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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29452 | |||||||||
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タイトル | Structure Of Respiratory Syncytial Virus Polymerase with Novel Non-Nucleoside Inhibitor | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RSV / Polymerase (ポリメラーゼ) / Non-Nucleoside Inhibitor / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ウイルスのライフサイクル / virion component / : / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ウイルスのライフサイクル / virion component / : / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu X / Abeywickrema P / Bonneux B / Behera I / Jacoby E / Fung A / Adhikary S / Bhaumik A / Carbajo RJ / Bruyn SD ...Yu X / Abeywickrema P / Bonneux B / Behera I / Jacoby E / Fung A / Adhikary S / Bhaumik A / Carbajo RJ / Bruyn SD / Miller R / Patrick A / Pham Q / Piassek M / Verheyen N / Shareef A / Sutto-Ortiz P / Ysebaert N / Vlijmen HV / Jonckers THM / Herschke F / McLellan JS / Decroly E / Fearns R / Grosse S / Roymans D / Sharma S / Rigaux P / Jin Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structural and mechanistic insights into the inhibition of respiratory syncytial virus polymerase by a non-nucleoside inhibitor. 著者: Xiaodi Yu / Pravien Abeywickrema / Brecht Bonneux / Ishani Behera / Brandon Anson / Edgar Jacoby / Amy Fung / Suraj Adhikary / Anusarka Bhaumik / Rodrigo J Carbajo / Suzanne De Bruyn / Robyn ...著者: Xiaodi Yu / Pravien Abeywickrema / Brecht Bonneux / Ishani Behera / Brandon Anson / Edgar Jacoby / Amy Fung / Suraj Adhikary / Anusarka Bhaumik / Rodrigo J Carbajo / Suzanne De Bruyn / Robyn Miller / Aaron Patrick / Quyen Pham / Madison Piassek / Nick Verheyen / Afzaal Shareef / Priscila Sutto-Ortiz / Nina Ysebaert / Herman Van Vlijmen / Tim H M Jonckers / Florence Herschke / Jason S McLellan / Etienne Decroly / Rachel Fearns / Sandrine Grosse / Dirk Roymans / Sujata Sharma / Peter Rigaux / Zhinan Jin / 要旨: The respiratory syncytial virus polymerase complex, consisting of the polymerase (L) and phosphoprotein (P), catalyzes nucleotide polymerization, cap addition, and cap methylation via the RNA ...The respiratory syncytial virus polymerase complex, consisting of the polymerase (L) and phosphoprotein (P), catalyzes nucleotide polymerization, cap addition, and cap methylation via the RNA dependent RNA polymerase, capping, and Methyltransferase domains on L. Several nucleoside and non-nucleoside inhibitors have been reported to inhibit this polymerase complex, but the structural details of the exact inhibitor-polymerase interactions have been lacking. Here, we report a non-nucleoside inhibitor JNJ-8003 with sub-nanomolar inhibition potency in both antiviral and polymerase assays. Our 2.9 Å resolution cryo-EM structure revealed that JNJ-8003 binds to an induced-fit pocket on the capping domain, with multiple interactions consistent with its tight binding and resistance mutation profile. The minigenome and gel-based de novo RNA synthesis and primer extension assays demonstrated that JNJ-8003 inhibited nucleotide polymerization at the early stages of RNA transcription and replication. Our results support that JNJ-8003 binding modulates a functional interplay between the capping and RdRp domains, and this molecular insight could accelerate the design of broad-spectrum antiviral drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29452.map.gz | 78.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29452-v30.xml emd-29452.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29452_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29452.png | 37.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29452.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_29452_half_map_1.map.gz emd_29452_half_map_2.map.gz | 65.4 MB 65.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29452 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29452 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fu3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29452.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29452_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29452_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure Of Respiratory Syncytial Virus Polymerase with Novel No...
全体 | 名称: Structure Of Respiratory Syncytial Virus Polymerase with Novel Non-Nucleoside Inhibitor |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure Of Respiratory Syncytial Virus Polymerase with Novel No...
