NLEGLAGVLE ADLPNYKSKI LRLLCTVARL LPEKLTIYTT LVGLLNARNY NFGGEFVEA MIRQLKESLK ANNYNEAVYL VRFLSDLVNC HVIAAPSMVA MFENFVSVTQ EEDVPQVRRD WYVYAFLSSL P WVGKELYE KKDAEMDRIF ANTESYLKRR QKTHVPMLQV WTADKPHPQE EYLDCLWAQI QKLKKDRWQE RHILRPYLAF DS ILCEALQ HNLPPFTPPP HTEDSVYPMP RVIFRMFDYT DDPEGPVMPG SHSVERFVIE ENLHCIIKSH WKERKTCAAQ LVS YPGKNK IPLNYHIVEV IFAELFQLPA PPHIDVMYTT LLIELCKLQP GSLPQVLAQA TEMLYMRLDT MNTTCVDRFI NWFS HHLSN FQFRWSWEDW SDCLSQDPES PKPKFVREVL EKCMRLSYHQ RILDIVPPTF SALCPANPTC IYKYGDESSN SLPGH SVAL CLAVAFKSKA TNDEIFSILK DVPNPNQDDD DDEGFSFNPL KIEVFVQTLL HLAAKSFSHS FSALAKFHEV FKTLAE SDE GKLHVLRVMF EVWRNHPQMI AVLVDKMIRT QIVDCAAVAN WIFSSELSRD FTRLFVWEIL HSTIRKMNKH VLKIQKE LE EAKEKLARQH KRRSDDDDRS SDRKDGVLEE QIERLQEKVE SAQSEQKNLF LVIFQRFIMI LTEHLVRCET DGTSVLTP W YKNCIERLQQ IFLQHHQIIQ QYMVTLENLL FTAELDPHIL AVFQQFCALQ A

UniProtKB: Nuclear cap-binding protein subunit 1

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分子 #2: Nuclear cap-binding protein subunit 2

分子名称: Nuclear cap-binding protein subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Additional GA at the N-terminus / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.028131 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGGLLKALR SDSYVELSQY RDQHFRGDNE EQEKLLKKSC TLYVGNLSFY TTEEQIYELF SKSGDIKKII MGLDKMKKTA CGFCFVEYY SRADAENAMR YINGTRLDDR IIRTDWDAGF KEGRQYGRGR SGGQVRDEYR QDYDAGRGGY GKLAQNQ

UniProtKB: Nuclear cap-binding protein subunit 2

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分子 #3: Serrate RNA effector molecule homolog

分子名称: Serrate RNA effector molecule homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: ARS2 has N-terminal 147 residues deleted and replaced by a methionine
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.061391 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: VMKTFKEFLL SLDDSVDETE AVKRYNDYKL DFRRQQMQDF FLAHKDEEWF RSKYHPDEVG KRRQEARGAL QNRLRVFLSL METGWFDNL LLDIDKADAI VKMLDAAVIK MEGGTENDLR ILEQEEEEEQ AGKPGEPSKK EEGRAGAGLG DGERKTNDKD E KKEDGKQA ...文字列:
VMKTFKEFLL SLDDSVDETE AVKRYNDYKL DFRRQQMQDF FLAHKDEEWF RSKYHPDEVG KRRQEARGAL QNRLRVFLSL METGWFDNL LLDIDKADAI VKMLDAAVIK MEGGTENDLR ILEQEEEEEQ AGKPGEPSKK EEGRAGAGLG DGERKTNDKD E KKEDGKQA ENDSSNDDKT KKSEGDGDKE EKKEDSEKEA KKSSKKRNRK HSGDDSFDEG SVSESESESE SGQAEEEKEE AE EALKEKE KPKEEEWEKP KDAAGLECKP RPLHKTCSLF MRNIAPNISR AEIISLCKRY PGFMRVALSE PQPERRFFRR GWV TFDRSV NIKEICWNLQ NIRLRECELS PGVNRDLTRR VRNINGITQH KQIVRNDIKL AAKLIHTLDD RTQLWASEPG TPPL PTSLP SQNPILKNIT DYLIEEVSAE EEELLGSSGG APPEEPPKEG NPAEINVERD EKLIKVLDKL LLYLRIVHSL DYYNT CEYP NEDEMPNRCG IIHVRGPMPP NRISHGEVLE WQKTFEEKLT PLLSVRESLS EEEAQKMGRK DPEQEVEKFV TSNTQE LGK DKWLCPLSGK KFKGPEFVRK HIFNKHAEKI EEVKKEVAFF NNFLTDAKRP ALPEIKPAQP PGPAQILPPG LTPGLPY PH QTPQGLMPYG QPRPPILGYG AGAVRPAVPT GGPPYPHAPY GAGRGNYDAF RGQGGYPGKP RNRMVRGDPR AIVEYRDL D APDDVDFF

UniProtKB: Serrate RNA effector molecule homolog

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分子 #4: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MGT
分子量理論値: 539.223 Da
Chemical component information

ChemComp-MGT:
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.13 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5oo6

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84474
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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