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万見
- EMDB-15814: In situ Dictyostelium discoideum 80S ribosome with factor, A-tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15814
タイトルIn situ Dictyostelium discoideum 80S ribosome with factor, A-tRNA and P-tRNA bound
マップデータSubtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with eEF2-compact, A-tRNA and P-tRNA bound
試料
  • 複合体: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.Eukaryotic ribosome
キーワードeukaryotic ribosome / translation (翻訳 (生物学)) / tRNA (転移RNA) / elongation factor / expansion segments / eEF2 / translocation / RIBOSOME (リボソーム)
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Hoffmann PC / Kreysing JP / Khusainov I / Tuijtel MW / Welsch S / Beck M
資金援助 ドイツ, 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
Chan Zuckerberg Initiative 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of the eukaryotic ribosome and its translational states in situ.
著者: Patrick C Hoffmann / Jan Philipp Kreysing / Iskander Khusainov / Maarten W Tuijtel / Sonja Welsch / Martin Beck /
要旨: Ribosomes translate genetic information into primary structure. During translation, various cofactors transiently bind to the ribosome that undergoes prominent conformational and structural changes. ...Ribosomes translate genetic information into primary structure. During translation, various cofactors transiently bind to the ribosome that undergoes prominent conformational and structural changes. Different translational states of ribosomes have been well characterized in vitro. However, to which extent the known translational states are representative of the native situation inside cells has thus far only been addressed in prokaryotes. Here, we apply cryo-electron tomography to cryo-FIB milled Dictyostelium discoideum cells combined with subtomogram averaging and classification. We obtain an in situ structure that is locally resolved up to 3 Angstrom, the distribution of eukaryotic ribosome translational states, and unique arrangement of rRNA expansion segments. Our work demonstrates the use of in situ structural biology techniques for identifying distinct ribosome states within the cellular environment.
履歴
登録2022年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with eEF2-compact, A-tRNA and P-tRNA bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.39 Å/pix.
x 180 pix.
= 430.848 Å		2.39 Å/pix.
x 180 pix.
= 430.848 Å		2.39 Å/pix.
x 180 pix.
= 430.848 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3936 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.61067307 - 1.3694899
平均 (標準偏差)0.037867423 (±0.13950886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 430.848 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Subtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with...

ファイルemd_15814_half_map_1.map
注釈Subtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with eEF2-compact, A-tRNA and P-tRNA bound
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Subtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with...

ファイルemd_15814_half_map_2.map
注釈Subtomogram average of 80S Dictyostelium discoideum ribosome with eEF2-compact, A-tRNA and P-tRNA bound
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.

全体名称: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.Eukaryotic ribosome
要素
  • 複合体: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.Eukaryotic ribosome

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超分子 #1: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.

超分子名称: 80S ribosome from inside Dictyostelium discoideum cells.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cells from axenic Dictyostelium discoideum strain Ax2-214 with integrated GFP-Nup62 grown in HL5 medium were plunge frozen on Au 200mesh EM support grids.
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
株: Ax2-214 / 細胞中の位置: cytoplasm of perinuclear region
分子量理論値: 4.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 127 / 使用した粒子像数: 127000
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 1613
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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