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万見
- EMDB-6265: Three-dimensional reconstruction of yeast Ape1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6265
タイトルThree-dimensional reconstruction of yeast Ape1
マップデータReconstruction of yeast Ape1
試料
  • 試料: aminopeptidase 1 of yeast
  • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase 1
キーワードAutophagic vesicle formation
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Su MY / Su SC / Chang YC / Chang CI
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2015
タイトル: Structure of yeast Ape1 and its role in autophagic vesicle formation.
著者: Ming-Yuan Su / Wen-Hsin Peng / Meng-Ru Ho / Shih-Chieh Su / Yuan-Chih Chang / Guang-Chao Chen / Chung-I Chang /
要旨: In Saccharomyces cerevisiae, a constitutive biosynthetic transport pathway, termed the cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, sequesters precursor aminopeptidase I (prApe1) dodecamers in the ...In Saccharomyces cerevisiae, a constitutive biosynthetic transport pathway, termed the cytoplasm-to-vacuole targeting (Cvt) pathway, sequesters precursor aminopeptidase I (prApe1) dodecamers in the form of a large complex into a Cvt vesicle using autophagic machinery, targeting it into the vacuole (the yeast lysosome) where it is proteolytically processed into its mature form, Ape1, by removal of an amino-terminal 45-amino acid propeptide. prApe1 is thought to serve as a scaffolding cargo critical for the assembly of the Cvt vesicle by presenting the propeptide to mediate higher-ordered complex formation and autophagic receptor recognition. Here we report the X-ray crystal structure of Ape1 at 2.5 Å resolution and reveal its dodecameric architecture consisting of dimeric and trimeric units, which associate to form a large tetrahedron. The propeptide of prApe1 exhibits concentration-dependent oligomerization and forms a stable tetramer. Structure-based mutagenesis demonstrates that disruption of the inter-subunit interface prevents dodecameric assembly and vacuolar targeting in vivo despite the presence of the propeptide. Furthermore, by examining the vacuolar import of propeptide-fused exogenous protein assemblies with different quaternary structures, we found that 3-dimensional spatial distribution of propeptides presented by a scaffolding cargo is essential for the assembly of the Cvt vesicle for vacuolar delivery. This study describes a molecular framework for understanding the mechanism of Cvt or autophagosomal biogenesis in selective macroautophagy.
履歴
登録2015年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月18日-
マップ公開2015年3月18日-
更新2015年3月25日-
現状2015年3月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0002
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6265.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of yeast Ape1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.0002
最小 - 最大-0.00171373 - 0.00231679
平均 (標準偏差)-0.0000931 (±0.00038824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-56-56
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 184.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.651.651.65
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z184.800184.800184.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-56-56-56
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-0.0020.002-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : aminopeptidase 1 of yeast

全体名称: aminopeptidase 1 of yeast
要素
  • 試料: aminopeptidase 1 of yeast
  • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase 1

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超分子 #1000: aminopeptidase 1 of yeast

超分子名称: aminopeptidase 1 of yeast / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One homododecamer of Ape1 / Number unique components: 1
分子量実験値: 720 KDa / 理論値: 720 KDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: Aminopeptidase 1

分子名称: Aminopeptidase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量実験値: 720 KDa / 理論値: 720 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl acetate for 60 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh gold grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION回折 / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2015年1月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 29586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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