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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v7h | |||||||||
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タイトル | Structure of the 80S rRNA and proteins and P/E tRNA for eukaryotic ribosome based on cryo-EM map of Thermomyces lanuginosus ribosome at 8.9A resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / eukaryotic ribosome / 80S / RACK1 protein / flexible fitting | |||||||||
機能・相同性 | リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermomyces lanuginosus (菌類) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Taylor, D.J. / Devkota, B. / Huang, A.D. / Topf, M. / Narayanan, E. / Sali, A. / Harvey, S.C. / Frank, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Comprehensive molecular structure of the eukaryotic ribosome. 著者: Derek J Taylor / Batsal Devkota / Andrew D Huang / Maya Topf / Eswar Narayanan / Andrej Sali / Stephen C Harvey / Joachim Frank / 要旨: Despite the emergence of a large number of X-ray crystallographic models of the bacterial 70S ribosome over the past decade, an accurate atomic model of the eukaryotic 80S ribosome is still not ...Despite the emergence of a large number of X-ray crystallographic models of the bacterial 70S ribosome over the past decade, an accurate atomic model of the eukaryotic 80S ribosome is still not available. Eukaryotic ribosomes possess more ribosomal proteins and ribosomal RNA than do bacterial ribosomes, which are implicated in extraribosomal functions in the eukaryotic cells. By combining cryo-EM with RNA and protein homology modeling, we obtained an atomic model of the yeast 80S ribosome complete with all ribosomal RNA expansion segments and all ribosomal proteins for which a structural homolog can be identified. Mutation or deletion of 80S ribosomal proteins can abrogate maturation of the ribosome, leading to several human diseases. We have localized one such protein unique to eukaryotes, rpS19e, whose mutations are associated with Diamond-Blackfan anemia in humans. Additionally, we characterize crucial interactions between the dynamic stalk base of the ribosome with eukaryotic elongation factor 2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v7h.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v7h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1345M M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 AAA7B3B4B5
#1: RNA鎖 | 分子量: 567333.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
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#19: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#51: RNA鎖 | 分子量: 36339.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#52: RNA鎖 | 分子量: 50369.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#53: RNA鎖 | 分子量: 1024354.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
-40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 ABACADAEAGAHAIAJAKALAMANAOAQAS
#2: タンパク質 | 分子量: 21236.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
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#3: タンパク質 | 分子量: 20925.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#4: タンパク質 | 分子量: 18415.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#5: タンパク質 | 分子量: 17146.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#6: タンパク質 | 分子量: 20728.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#7: タンパク質 | 分子量: 14100.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#8: タンパク質 | 分子量: 15391.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#9: タンパク質 | 分子量: 10980.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#10: タンパク質 | 分子量: 13191.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#11: タンパク質 | 分子量: 12879.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#12: タンパク質 | 分子量: 15301.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#14: タンパク質 | 分子量: 9842.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#15: タンパク質 | 分子量: 9133.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
#16: タンパク質 | 分子量: 7863.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 ARAT
#17: タンパク質 | 分子量: 34209.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
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#18: タンパク質 | 分子量: 15656.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) |
+60S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 B0B1B2B8B9BABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ
-詳細
配列の詳細 | THE RIBOSOME ORIGINATES FROM THERMOMYCES LANUGINOSUS HOWEVER THE MODEL WAS BUILT BASED ON THE ...THE RIBOSOME ORIGINATES |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 / 使用した結晶の数: 1 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermomyces lanuginosus ribosome / タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: Apply sample, wait 30s, blot for 6s, plunge in liquid ethane |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2005年7月7日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 39000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
試料ホルダ | 温度: 84 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
ソフトウェア | 名称: その他 / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.9 Å / 粒子像の数: 102689 詳細: SPIDER package. Residue H LYS 32 and Residue H VAL 33 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.59 Angstrom. Residue T LYS 78 and Residue T LEU 79 are not properly linked. Distance ...詳細: SPIDER package. Residue H LYS 32 and Residue H VAL 33 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.59 Angstrom. Residue T LYS 78 and Residue T LEU 79 are not properly linked. Distance of C-N bond is 2.49 Angstrom. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation / 詳細: METHOD--Flexible fitting | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 | ||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 362.94 Å2 / Biso mean: 4.424 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.9 Å
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