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- EMDB-17255: CRYO-EM FOCUSED REFINEMENT OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 8... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17255
タイトルCRYO-EM FOCUSED REFINEMENT OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 snoRNA mutant
マップデータBODY1_FOR_FOCUSED_REFINEMENT
試料
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
キーワードCRYO-EM (低温電子顕微鏡法) / TRYPANOSOMA BRUCEI (ブルーストリパノソーマ) / 80S RIBOSOME / RIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity ...organellar small ribosomal subunit / organellar large ribosomal subunit / ciliary transition zone / nuclear lumen / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / phosphate ion binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 転写後修飾 / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / ribosome assembly / small-subunit processome / regulation of cytokinesis / regulation of cell growth / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / regulation of cell population proliferation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / apoptotic process / 核小体 / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e ...Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L37ae / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S27 / Ribosomal L40e family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 60S ribosomal protein L27, putative ...Ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 60S ribosomal protein L27, putative / 60S ribosomal protein L18a / RNA結合タンパク質 / 40S ribosomal protein S17, putative / 40S ribosomal protein L14, putative / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / 40S ribosomal protein S27, putative / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S21, putative / 40S ribosomal protein S5, putative / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S2, putative / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L37a, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L9, putative / 40S ribosomal protein S23, putative / 40S ribosomal proteins S11, putative / 60S ribosomal protein L32, putative / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L36, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L26, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L11, putative / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 60S ribosomal protein L21E, putative / 40S ribosomal protein S33, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L2, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L19, putative / 40S ribosomal protein S15a, putative / Ribosomal protein L3, mitochondrial, putative / 60S ribosomal protein L4 / Ribosomal protein S19, putative / 60S ribosomal protein L35A, putative / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L13a, putative / 40S ribosomal protein S13, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rajan KS / Yonath A
資金援助 イスラエル, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation イスラエル
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A single pseudouridine on rRNA regulates ribosome structure and function in the mammalian parasite Trypanosoma brucei.
著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz ...著者: K Shanmugha Rajan / Hava Madmoni / Anat Bashan / Masato Taoka / Saurav Aryal / Yuko Nobe / Tirza Doniger / Beathrice Galili Kostin / Amit Blumberg / Smadar Cohen-Chalamish / Schraga Schwartz / Andre Rivalta / Ella Zimmerman / Ron Unger / Toshiaki Isobe / Ada Yonath / Shulamit Michaeli /
要旨: Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification ...Trypanosomes are protozoan parasites that cycle between insect and mammalian hosts and are the causative agent of sleeping sickness. Here, we describe the changes of pseudouridine (Ψ) modification on rRNA in the two life stages of the parasite using four different genome-wide approaches. CRISPR-Cas9 knock-outs of all four snoRNAs guiding Ψ on helix 69 (H69) of the large rRNA subunit were lethal. A single knock-out of a snoRNA guiding Ψ530 on H69 altered the composition of the 80S monosome. These changes specifically affected the translation of only a subset of proteins. This study correlates a single site Ψ modification with changes in ribosomal protein stoichiometry, supported by a high-resolution cryo-EM structure. We propose that alteration in rRNA modifications could generate ribosomes preferentially translating state-beneficial proteins.
履歴
登録2023年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BODY1_FOR_FOCUSED_REFINEMENT
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.027386475 - 0.09056415
平均 (標準偏差)-0.00002101603 (±0.003589535)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: BODY2 FOR FOCUSED REFINEMENT

ファイルemd_17255_additional_1.map
注釈BODY2_FOR_FOCUSED_REFINEMENT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: BODY3 FOR FOCUSED REFINEMENT

ファイルemd_17255_additional_2.map
注釈BODY3_FOR_FOCUSED_REFINEMENT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HALF MAP1 F0R BODY1 OF FOCUSED REFINEMENT

ファイルemd_17255_half_map_1.map
注釈HALF_MAP1_F0R_BODY1_OF_FOCUSED_REFINEMENT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HALF MAP2 F0R BODY1 OF FOCUSED REFINEMENT

ファイルemd_17255_half_map_2.map
注釈HALF_MAP2_F0R_BODY1_OF_FOCUSED_REFINEMENT
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome

全体名称: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
要素
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#86
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.16 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

15124

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 552813

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4v8m

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8a3w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-8ove:
CRYO-EM STRUCTURE OF TRYPANOSOMA BRUCEI PROCYCLIC FORM 80S RIBOSOME : TB11CS6H1 snoRNA mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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