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- EMDB-15800: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59, density subtracted -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15800
タイトルCryoEM reconstruction of C5b8-CD59, density subtracted
マップデータCryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
試料
  • 複合体: C5b8-CD59
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bubeck D / Couves EC / Gardner S
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)864751European Union
Cancer Research UKC24523/A26234 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59.
著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck /
要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells.
履歴
登録2022年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15800.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15800.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å		1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å		1.17 Å/pix.
x 448 pix.
= 524.608 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.171 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.923125 - 10.287653
平均 (標準偏差)0.002511437 (±0.08988831)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 524.60803 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15800_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.

ファイルemd_15800_half_map_1.map
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.

ファイルemd_15800_half_map_2.map
注釈CryoEM reconstruction of C5b8-CD59.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C5b8-CD59

全体名称: C5b8-CD59
要素
  • 複合体: C5b8-CD59

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超分子 #1: C5b8-CD59

超分子名称: C5b8-CD59 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 / 詳細: Inhibited complement membrane attack complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 12805 / 平均露光時間: 9.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1138825
詳細: CrYOLO neural network based particle picking, standard model, low threshold (0.01).
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was generated using ab-inito reconstruction in cryoSPARC.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 51965 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: 3D Classification was used to remove junk particles and particles with graphene oxide edges.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 206782
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial rigid body fits were performed using UCSF Chimera and UCSF ChimeraX. Carbohydrates were added using Coot. Models were refined iteratively using Isolde and Phenix Real Space Refine.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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