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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12649 | ||||||||||||
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タイトル | cryoEM reconstruction of 1C9-sMAC | ||||||||||||
マップデータ | Locally sharpened 1C9-sMAC map | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity ...cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / other organism cell membrane / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / 走化性 / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / 自然免疫系 / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Menny A / Couves EC / Bubeck D | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance. 著者: Anaïs Menny / Marie V Lukassen / Emma C Couves / Vojtech Franc / Albert J R Heck / Doryen Bubeck / 要旨: Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular ...Unregulated complement activation causes inflammatory and immunological pathologies with consequences for human disease. To prevent bystander damage during an immune response, extracellular chaperones (clusterin and vitronectin) capture and clear soluble precursors to the membrane attack complex (sMAC). However, how these chaperones block further polymerization of MAC and prevent the complex from binding target membranes remains unclear. Here, we address that question by combining cryo electron microscopy (cryoEM) and cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to solve the structure of sMAC. Together our data reveal how clusterin recognizes and inhibits polymerizing complement proteins by binding a negatively charged surface of sMAC. Furthermore, we show that the pore-forming C9 protein is trapped in an intermediate conformation whereby only one of its two transmembrane β-hairpins has unfurled. This structure provides molecular details for immune pore formation and helps explain a complement control mechanism that has potential implications for how cell clearance pathways mediate immune homeostasis. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12649.map.gz | 217.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12649-v30.xml emd-12649.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12649.png | 51.4 KB | ||
その他 | emd_12649_half_map_1.map.gz emd_12649_half_map_2.map.gz | 194.6 MB 194.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12649 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12649 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12649.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally sharpened 1C9-sMAC map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2 of 1C9-sMAC reconstruction
ファイル | emd_12649_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of 1C9-sMAC reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of 1C9-sMAC reconstruction
