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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10802 | ||||||||||||
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タイトル | The Mutant Duck Hepatitis B core protein R124E has a disordered extension domain | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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生物種 | Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (B型肝炎ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Makbul C / Bottcher B | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Slowly folding surface extension in the prototypic avian hepatitis B virus capsid governs stability. 著者: Cihan Makbul / Michael Nassal / Bettina Böttcher / 要旨: Hepatitis B virus (HBV) is an important but difficult to study human pathogen. Most basics of the hepadnaviral life-cycle were unraveled using duck HBV (DHBV) as a model although DHBV has a capsid ...Hepatitis B virus (HBV) is an important but difficult to study human pathogen. Most basics of the hepadnaviral life-cycle were unraveled using duck HBV (DHBV) as a model although DHBV has a capsid protein (CP) comprising ~260 rather than ~180 amino acids. Here we present high-resolution structures of several DHBV capsid-like particles (CLPs) determined by electron cryo-microscopy. As for HBV, DHBV CLPs consist of a dimeric α-helical frame-work with protruding spikes at the dimer interface. A fundamental new feature is a ~ 45 amino acid proline-rich extension in each monomer replacing the tip of the spikes in HBV CP. In vitro, folding of the extension takes months, implying a catalyzed process in vivo. DHBc variants lacking a folding-proficient extension produced regular CLPs in bacteria but failed to form stable nucleocapsids in hepatoma cells. We propose that the extension domain acts as a conformational switch with differential response options during viral infection. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10802.map.gz | 226.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10802-v30.xml emd-10802.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10802_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10802.png | 246.1 KB | ||
マスクデータ | emd_10802_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10802_half_map_1.map.gz emd_10802_half_map_2.map.gz | 204.3 MB 204.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10802 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10802 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10802_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10802_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10802_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hepatitis B virus duck/DHBV-16
全体 | 名称: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (B型肝炎ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Hepatitis B virus duck/DHBV-16
超分子 | 名称: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 489543 / 生物種: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Anas platyrhynchos (アヒル) |
Host system | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 7.2 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: duck Hepatitis B Virus capsid / 直径: 370.0 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: Duck Hepatitis B Virus Capsid Protein Mutant R124E
分子 | 名称: Duck Hepatitis B Virus Capsid Protein Mutant R124E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Mutant with Arg 124 replaced by Glutamate -> charge reversal 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus duck/DHBV-16 (B型肝炎ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDINASRALA NVYDLPDDFF PKIDDLVRDA KDALEPYWKS DSIKKHVLIA THFVDLIEDF WQTTQGMHE IAESLRAVIP PTTTPVPPGY LIQHEEAEEI PLGDLFKHQE ERIVSFQPDY P ITAEIHAH LKAYAKINEE SLDRARRLLW WHYNCLLWGE AQVTNYISRL ...文字列: MDINASRALA NVYDLPDDFF PKIDDLVRDA KDALEPYWKS DSIKKHVLIA THFVDLIEDF WQTTQGMHE IAESLRAVIP PTTTPVPPGY LIQHEEAEEI PLGDLFKHQE ERIVSFQPDY P ITAEIHAH LKAYAKINEE SLDRARRLLW WHYNCLLWGE AQVTNYISRL RTWLSTPEKY RG RDAPTIE AITRPIQVAQ GGRKTTTGTR KPRGLEPRRR KVKTTVVYGR RRSKSRERRA PTP QRAGSP LPRSSSSHHR SPSPRK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: For the vitrification, grids (400 mesh copper grids (type R 1.2/1.3. Quantifoil Micro Tools, Jena/Germany) were rendered hydrophilic by glow discharging in air at a pressure of 29 Pa for 2 ...詳細: For the vitrification, grids (400 mesh copper grids (type R 1.2/1.3. Quantifoil Micro Tools, Jena/Germany) were rendered hydrophilic by glow discharging in air at a pressure of 29 Pa for 2 minutes at medium power with a Plasma Cleaner (model PDC-002. Harrick Plasma Ithaca, NY/USA). Then, 3.5 ul of DHBc solution was pipetted onto the grids and they were plunge frozen in liquid ethane with a Vitrobot mark IV (FEI-Thermo Fisher Scientific). The settings for the Vitrobot were 3s blot time, 45 s wait time, blot force 0 at a temperature of 4 C and 100 % humidity. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1226 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: movie mode, 2 images per hole, 20 fractions per movie |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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