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万見
- EMDB-13626: Young conformer 2 of a 6-helix bundle of RNA with a clasp -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13626
タイトルYoung conformer 2 of a 6-helix bundle of RNA with a clasp
マップデータ
試料
  • 複合体: 6-helix bundle of RNA with clasp
    • RNA: 6HBC-young
キーワードRNA (リボ核酸) / origami (折り紙) / nanostructure (ナノ構造体)
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.04 Å
データ登録者McRae EKS / Bogglid A / Boesen T / Andersen ES
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research31789 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023
タイトル: Structure, folding and flexibility of co-transcriptional RNA origami.
著者: Ewan K S McRae / Helena Østergaard Rasmussen / Jianfang Liu / Andreas Bøggild / Michael T A Nguyen / Nestor Sampedro Vallina / Thomas Boesen / Jan Skov Pedersen / Gang Ren / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen /
要旨: RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the ...RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the method further, an improved understanding of RNA structural properties and folding principles is required. Here we use cryogenic electron microscopy to study RNA origami sheets and bundles at sub-nanometre resolution revealing structural parameters of kissing-loop and crossover motifs, which are used to improve designs. In RNA bundle designs, we discover a kinetic folding trap that forms during folding and is only released after 10 h. Exploration of the conformational landscape of several RNA designs reveal the flexibility of helices and structural motifs. Finally, sheets and bundles are combined to construct a multidomain satellite shape, which is characterized by individual-particle cryo-electron tomography to reveal the domain flexibility. Together, the study provides a structural basis for future improvements to the design cycle of genetically encoded RNA nanodevices.
履歴
登録2021年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13626.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.08704343 - 0.8280752
平均 (標準偏差)0.000397909 (±0.02922807)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13626_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map from cryoSPARC with a bfactor of 323

ファイルemd_13626_additional_1.map
注釈Sharpened map from cryoSPARC with a bfactor of 323
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13626_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13626_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 6-helix bundle of RNA with clasp

全体名称: 6-helix bundle of RNA with clasp
要素
  • 複合体: 6-helix bundle of RNA with clasp
    • RNA: 6HBC-young

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超分子 #1: 6-helix bundle of RNA with clasp

超分子名称: 6-helix bundle of RNA with clasp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC. This is the young conformer.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 232 KDa

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分子 #1: 6HBC-young

分子名称: 6HBC-young / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: GGGAGAGUAC UAUUCAGAUG CAGACCGCAA GUUCAGAGCG GUUUGCAUCU AGGGUACGUU UUCGAACGUA UCCUCCGACU AAGUGUAUUC GUAUACUUAG UGCCUUGUGC CUGCUUCGGC AGGCAUGACC CAAAUGUGCC UUUCGGGGCA CAUUUCCGGU CAUCCAAGUU ...文字列:
GGGAGAGUAC UAUUCAGAUG CAGACCGCAA GUUCAGAGCG GUUUGCAUCU AGGGUACGUU UUCGAACGUA UCCUCCGACU AAGUGUAUUC GUAUACUUAG UGCCUUGUGC CUGCUUCGGC AGGCAUGACC CAAAUGUGCC UUUCGGGGCA CAUUUCCGGU CAUCCAAGUU CGCUUGGGUG AUGCGGGCGU AUAGGUUCGU CUAUACGUCC GCGUUUUCCG AGAAGAGGUA ACUCGGGAAA CCGGUCCACG UGACAAAGGU AGAGUUACGU GGAGGGAGCA GCUGCAAAGG GAUAAUGCAG UUGCUGGCUG GAUGCCAGAA CUCACGACUG GCAUCUACGG GGAUGGUGCU CUCCCAAUUC UCCAUUUACC GCCGAAUCGA CCCCAACGUG AGAGGGGUCG GUUCCCCGAG CAUAGACCAA UAUCCCAGGU UUAUGCUCCC CAACGCUGGA CGAACUACCU ACGUCUAGCG UUCCGGCAAA UGAGUCAAUA CCUCAGACUU AUUUGCGGUG CCUGAGCCUA AACUGAACAU GGGUUCAGGC AUCUUGGCUC CAGUUCGCUG GAGCCGACGG UAGCGCUGCG UUCGCGCAGU GCUAGGGAGC AUCCGUUUUC GAGCGGAUGC UGGGCGGUUG CCUGUUCGCA GGCAAUCGGG CCUACUCAUG AUUCGUCAUG AGUGGUGACA GCGUGAUGUU CGCAUUACGC UGUCGGGUAG AUGGAGAAUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMHEPES
5.0 mMMgCl2
100.0 mMKCl

詳細: Freshly prepared and filtered through 0.22 micron filter prior to use.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 microlitre droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging..
詳細Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator. Sample was then stored at -20 for three weeks before grid preparation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.03508 mm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with Cs corrector.
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2658 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected as 56 frame movies.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 332956
詳細: For the final particle set, Topaz particle picker was used within cryoSPARC with the pre-trained ResNet16(64 units) model and a downsampling 4-fold..
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: Initial volume was generated using a 4 class ab initio reconstruction given 40000 randomly selected particles.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
詳細: The entire set of 332956 particles were then 3D classified into one of the four initial ab initio volumes.
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
詳細: The final classification was a heterogeneous refinement from 4 different ab initio volumes and 201745 particles.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
詳細: The final angle assignment was determined using the local refinement beta job and a mask covering the entire volume.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 55036
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化温度因子: 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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