ファイル | emd_12649_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of 1C9-sMAC reconstruction | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 1C9-sMAC
全体 | 名称: 1C9-sMAC |
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要素 |
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-超分子 #1: 1C9-sMAC
超分子 | 名称: 1C9-sMAC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: This sMAC oligomer contains one copy of C5b8 and 1 copy of C9, as well as multiple copies of the chaperones vitronectin and clusterin |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 1 MDa |
-分子 #1: Complement protein C5b
分子 | 名称: Complement protein C5b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTI QPKQLPGGQN PVSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP D QSVKVRVY SLNDDLKPAK RETVLTFIDP EGSEVDMVEE IDHIGIISFP ...文字列: QEQTYVISAP KIFRVGASEN IVIQVYGYTE AFDATISIKS YPDKKFSYSS GHVHLSSENK FQNSAILTI QPKQLPGGQN PVSYVYLEVV SKHFSKSKRM PITYDNGFLF IHTDKPVYTP D QSVKVRVY SLNDDLKPAK RETVLTFIDP EGSEVDMVEE IDHIGIISFP DFKIPSNPRY GM WTIKAKY KEDFSTTGTA YFEVKEYVLP HFSVSIEPEY NFIGYKNFKN FEITIKARYF YNK VVTEAD VYITFGIRED LKDDQKEMMQ TAMQNTMLIN GIAQVTFDSE TAVKELSYYS LEDL NNKYL YIAVTVIEST GGFSEEAEIP GIKYVLSPYK LNLVATPLFL KPGIPYPIKV QVKDS LDQL VGGVPVTLNA QTIDVNQETS DLDPSKSVTR VDDGVASFVL NLPSGVTVLE FNVKTD APD LPEENQAREG YRAIAYSSLS QSYLYIDWTD NHKALLVGEH LNIIVTPKSP YIDKITH YN YLILSKGKII HFGTREKFSD ASYQSINIPV TQNMVPSSRL LVYYIVTGEQ TAELVSDS V WLNIEEKCGN QLQVHLSPDA DAYSPGQTVS LNMATGMDSW VALAAVDSAV YGVQRGAKK PLERVFQFLE KSDLGCGAGG GLNNANVFHL AGLTFLTNAN ADDSQENDEP CKEILRPRRT LQKKIEEIAA KYKHSVVKKC CYDGACVNND ETCEQRAARI SLGPRCIKAF TECCVVASQ LRANISHKDM QLGRLHMKTL LPVSKPEIRS YFPESWLWEV HLVPRRKQLQ FALPDSLTTW EIQGVGISN TGICVADTVK AKVFKDVFLE MNIPYSVVRG EQIQLKGTVY NYRTSGMQFC V KMSAVEGI CTSESPVIDH QGTKSSKCVR QKVEGSSSHL VTFTVLPLEI GLHNINFSLE TW FGKEILV KTLRVVPEGV KRESYSGVTL DPRGIYGTIS RRKEFPYRIP LDLVPKTEIK RIL SVKGLL VGEILSAVLS QEGINILTHL PKGSAEAELM SVVPVFYVFH YLETGNHWNI FHSD PLIEK QKLKKKLKEG MLSIMSYRNA DYSYSVWKGG SASTWLTAFA LRVLGQVNKY VEQNQ NSIC NSLLWLVENY QLDNGSFKEN SQYQPIKLQG TLPVEARENS LYLTAFTVIG IRKAFD ICP LVKIDTALIK ADNFLLENTL PAQSTFTLAI SAYALSLGDK THPQFRSIVS ALKREAL VK GNPPIYRFWK DNLQHKDSSV PNTGTARMVE TTAYALLTSL NLKDINYVNP VIKWLSEE Q RYGGGFYSTQ DTINAIEGLT EYSLLVKQLR LSMDIDVSYK HKGALHNYKM TDKNFLGRP VEVLLNDDLI VSTGFGSGLA TVHVTTVVHK TSTSEEVCSF YLKIDTQDIE ASHYRGYGNS DYKRIVACA SYKPSREESS SGSSHAVMDI SLPTGISANE EDLKALVEGV DQLFTDYQIK D GHVILQLN SIPSSDFLCV RFRIFELFEV GFLSPATFTV YEYHRPDKQC TMFYSTSNIK IQ KVCEGAA CKCVEADCGQ MQEELDLTIS AETRKQTACK PEIAYAYKVS ITSITVENVF VKY KATLLD IYKTGEAVAE KDSEITFIKK VTCTNAELVK GRQYLIMGKE ALQIKYNFSF RYIY PLDSL TWIEYWPRDT TCSSCQAFLA NLDEFAEDIF LNGC |
-分子 #2: Complement protein C6