超分子 | 名称: Structure Of Respiratory Syncytial Virus Polymerase with Novel Non-Nucleoside Inhibitor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
分子量 | 理論値: 254.48275 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSWSHPQFE KGSGSGSSWS HPQFEKGSGS LVPRGSMDPI INGNSANVYL TDSYLKGVIS FSECNALGSY IFNGPYLKND YTNLISRQN PLIEHMNLKK LNITQSLISK YHKGEIKLEE PTYFQSLLMT YKSMTSSEQI ATTNLLKKII RRAIEISDVK V YAILNKLG ...文字列: MGSWSHPQFE KGSGSGSSWS HPQFEKGSGS LVPRGSMDPI INGNSANVYL TDSYLKGVIS FSECNALGSY IFNGPYLKND YTNLISRQN PLIEHMNLKK LNITQSLISK YHKGEIKLEE PTYFQSLLMT YKSMTSSEQI ATTNLLKKII RRAIEISDVK V YAILNKLG LKEKDKIKSN NGQDEDNSVI TTIIKDDILS AVKDNQSHLK ADKNHSTKQK DTIKTTLLKK LMCSMQHPPS WL IHWFNLY TKLNNILTQY RSNEVKNHGF TLIDNQTLSG FQFILNQYGC IVYHKELKRI TVTTYNQFLT WKDISLSRLN VCL ITWISN CLNTLNKSLG LRCGFNNVIL TQLFLYGDCI LKLFHNEGFY IIKEVEGFIM SLILNITEED QFRKRFYNSM LNNI TDAAN KAQKNLLSRV CHTLLDKTVS DNIINGRWII LLSKFLKLIK LAGDNNLNNL SELYFLFRIF GHPMVDERQA MDAVK INCN ETKFYLLSSL SMLRGAFIYR IIKGFVNNYN RWPTLRNAIV LPLRWLTYYK LNTYPSLLEL TERDLIVLSG LRFYRE FRL PKKVDLEMII NDKAISPPKN LIWTSFPRNY MPSHIQNYIE HEKLKFSESD KSRRVLEYYL RDNKFNECDL YNCVVNQ SY LNNPNHVVSL TGKERELSVG RMFAMQPGMF RQVQILAEKM IAENILQFFP ESLTRYGDLE LQKILELKAG ISNKSNRY N DNYNNYISKC SIITDLSKFN QAFRYETSCI CSDVLDELHG VQSLFSWLHL TIPHVTIICT YRHAPPYIGD HIVDLNNVD EQSGLYRYHM GGIEGWCQKL WTIEAISLLD LISLKGKFSI TALINGDNQS IDISKPIRLM EGQTHAQADY LLALNSLKLL YKEYAGIGH KLKGTETYIS RDMQFMSKTI QHNGVYYPAS IKKVLRVGPW INTILDDFKV SLESIGSLTQ ELEYRGESLL C SLIFRNVW LYNQIALQLK NHALCNNKLY LDILKVLKHL KTFFNLDNID TALTLYMNLP MLFGGGDPNL LYRSFYRRTP DF LTEAIVH SVFILSYYTN HDLKDKLQDL SDDRLNKFLT CIITFDKNPN AEFVTLMRDP QALGSERQAK ITSEINRLAV TEV LSTAPN KIFSKSAQHY TTTEIDLNDI MQNIEPTYPH GLRVVYESLP FYKAEKIVNL ISGTKSITNI LEKTSAIDLT DIDR ATEMM RKNITLLIRI LPLDCNRDKR EILSMENLSI TELSKYVRER SWSLSNIVGV TSPSIMYTMD IKYTTSTISS GIIIE KYNV NSLTRGERGP TKPWVGSSTQ EKKTMPVYNR QVLTKKQRDQ IDLLAKLDWV YASIDNKDEF MEELSIGTLG LTYEKA KKL FPQYLSVNYL HRLTVSSRPC EFPASIPAYR TTNYHFDTSP INRILTEKYG DEDIDIVFQN CISFGLSLMS VVEQFTN VC PNRIILIPKL NEIHLMKPPI FTGDVDIHKL KQVIQKQHMF LPDKISLTQY VELFLSNKTL KSGSHVNSNL ILAHKISD Y FHNTYILSTN LAGHWILIIQ LMKDSKGIFE KDWGEGYITD HMFINLKVFF NAYKTYLLCF HKGYGKAKLE CDMNTSDLL CVLELIDSSY WKSMSKVFLE QKVIKYILSQ DASLHRVKGC HSFKLWFLKR LNVAEFTVCP WVVNIDYHPT HMKAILTYID LVRMGLINI DRIHIKNKHK FNDEFYTSNL FYINYNFSDN THLLTKHIRI ANSELENNYN KLYHPTPETL ENILANPIKS N DKKTLNDY CIGKNVDSIM LPLLSNKKLI KSSAMIRTNY SKQDLYNLFP MVVIDRIIDH SGNTAKSNQL YTTTSHQISL VH NSTSLYC MLPWHHINRF NFVFSSTGCK ISIEYILKDL KIKDPNCIAF IGEGAGNLLL RTVVELHPDI RYIYRSLKDC NDH SLPIEF LRLYNGHINI DYGENLTIPA TDATNNIHWS YLHIKFAEPI SLFVCDAELS VTVNWSKIII EWSKHVRKCK YCSS VNKCM LIVKYHAQDD IDFKLDNITI LKTYVCLGSK LKGSEVYLVL TIGPANIFPV FNVVQNAKLI LSRTKNFIMP KKADK ESID ANIKSLIPFL CYPITKKGIN TALSKLKSVV SGDILSYSIA GRNEVFSNKL INHKHMNILK WFNHVLNFRS TELNYN HLY MVESTYPYLS ELLNSLTTNE LKKLIKITGS LLYNFHNE UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #2: Phosphoprotein
分子 | 名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
分子量 | 理論値: 29.062895 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD ...文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD AMIGLREEMI EKIRTEALMT NDRLEAMARL RNEESEKMAK DTSDEVSLNP TSEKLNNLLE GNDSDNDLSL ED FKGENKY FQGHHHHHH UniProtKB: Phosphoprotein |
-分子 #3: 8-methoxy-3-methyl-N-{(2S)-3,3,3-trifluoro-2-[5-fluoro-6-(4-fluor...
分子 | 名称: 8-methoxy-3-methyl-N-{(2S)-3,3,3-trifluoro-2-[5-fluoro-6-(4-fluorophenyl)-4-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-hydroxypropyl}cinnoline-6-carboxamide タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: YBK |
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分子量 | 理論値: 576.515 Da |
Chemical component information | ChemComp-YBK: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |