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- EMDB-10097: Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10097
タイトルFaba bean necrotic stunt virus (FBNSV)
マップデータsharpened map
試料
  • ウイルス: Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
機能・相同性Nanovirus coat protein / Nanovirus coat protein / virion component => GO:0044423 / カプシド
機能・相同性情報
生物種Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Trapani S / Lai Kee Him J / Blanc S / Bron P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-14- 15 CE02-0014 フランス
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Structure-guided mutagenesis of the capsid protein indicates that a nanovirus requires assembled viral particles for systemic infection.
著者: Stefano Trapani / Eijaz Ahmed Bhat / Michel Yvon / Joséphine Lai-Kee-Him / François Hoh / Marie-Stéphanie Vernerey / Elodie Pirolles / Mélia Bonnamy / Guy Schoehn / Jean-Louis Zeddam / ...著者: Stefano Trapani / Eijaz Ahmed Bhat / Michel Yvon / Joséphine Lai-Kee-Him / François Hoh / Marie-Stéphanie Vernerey / Elodie Pirolles / Mélia Bonnamy / Guy Schoehn / Jean-Louis Zeddam / Stéphane Blanc / Patrick Bron /
要旨: Nanoviruses are plant multipartite viruses with a genome composed of six to eight circular single-stranded DNA segments. The distinct genome segments are encapsidated individually in icosahedral ...Nanoviruses are plant multipartite viruses with a genome composed of six to eight circular single-stranded DNA segments. The distinct genome segments are encapsidated individually in icosahedral particles that measure ≈18 nm in diameter. Recent studies on the model species Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV) revealed that complete sets of genomic segments rarely occur in infected plant cells and that the function encoded by a given viral segment can complement the others across neighbouring cells, presumably by translocation of the gene products through unknown molecular processes. This allows the viral genome to replicate, assemble into viral particles and infect anew, even with the distinct genome segments scattered in different cells. Here, we question the form under which the FBNSV genetic material propagates long distance within the vasculature of host plants and, in particular, whether viral particle assembly is required. Using structure-guided mutagenesis based on a 3.2 Å resolution cryogenic-electron-microscopy reconstruction of the FBNSV particles, we demonstrate that specific site-directed mutations preventing capsid formation systematically suppress FBNSV long-distance movement, and thus systemic infection of host plants, despite positive detection of the mutated coat protein when the corresponding segment is agroinfiltrated into plant leaves. These results strongly suggest that the viral genome does not propagate within the plant vascular system under the form of uncoated DNA molecules or DNA:coat-protein complexes, but rather moves long distance as assembled viral particles.
履歴
登録2019年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s44
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6s44
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 172.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0162 / ムービー #1: 0.0162
最小 - 最大-0.03368195 - 0.07579645
平均 (標準偏差)5.2229225e-05 (±0.0035383527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ356356356
Spacing356356356
セルA=B=C: 430.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.211.211.21
M x/y/z356356356
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.760430.760430.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS356356356
D min/max/mean-0.0340.0760.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10097_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_10097_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half dataset map 2

ファイルemd_10097_half_map_1.map
注釈half dataset map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half dataset map 1

ファイルemd_10097_half_map_2.map
注釈half dataset map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Faba bean necrotic stunt virus

全体名称: Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド

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超分子 #1: Faba bean necrotic stunt virus

超分子名称: Faba bean necrotic stunt virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 283824 / 生物種: Faba bean necrotic stunt virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Faba bean necrotic stunt virus (ウイルス)
分子量理論値: 19.200422 KDa
配列文字列:
MVSNWNWSGK KGRRTPRRGY TRPFKSAVPT TRVVVHQSAV LKKDDVSGSE IKPEGDVARY KIRKVMLSCT LRMRPGELVN YLIVKCSSP IVNWSAAFTA PALMVKESCQ DMITIIGKGK VESNGVAGSD CTKSFNKFIR LGAGISQTQH LYVVMYTSEA V KTVLEHRV YIEV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 5156
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6s44:
Faba bean necrotic stunt virus (FBNSV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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