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- EMDB-1114: The crystal structure of coxsackievirus A21 and its interaction w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1114
タイトルThe crystal structure of coxsackievirus A21 and its interaction with ICAM-1.
マップデータThis is an cryo-EM reconstructed map of human coxsackievirus A21 complex with 5 domain ICAM-1kilifi
試料
  • 試料: Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc
  • ウイルス: Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: ICAM-1KilifiFc
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / adhesion of symbiont to host / : / establishment of endothelial barrier ...regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / T cell extravasation / positive regulation of cellular extravasation / regulation of ruffle assembly / T cell antigen processing and presentation / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / membrane to membrane docking / adhesion of symbiont to host / : / establishment of endothelial barrier / cell adhesion mediated by integrin / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / Interleukin-10 signaling / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / 免疫シナプス / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ピコルナイン2A / cellular response to leukemia inhibitory factor / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to glucose stimulus / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cellular response to amyloid-beta / : / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / transmembrane signaling receptor activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / integrin binding / virus receptor activity / protein complex oligomerization / signaling receptor activity / monoatomic ion channel activity / collagen-containing extracellular matrix / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA複製 / RNA helicase activity / receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / induction by virus of host autophagy / 脂質ラフト / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / focal adhesion / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / 細胞膜 / タンパク質分解 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / 免疫グロブリンフォールド / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like ...: / ICAM-1/3/5, D2 domain / Intercellular adhesion molecule / Intercellular adhesion molecule, N-terminal / : / Intercellular adhesion molecule (ICAM), N-terminal domain / Intercellular adhesion molecule/vascular cell adhesion molecule, N-terminal / 免疫グロブリンフォールド / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulin subtype / 抗体 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Intercellular adhesion molecule 1 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Xiao C / Bator-Kelly CM / Rieder E / Chipman PR / Craig A / Kuhn RJ / Wimmer E / Rossmann MG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of coxsackievirus A21 and its interaction with ICAM-1.
著者: Chuan Xiao / Carol M Bator-Kelly / Elizabeth Rieder / Paul R Chipman / Alister Craig / Richard J Kuhn / Eckard Wimmer / Michael G Rossmann /
要旨: CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human ...CVA21 and polioviruses both belong to the Enterovirus genus in the family of Picornaviridae, whereas rhinoviruses form a distinct picornavirus genus. Nevertheless, CVA21 and the major group of human rhinoviruses recognize intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1) as their cellular receptor, whereas polioviruses use poliovirus receptor. The crystal structure of CVA21 has been determined to 3.2 A resolution. Its structure has greater similarity to poliovirus structures than to other known picornavirus structures. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to determine an 8.0 A resolution structure of CVA21 complexed with an ICAM-1 variant, ICAM-1(Kilifi). The cryo-EM map was fitted with the crystal structures of ICAM-1 and CVA21. Significant differences in the structure of CVA21 with respect to the poliovirus structures account for the inability of ICAM-1 to bind polioviruses. The interface between CVA21 and ICAM-1 has shape and electrostatic complementarity with many residues being conserved among those CVAs that bind ICAM-1.
履歴
登録2005年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年3月29日-
マップ公開2005年10月4日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 83
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 83
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1z7z
  • 表面レベル: 83
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1z7z
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1114.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an cryo-EM reconstructed map of human coxsackievirus A21 complex with 5 domain ICAM-1kilifi
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度
表面レベル1: 101.0 / ムービー #1: 83
最小 - 最大-396.970000000000027 - 512.799999999999955
平均 (標準偏差)-1.83118 (±51.307299999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-185-185-185
サイズ371371371
Spacing371371371
セルA=B=C: 742 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z222
M x/y/z371371371
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z742.000742.000742.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-185-185-185
NX/NY/NZ371371371
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-185-185-185
NC/NR/NS371371371
D min/max/mean-396.970512.800-1.831

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc

全体名称: Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc
要素
  • 試料: Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc
  • ウイルス: Human coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: ICAM-1KilifiFc

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超分子 #1000: Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc

超分子名称: Human Coxsackievirus A21 complex with ICAM-1KilifiFc
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 11 MDa

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超分子 #1: Human coxsackievirus A21

超分子名称: Human coxsackievirus A21 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CVA21 / 詳細: CVA21 has 60 ICAM-1Kilifi bound on its surface / NCBI-ID: 12069 / 生物種: Human coxsackievirus A21 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CVA21
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量実験値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 130 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: ICAM-1KilifiFc

分子名称: ICAM-1KilifiFc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ICAM-1Kilifi / 詳細: 60 ICAM-1Kilifi bound to one virus / コピー数: 60 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)細胞: COS7 / 細胞中の位置: cell membrane
分子量実験値: 50 KDa
組換発現生物種: COS7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 200mM NaCl, 10mM Tris-HCL
グリッド詳細: 200 mesh gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 80 K / 装置: REICHERT-JUNG PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Reichert plunger

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 80 K
アライメント法Legacy - Electron beam tilt params: 0
日付2001年3月15日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.98 µm / 実像数: 33 / 平均電子線量: 30 e/Å2 / 詳細: 7um step scanned and averaged to 14um / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: parallelized EMPFT, EM3DR / 使用した粒子像数: 4704
詳細7979 particles were manually boxed by using RobEM

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1iam

ソフトウェア名称: EMFIT
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were separately fitted.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Sumf
得られたモデル

PDB-1z7z:
Cryo-em structure of human coxsackievirus A21 complexed with five domain icam-1kilifi

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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