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万見
- PDB-4udv: Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udv
タイトルCryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution
要素
  • 5'-D(*GP*AP*AP)-3'
  • CAPSID PROTEINカプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DIRECT ELECTRON DETECTORS / SINGLE PARTICLE HELICAL RECONSTRUCTION / HIGH RESOLUTION (解像度)
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種TOBACCO MOSAIC VIRUS (タバコモザイクウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Fromm, S.A. / Bharat, T.A.M. / Jakobi, A.J. / Hagen, W.J.H. / Sachse, C.
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: Seeing tobacco mosaic virus through direct electron detectors.
著者: Simon A Fromm / Tanmay A M Bharat / Arjen J Jakobi / Wim J H Hagen / Carsten Sachse /
要旨: With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require ...With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require comparative characterization, we have used tobacco mosaic virus (TMV) as a test specimen to study the quality of 3D image reconstructions from data recorded on the two direct electron detector cameras, K2 Summit and Falcon II. Using DED movie frames, we explored related image-processing aspects and compared the performance of micrograph-based and segment-based motion correction approaches. In addition, we investigated the effect of dose deposition on the atomic-resolution structure of TMV and show that radiation damage affects negative carboxyl chains first in a side-chain specific manner. Finally, using 450,000 asymmetric units and limiting the effects of radiation damage, we determined a high-resolution cryo-EM map at 3.35Å resolution. Here, we provide a comparative case study of highly ordered TMV recorded on different direct electron detectors to establish recording and processing conditions that enable structure determination up to 3.2Å in resolution using cryo-EM.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22018年10月3日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_single_particle_entity / em_software / entity
Item: _em_software.image_processing_id / _entity.src_method

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2842
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2842
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2842
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN
R: 5'-D(*GP*AP*AP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4642
ポリマ－18,4642
非ポリマー00
水0
1
A: CAPSID PROTEIN
R: 5'-D(*GP*AP*AP)-3'
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)904,74098
ポリマ－904,74098
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation49
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
transform to helical frame1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 1.408 Å / Rotation per n subunits: 22.03 °)

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要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN / カプシド / COAT PROTEIN / CP


分子量: 17505.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TOBACCO MOSAIC VIRUS (タバコモザイクウイルス)
株: VULGARE / 参照: UniProt: P69687
#2: RNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP)-3'


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TOBACCO MOSAIC VIRUS (タバコモザイクウイルス)
株: VULGARE

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: TOBACCO MOSAIC VIRUSタバコモザイクウイルス
タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 50 MM NAPO4 / pH: 7 / 詳細: 50 MM NAPO4
試料濃度: 11 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: CRYOGEN - ETHANE, HUMIDITY - 90 PERCENT, TEMPERATURE - 95 K, INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK III PROCEDURE - BLOT FOR 8 SECONDS WITH AN OFFSET OF -2 MM CA 30-45 SECONDS AFTER SAMPLE APPLICATION

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年10月16日
詳細: NANOPROBE MODE, DOSE RATE CA 41 E- PX S ON THE CAMERA LEVEL, FULLY AUTOMATED ACQUISITION USING FEI EPU SOFTWARE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 131827 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 30.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 109

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解析

EMソフトウェア名称: SPRING / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CTFTILT (SPECIFIC FOR EACH SEGMENT)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 3.35 Å / 粒子像の数: 450000 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.062 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.062 Å / 倍率補正: LAYER LINE CORRELATION
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2842. (DEPOSITION ID: 12988).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: REAL SPACE CORRELATION
詳細: METHOD--LOCAL AND GLOBAL CORRELATION REFINEMENT PROTOCOL--FIBRE DIFFRACTION
精密化最高解像度: 3.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1206 67 0 0 1273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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