分子 | 名称: Complement protein C6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPW SDCDPCIEKQ SKVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC K NKFRCDSG RCIARKLECN GENDCGDNSD ERDCGRTKAV CTRKYNPIPS ...文字列: CFCDHYAWTQ WTSCSKTCNS GTQSRHRQIV VDKYYQENFC EQICSKQETR ECNWQRCPIN CLLGDFGPW SDCDPCIEKQ SKVRSVLRPS QFGGQPCTAP LVAFQPCIPS KLCKIEEADC K NKFRCDSG RCIARKLECN GENDCGDNSD ERDCGRTKAV CTRKYNPIPS VQLMGNGFHF LA GEPRGEV LDNSFTGGIC KTVKSSRTSN PYRVPANLEN VGFEVQTAED DLKTDFYKDL TSL GHNENQ QGSFSSQGGS SFSVPIFYSS KRSENINHNS AFKQAIQASH KKDSSFIRIH KVMK VLNFT TKAKDLHLSD VFLKALNHLP LEYNSALYSR IFDDFGTHYF TSGSLGGVYD LLYQF SSEE LKNSGLTEEE AKHCVRIETK KRVLFAKKTK VEHRCTTNKL SEKHEGSFIQ GAEKSI SLI RGGRSEYGAA LAWEKGSSGL EEKTFSEWLE SVKENPAVID FELAPIVDLV RNIPCAV TK RNNLRKALQE YAAKFDPCQC APCPNNGRPT LSGTECLCVC QSGTYGENCE KQSPDYKS N AVDGQWGCWS SWSTCDATYK RSRTRECNNP APQRGGKRCE GEKRQEEDCT FSIMENNGQ PCINDDEEMK EVDLPEIEAD SGCPQPVPPE NGFIRNEKQL YLVGEDVEIS CLTGFETVGY QYFRCLPDG TWRQGDVECQ RTECIKPVVQ EVLTITPFQR LYRIGESIEL TCPKGFVVAG P SRYTCQGN SWTPPISNSL TCEKDTLTKL KGHCQLGQKQ SGSECICMSP EEDCSHHSED LC VFDTDSN DYFTSPACKF LAEKCLNNQQ LHFLHIGSCQ DGRQLEWGLE RTRLSSNSTK KES CGYDTC YDWEKCSAST SKCVCLLPPQ CFKGGNQLYC VKMGSSTSEK TLNICEVGTI RCAN RKMEI LHPGKCLA |
-分子 #3: Complement protein C7
分子 | 名称: Complement protein C7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRC FSGQCISKSL VCNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG N GYNELTGQ FRNRVINTKS FGGQCRKVFS GDGKDFYRLS GNVLSYTFQV ...文字列: SSPVNCQWDF YAPWSECNGC TKTQTRRRSV AVYGQYGGQP CVGNAFETQS CEPTRGCPTE EGCGERFRC FSGQCISKSL VCNGDSDCDE DSADEDRCED SERRPSCDID KPPPNIELTG N GYNELTGQ FRNRVINTKS FGGQCRKVFS GDGKDFYRLS GNVLSYTFQV KINNDFNYEF YN STWSYVK HTSTEHTSSS RKRSFFRSSS SSSRSYTSHT NEIHKGKSYQ LLVVENTVEV AQF INNNPE FLQLAEPFWK ELSHLPSLYD YSAYRRLIDQ YGTHYLQSGS LGGEYRVLFY VDSE KLKQN DFNSVEEKKC KSSGWHFVVK FSSHGCKELE NALKAASGTQ NNVLRGEPFI RGGGA GFIS GLSYLELDNP AGNKRRYSAW AESVTNLPQV IKQKLTPLYE LVKEVPCASV KKLYLK WAL EEYLDEFDPC HCRPCQNGGL ATVEGTHCLC HCKPYTFGAA CEQGVLVGNQ AGGVDGG WS CWSSWSPCVQ GKKTRSRECN NPPPSGGGRS CVGETTESTQ CEDEELEHLR LLEPHCFP L SLVPTEFCPS PPALKDGFVQ DEGTMFPVGK NVVYTCNEGY SLIGNPVARC GEDLRWLVG EMHCQKIACV LPVLMDGIQS HPQKPFYTVG EKVTVSCSGG MSLEGPSAFL CGSSLKWSPE MKNARCVQK ENPLTQAVPK CQRWEKLQNS RCVCKMPYEC GPSLDVCAQD ERSKRILPLT V CKMHVLHC QGRNYTLTGR DSCTLPASAE KACGACPLWG KCDAESSKCV CREASECEEE GF SICVEVN GKEQTMSECE AGALRCRGQS ISVTSIRPCA AETQ |
-分子 #4: Complement protein C8 beta
