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- EMDB-10744: Microtubule Nucleation by Single Human gamma-TuRC in a Partly Ope... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10744
タイトルMicrotubule Nucleation by Single Human gamma-TuRC in a Partly Open Asymmetric Conformation
マップデータCryo-EM structure of human gamma-TuRC
試料
  • 複合体: gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: gamma-tubulin ring complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Locke J / Costa A
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)820102 英国
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2020
タイトル: Microtubule Nucleation Properties of Single Human γTuRCs Explained by Their Cryo-EM Structure.
著者: Tanja Consolati / Julia Locke / Johanna Roostalu / Zhuo Angel Chen / Julian Gannon / Jayant Asthana / Wei Ming Lim / Fabrizio Martino / Milos A Cvetkovic / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Thomas Surrey /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γTuRC) is the major microtubule nucleator in cells. The mechanism of its regulation is not understood. We purified human γTuRC and measured its nucleation properties in ...The γ-tubulin ring complex (γTuRC) is the major microtubule nucleator in cells. The mechanism of its regulation is not understood. We purified human γTuRC and measured its nucleation properties in a total internal reflection fluorescence (TIRF) microscopy-based real-time nucleation assay. We find that γTuRC stably caps the minus ends of microtubules that it nucleates stochastically. Nucleation is inefficient compared with microtubule elongation. The 4 Å resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of γTuRC, combined with crosslinking mass spectrometry analysis, reveals an asymmetric conformation with only part of the complex in a "closed" conformation matching the microtubule geometry. Actin in the core of the complex, and MZT2 at the outer perimeter of the closed part of γTuRC appear to stabilize the closed conformation. The opposite side of γTuRC is in an "open," nucleation-incompetent conformation, leading to a structural asymmetry explaining the low nucleation efficiency of purified human γTuRC. Our data suggest possible regulatory mechanisms for microtubule nucleation by γTuRC closure.
履歴
登録2020年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2020年6月17日-
現状2020年6月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of human gamma-TuRC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.049079012 - 0.062492684
平均 (標準偏差)0.00005164352 (±0.00091257173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 552.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z552.960552.960552.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0490.0620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : gamma-tubulin ring complex

全体名称: gamma-tubulin ring complex
要素
  • 複合体: gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: gamma-tubulin ring complex

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超分子 #1: gamma-tubulin ring complex

超分子名称: gamma-tubulin ring complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HeLa-Kyoto cells
分子量理論値: 2.2 MDa

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分子 #1: gamma-tubulin ring complex

分子名称: gamma-tubulin ring complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Complex consists of 5x native GCP2/GCP with mBFP tag, 5x GCP3, 2x GCP4, 1x GCP5, 1x GCP6 and other factors
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLTE DKETLQYLQQ NAKERAELAA AAVGSSTTSI NVPAAASKIS MQELEELRKQ LGSVATGSTL QQSLELKRKM LRDKQNKKNS ...文字列:
MSEFRIHHDV NELLSLLRVH GGDGAEVYID LLQKNRTPYV TTTVSAHSAK VKIAEFSRTP EDFLKKYDEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLTE DKETLQYLQQ NAKERAELAA AAVGSSTTSI NVPAAASKIS MQELEELRKQ LGSVATGSTL QQSLELKRKM LRDKQNKKNS GQHLPIFPAW VYERPALIGD FLIGAGISTD TALPIGTLPL ASQESAVVED LLYVLVGVDG RYVSAQPLAG RQSRTFLVDP NLDLSIRELV HRILPVAASY SAVTRFIEEK SSFEYGQVNH ALAAAMRTLV KEHLILVSQL EQLHRQGLLS LQKLWFYIQP AMRTMDILAS LATSVDKGEC LGGSTLSLLH DRSFSYTGDS QAQELCLYLT KAASAPYFEV LEKWIYRGII HDPYSEFMVE EHELRKERIQ EDYNDKYWDQ RYTIVQQQIP SFLQKMADKI LSTGKYLNVV RECGHDVTCP VAKEIIYTLK ERAYVEQIEK AFNYASKVLL DFLMEEKELV AHLRSIKRYF LMDQGDFFVH FMDLAEEELR KPVEDITPPR LEALLELALR MSTANTDPFK DDLKIDLMPH DLITQLLRVL AIETKQEKAM AHADPTELAL SGLEAFSFDY IVKWPLSLII NRKALTRYQM LFRHMFYCKH VERQLCSVWI SNKTAKQHSL HSAQWFAGAF TLRQRMLNFV QNIQYYMMFE VMEPTWHILE KNLKSASNID DVLGHHTGFL DTCLKDCMLT NPELLKVFSK LMSVCVMFTN CMQKFTQSMK LDGELGGQTL EHSTVLGLPA GAEERARKEL ARKHLAEHAD TVQLVSGFEA TINKFDKNFS AHLLDLLARL SIYSTSDCEH GMASVISRLD FNGFYTERLE RLSAERSQKA TPQVPVLRGP PAPAPRVAVT AQGGGGGENL YFQGGGGGGS EELIKENMHM KLYMEGTVDN HHFKCTSEGE GKPYEGTQTM RIKVVEGGPL PFAFDILATS FLYGSKTFIN HTQGIPDFFK QSFPEGFTWE RVTTYEDGGV LTATQDTSLQ DGCLIYNVKI RGVNFTSNGP VMQKKTLGWE AFTETLYPAD GGLEGRNDMA LKLVGGSHLI ANIKTTYRSK KPAKNLKMPG VYYVDYRLER IKEANNETYV EQHEVAVARY CDLPSKLGHK LNGGGGGGLN DIFEAQKIEW HE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2400 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. v.1.18)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 522496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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