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万見
- EMDB-10139: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III fila... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10139
タイトルSegment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments in the equatorial binding mode formed from Snf7/Vps24/Vps2
マップデータSegment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments in the equatorial binding mode formed from Snf7/Vps24/Vps2
試料
  • 複合体: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments with different binding modes formed from Snf7/Vps24/Vps2
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.4 Å
データ登録者Moser von Filseck J / Roux A
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
European UnionH2020 Grant # 653706 PID:6073 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Anisotropic ESCRT-III architecture governs helical membrane tube formation.
著者: Joachim Moser von Filseck / Luca Barberi / Nathaniel Talledge / Isabel E Johnson / Adam Frost / Martin Lenz / Aurélien Roux /
要旨: ESCRT-III proteins assemble into ubiquitous membrane-remodeling polymers during many cellular processes. Here we describe the structure of helical membrane tubes that are scaffolded by bundled ESCRT- ...ESCRT-III proteins assemble into ubiquitous membrane-remodeling polymers during many cellular processes. Here we describe the structure of helical membrane tubes that are scaffolded by bundled ESCRT-III filaments. Cryo-ET reveals how the shape of the helical membrane tube arises from the assembly of two distinct bundles of helical filaments that have the same helical path but bind the membrane with different interfaces. Higher-resolution cryo-EM of filaments bound to helical bicelles confirms that ESCRT-III filaments can interact with the membrane through a previously undescribed interface. Mathematical modeling demonstrates that the interface described above is key to the mechanical stability of helical membrane tubes and helps infer the rigidity of the described protein filaments. Altogether, our results suggest that the interactions between ESCRT-III filaments and the membrane could proceed through multiple interfaces, to provide assembly on membranes with various shapes, or adapt the orientation of the filaments towards the membrane during membrane remodeling.
履歴
登録2019年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.64
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments in the equatorial binding mode formed from Snf7/Vps24/Vps2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.28 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.64 / ムービー #1: 3.64
最小 - 最大-17.65612 - 15.330681
平均 (標準偏差)0.017136471 (±3.3157442)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ606040
Spacing606040
セルA: 256.80002 Å / B: 256.80002 Å / C: 171.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.284.284.28
M x/y/z606040
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z256.800256.800171.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS606040
D min/max/mean-17.65615.3310.017

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_10139_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_10139_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10139_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10139_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III fila...

全体名称: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments with different binding modes formed from Snf7/Vps24/Vps2
要素
  • 複合体: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments with different binding modes formed from Snf7/Vps24/Vps2

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超分子 #1: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III fila...

超分子名称: Segment of helical membrane tube with longitudinal ESCRT-III filaments with different binding modes formed from Snf7/Vps24/Vps2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 30 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 17 / 使用した粒子像数: 8150 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.401)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.401) / 使用したサブトモグラム数: 2036
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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