分子 | 名称: Complement protein C8 beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCE GFVCAQTGRC VNRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG S LASGINLF TNSFEGPVLD HRYYAGGCSP HYILNTRFRK PYNVESYTPQ ...文字列: SVDVTLMPID CELSSWSSWT TCDPCQKKRY RYAYLLQPSQ FHGEPCNFSD KEVEDCVTNR PCRSQVRCE GFVCAQTGRC VNRRLLCNGD NDCGDQSDEA NCRRIYKKCQ HEMDQYWGIG S LASGINLF TNSFEGPVLD HRYYAGGCSP HYILNTRFRK PYNVESYTPQ TQGKYEFILK EY ESYSDFE RNVTEKMASK SGFSFGFKIP GIFELGISSQ SDRGKHYIRR TKRFSHTKSV FLH ARSDLE VAHYKLKPRS LMLHYEFLQR VKRLPLEYSY GEYRDLFRDF GTHYITEAVL GGIY EYTLV MNKEAMERGD YTLNNVHACA KNDFKIGGAI EEVYVSLGVS VGKCRGILNE IKDRN KRDT MVEDLVVLVR GGASEHITTL AYQELPTADL MQEWGDAVQY NPAIIKVKVE PLYELV TAT DFAYSSTVRQ NMKQALEEFQ KEVSSCHCAP CQGNGVPVLK GSRCDCICPV GSQGLAC EV SYRKNTPIDG KWNCWSNWSS CSGRRKTRQR QCNNPPPQNG GSPCSGPASE TLDCS |
-分子 #5: Complement protein C8 alpha
分子 | 名称: Complement protein C8 alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS Q KAALGYNI LTQEDAQSVY DASYYGGQCE TVYNGEWREL RYDSTCERLY ...文字列: AATPAAVTCQ LSNWSEWTDC FPCQDKKYRH RSLLQPNKFG GTICSGDIWD QASCSSSTTC VRQAQCGQD FQCKETGRCL KRHLVCNGDQ DCLDGSDEDD CEDVRAIDED CSQYEPIPGS Q KAALGYNI LTQEDAQSVY DASYYGGQCE TVYNGEWREL RYDSTCERLY YGDDEKYFRK PY NFLKYHF EALADTGISS EFYDNANDLL SKVKKDKSDS FGVTIGIGPA GSPLLVGVGV SHS QDTSFL NELNKYNEKK FIFTRIFTKV QTAHFKMRKD DIMLDEGMLQ SLMELPDQYN YGMY AKFIN DYGTHYITSG SMGGIYEYIL VIDKAKMESL GITSRDITTC FGGSLGIQYE DKINV GGGL SGDHCKKFGG GKTERARKAM AVEDIISRVR GGSSGWSGGL AQNRSTITYR SWGRSL KYN PVVIDFEMQP IHEVLRHTSL GPLEAKRQNL RRALDQYLME FNACRCGPCF NNGVPIL EG TSCRCQCRLG SLGAACEQTQ TEGAKADGSW SCWSSWSVCR AGIQERRREC DNPAPQNG G ASCPGRKVQT QAC |
-分子 #6: Complement protein C8 gamma
分子 | 名称: Complement protein C8 gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QKPQRPRRPA SPISTIQPKA NFDAQQFAGT WLLVAVGSAC RFLQEQGHRA EATTLHVAPQ GTAMAVSTF RKLDGICWQV RQLYGDTGVL GRFLLQARDA RGAVHVVVAE TDYQSFAVLY L ERAGQLSV KLYARSLPVS DSVLSGFEQR VQEAHLTEDQ IFYFPKYGFC EAADQFHVLD EV RR |
-分子 #7: Complement protein C9
分子 | 名称: Complement protein C9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVP TEPCEDAEDD CGNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP P CRDRVVEE SELARTAGYG INILGMDPLS TPFDNEFYNG LCNRDRDGNT ...文字列: QYTTSYDPEL TESSGSASHI DCRMSPWSEW SQCDPCLRQM FRSRSIEVFG QFNGKRCTDA VGDRRQCVP TEPCEDAEDD CGNDFQCSTG RCIKMRLRCN GDNDCGDFSD EDDCESEPRP P CRDRVVEE SELARTAGYG INILGMDPLS TPFDNEFYNG LCNRDRDGNT LTYYRRPWNV AS LIYETKG EKNFRTEHYE EQIEAFKSII QEKTSNFNAA ISLKFTPTET NKAEQCCEET ASS ISLHGK GSFRFSYSKN ETYQLFLSYS SKKEKMFLHV KGEIHLGRFV MRNRDVVLTT TFVD DIKAL PTTYEKGEYF AFLETYGTHY SSSGSLGGLY ELIYVLDKAS MKRKGVELKD IKRCL GYHL DVSLAFSEIS VGAEFNKDDC VKRGEGRAVN ITSENLIDDV VSLIRGGTRK YAFELK EKL LRGTVIDVTD FVNWASSIND APVLISQKLS PIYNLVPVKM KNAHLKKQNL ERAIEDY IN EFSVRKCHTC QNGGTVILMD GKCLCACPFK FEGIACEISK QKISEGLPAL EFPNEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.065 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4-1) |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: The initial model was generated in Relion 3.1 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 99277 |