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- EMDB-5407: Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5407
タイトルCryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module
マップデータCryo-EM map of a complex including RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA. TFIIB, TBP, and DNA are not visible in the map and are presumed to be disordered
試料
  • 試料: Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: Head module
  • タンパク質・ペプチド: TFIIFTranscription factor II F
キーワードtranscription (転写 (生物学)) / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / Mediator / Head module / preinitiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / mediator complex / RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / mediator complex / RPB4-RPB7 complex / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / DNA修復 / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / ペルオキシソーム / transcription corepressor activity / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 ...: / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Cai G / Chaban Y / Imasaki T / Kovacs JA / Calero G / Penczek PA / Takagi Y / Asturias FJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Interaction of the mediator head module with RNA polymerase II.
著者: Gang Cai / Yuriy L Chaban / Tsuyoshi Imasaki / Julio A Kovacs / Guillermo Calero / Pawel A Penczek / Yuichiro Takagi / Francisco J Asturias /
要旨: Mediator, a large (21 polypeptides, MW ∼1 MDa) complex conserved throughout eukaryotes, plays an essential role in control of gene expression by conveying regulatory signals that influence the ...Mediator, a large (21 polypeptides, MW ∼1 MDa) complex conserved throughout eukaryotes, plays an essential role in control of gene expression by conveying regulatory signals that influence the activity of the preinitiation complex. However, the precise mode of interaction between Mediator and RNA polymerase II (RNAPII), and the mechanism of regulation by Mediator remain elusive. We used cryo-electron microscopy and reconstituted in vitro transcription assays to characterize a transcriptionally-active complex including the Mediator Head module and components of a minimum preinitiation complex (RNAPII, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA). Our results reveal how the Head interacts with RNAPII, affecting its conformation and function.
履歴
登録2012年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年4月5日-
マップ公開2012年5月15日-
更新2012年5月15日-
現状2012年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-3j1n, PDB-3j1o
  • 表面レベル: 3.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j1n
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j1o
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5407_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of a complex including RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA. TFIIB, TBP, and DNA are not visible in the map and are presumed to be disordered
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.25 / ムービー #1: 3.25
最小 - 最大-4.34038925 - 32.475795750000003
平均 (標準偏差)0.5565064 (±2.3740778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 268.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.833.833.83
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z268.100268.100268.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-4.34032.4760.557

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB,...

全体名称: Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA
要素
  • 試料: Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: Head module
  • タンパク質・ペプチド: TFIIFTranscription factor II F

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超分子 #1000: Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB,...

超分子名称: Complex of RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Although biochemical and functional evidence indicates the presence of all 6 original components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF, TFIIB, TBP, DNA), only 3 components (RNA polymerase ...詳細: Although biochemical and functional evidence indicates the presence of all 6 original components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF, TFIIB, TBP, DNA), only 3 components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF) can be clearly identified in the cryo-EM map.
Number unique components: 6
分子量理論値: 900 KDa / 手法: sequence

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分子 #1: RNA polymerase II

分子名称: RNA polymerase II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: pol II / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量理論値: 540 KDa

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分子 #2: Head module

分子名称: Head module / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Head / コピー数: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量理論値: 240 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) / 組換プラスミド: pBakPAC

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分子 #3: TFIIF

分子名称: TFIIF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: IIF / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: yeast
分子量理論値: 150 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh Cu/Rh grids, coated with a perforated carbon film and glow discharged in the presence of amylamine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for ~2 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 77 K / 最高: 120 K / 平均: 115 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 125,000X magnification
日付2008年7月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 500 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each CCD frame
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Sparx,Spider / 使用した粒子像数: 51000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1wcm


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G / Chain - #7 - Chain ID: H / Chain - #8 - Chain ID: I / Chain - #9 - Chain ID: J / Chain - #10 - Chain ID: K / Chain - #11 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Monte Carlo Docking Analysis
詳細Protocol: Rigid body fitting of individual RNA polymerase II structural modules. Fitted individual structural modules previously identified by X-ray crystallographic studies of RNA polymerase II under different crystallization conditions
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j1n:
Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

PDB-3j1o:
Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3rj1


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G
ソフトウェア名称: Monte Carlo Docking Analysis
詳細Protocol: Rigid body fitting of individual Mediator Head structural modules. Fitted individual structural modules previously identified by EM and X-ray crystallographic studies of the Head module
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3j1n:
Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

PDB-3j1o:
Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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