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- EMDB-11075: Tomogram of a influenza A/Hong Kong/1/1968 virions -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11075
タイトルTomogram of a influenza A/Hong Kong/1/1968 virions
マップデータTomogram showing a influenza A/Hong Kong/1968 virus
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Peukes J / Xiong X / Erlendsson S / Qu K / Wan W / Kraeusslich H-G / Briggs JAG
資金援助European Union, ドイツ, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432European Union
German Research Foundation (DFG)project number 240245660 - SFB1129 ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: The native structure of the assembled matrix protein 1 of influenza A virus.
著者: Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Simon Erlendsson / Kun Qu / William Wan / Leslie J Calder / Oliver Schraidt / Susann Kummer / Stefan M V Freund / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by ...Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by forming an endoskeleton beneath the virus membrane. The structure of full-length M1, and how it oligomerizes to mediate the assembly of virions, is unknown. Here we determine the complete structure of assembled M1 within intact virus particles, as well as the structure of M1 oligomers reconstituted in vitro. We find that the C-terminal domain of M1 is disordered in solution but can fold and bind in trans to the N-terminal domain of another M1 monomer, thus polymerizing M1 into linear strands that coat the interior surface of the membrane of the assembling virion. In the M1 polymer, five histidine residues-contributed by three different monomers of M1-form a cluster that can serve as the pH-sensitive disassembly switch after entry into a target cell. These structures therefore reveal mechanisms of influenza virus assembly and disassembly.
履歴
登録2020年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

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添付画像

emd_11075.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 424.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram showing a influenza A/Hong Kong/1968 virus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.8 Å
密度
最小 - 最大-120 - 137
平均 (標準偏差)2.0763652 (±13.59322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ928960250
Spacing960928250
セルA: 6528.0 Å / B: 6310.4004 Å / C: 1700.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z6.86.86.8
M x/y/z960928250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6528.0006310.4001700.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ79740
NX/NY/NZ93103213
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS960928250
D min/max/mean-120.000137.0002.076

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus

全体名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / Sci species strain: A/Hong Kong/1/1968 (H3N2) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI gold / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 3.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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