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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5489 | |||||||||
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タイトル | Improved Reconstruction of the Human Ndc80 Bonsai Decorated Microtubule | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of 14 protofilament microtubule decorated with Ndc80 Bonsai | |||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule / Ndc80 / Hec1 / kinetochore / mitosis | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Alushin GM / Musinipally V / Matson D / Tooley J / Stukenberg PT / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Multimodal microtubule binding by the Ndc80 kinetochore complex. 著者: Gregory M Alushin / Vivek Musinipally / Daniel Matson / John Tooley / P Todd Stukenberg / Eva Nogales / 要旨: The Ndc80 complex is a key site of kinetochore-microtubule attachment during cell division. The human complex engages microtubules with a globular 'head' formed by tandem calponin-homology domains ...The Ndc80 complex is a key site of kinetochore-microtubule attachment during cell division. The human complex engages microtubules with a globular 'head' formed by tandem calponin-homology domains and an 80-amino-acid unstructured 'tail' that contains sites of phosphoregulation by the Aurora B kinase. Using biochemical, cell biological and electron microscopy analyses, we dissected the roles of the tail in binding of microtubules and mediation of cooperative interactions between Ndc80 complexes. Two segments of the tail that contain Aurora B phosphorylation sites become ordered at interfaces; one with tubulin and the second with an adjacent Ndc80 head on the microtubule surface, forming interactions that are disrupted by phosphorylation. We propose a model in which Ndc80's interaction with either growing or shrinking microtubule ends can be tuned by the phosphorylation state of its tail. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5489.map.gz | 55.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5489-v30.xml emd-5489.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5489.png | 236.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5489 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5489 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of 14 protofilament microtubule decorated with Ndc80 Bonsai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.48 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
全体 | 名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule
超分子 | 名称: Human Ndc80 bonsai complex bound to the microtubule / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Ndc80 bonsai is a heterodimer of Ndc80-Spc25 and Nuf2-Spc24; tubulin is a heterodimer of alpha and beta tubulin 集合状態: 2 copies of the Ndc80 bonsai complex bind to each tubulin heterodimer Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 260 KDa |
-分子 #1: tubulin
分子 | 名称: tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: tubulin / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: bovine / 組織: brain / 細胞中の位置: cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #2: Ndc80-Spc25 Chimera
分子 | 名称: Ndc80-Spc25 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Chimera of Ndc80 residues 1-286 and Spc25 residues 118-224 コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore |
分子量 | 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS |
-分子 #3: Nuf2-Spc24 Chimera
分子 | 名称: Nuf2-Spc24 Chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: Chimera of Nuf2 residues 1-169 and Spc24 residues 122-197 コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Kinetochore |
分子量 | 理論値: 29 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pGEX6p-2RBS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 80mM PIPES, 1mM MgCl2, 1mM EGTA, 1mM DTT, 0.05% Nonidet P-40, 20uM taxol |
グリッド | 詳細: C-flat 1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II 手法: 2 uL of 0.25 mg/mL MTs applied to grid for 1 minute, 4 uL of 0.7 mg/mL Ndc80 bonsai added, manually blot 1 minute, another 4 uL of Ndc80 applied for 1 minute, 2 uL removed with pipettor, blot ...手法: 2 uL of 0.25 mg/mL MTs applied to grid for 1 minute, 4 uL of 0.7 mg/mL Ndc80 bonsai added, manually blot 1 minute, another 4 uL of Ndc80 applied for 1 minute, 2 uL removed with pipettor, blot for 2 seconds before plunging, 0 mm offset |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism corrected at 100Kx mag |
日付 | 2009年3月12日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were aligned using IHRSR in EMAN2/SPARX followed by FREALIGN |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.59601 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 25.74778 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2/SPARX, FREALIGN 詳細: Particles were initially aligned using multi-model IHRSR protocol in EMAN2/SPARX with naked 13 and 14 protofilament microtubules as references. Final reconstruction and CTF correction were ...詳細: Particles were initially aligned using multi-model IHRSR protocol in EMAN2/SPARX with naked 13 and 14 protofilament microtubules as references. Final reconstruction and CTF correction were performed for 14 protofilament segments with FREALIGN v8.9. A B-factor of -1000 was applied with BFACTOR with a peak at 8.3 Angstrom. FSC was calculated only for MT and Ndc80-NUF2 head, disordered outer head was excluded with soft mask. |
CTF補正 | 詳細: Each particle |