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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6559 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure of ribosome-bound initiation factor 2 70S IC II state | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the 70S-fMet-tRNAiMet-IF2-GDPNP complex, IC II state | |||||||||
試料 |
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キーワード | translation initiation / ribosome (リボソーム) / initiation / Initiation Factor 2 / 70S initiation complex / prokaryotes / GTPase (GTPアーゼ) / translation GTPAse | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation ...guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / chaperone-mediated protein folding / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sprink T / Ramrath DJF / Yamamoto H / Yamamoto K / Loerke J / Ismer J / Hildebrand PW / Scheerer P / Buerger J / Mielke T / Spahn CMT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016 タイトル: Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association. 著者: Thiemo Sprink / David J F Ramrath / Hiroshi Yamamoto / Kaori Yamamoto / Justus Loerke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Patrick Scheerer / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / 要旨: Throughout the four phases of protein biosynthesis-initiation, elongation, termination, and recycling-the ribosome is controlled and regulated by at least one specified translational guanosine ...Throughout the four phases of protein biosynthesis-initiation, elongation, termination, and recycling-the ribosome is controlled and regulated by at least one specified translational guanosine triphosphatase (trGTPase). Although the structural basis for trGTPase interaction with the ribosome has been solved for the last three steps of translation, the high-resolution structure for the key initiation trGTPase, initiation factor 2 (IF2), complexed with the ribosome, remains elusive. We determine the structure of IF2 complexed with a nonhydrolyzable guanosine triphosphate analog and initiator fMet-tRNAi (Met) in the context of the Escherichia coli ribosome to 3.7-Å resolution using cryo-electron microscopy. The structural analysis reveals previously unseen intrinsic conformational modes of the 70S initiation complex, establishing the mutual interplay of IF2 and initator transfer RNA (tRNA) with the ribsosome and providing the structural foundation for a mechanistic understanding of the final steps of translation initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6559.map.gz | 163.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6559-v30.xml emd-6559.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6559.png | 347 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6559 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6559 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 173.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the 70S-fMet-tRNAiMet-IF2-GDPNP complex, IC II state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.025 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli Initiation Factor 2 stalled on Escherichia coli ...
全体 | 名称: Escherichia coli Initiation Factor 2 stalled on Escherichia coli 70S ribosomes by the non-hydrolysable GTP analogue GDPNP in the presence of fMet-tRNAiMet and mRNA |
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要素 |
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-超分子 #1000: Escherichia coli Initiation Factor 2 stalled on Escherichia coli ...
超分子 | 名称: Escherichia coli Initiation Factor 2 stalled on Escherichia coli 70S ribosomes by the non-hydrolysable GTP analogue GDPNP in the presence of fMet-tRNAiMet and mRNA タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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分子量 | 実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.6 MDa |
-超分子 #1: 70S ribosome
超分子 | 名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.6 MDa |
-分子 #1: fMet-tRNAiMet
分子 | 名称: fMet-tRNAiMet / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: initiator tRNA / 分類: TRANSFER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: Initiation Factor 2
分子 | 名称: Initiation Factor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IF2 / 詳細: bound to GNPPNP / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 97 KDa / 理論値: 97 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pQE-60 |
配列 | UniProtKB: Translation initiation factor IF-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine |
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グリッド | 詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 手法: Blot for 2-4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法 #1
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.18 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.64 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
Microscopy ID | 1 |
日付 | 2013年8月26日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 918 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Automated data collection using Leginon |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #2
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 7.57 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.19 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
Microscopy ID | 2 |
日付 | 2015年6月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2797 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Automated data collection using Leginon |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND4 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, CTFFIND4, SPIDER, SPARX 詳細: Final maps were calculated from two combined datasets. To avoid overfitting, the data were refined in a resolution-limited scheme using SPIDER. 使用した粒子像数: 54585 |
詳細 | To avoid overfitting, the data was refined in a resolution-limited scheme using SPIDER. |