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万見
- PDB-4k99: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -pppd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k99
タイトルStructure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5 -pppdG(2 ,5 )pdG
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • DNA-F
  • DNA-R
キーワードTRANSFERASE/DNA / nucleotidyltransferase fold / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / double-stranded DNA binding / site of double-strand break / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / chromatin binding / DNA damage response / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 ...Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-deoxy-guanosine 5'-monophosphate / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gao, P. / Wu, Y. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Cyclic [G(2',5')pA(3',5')p] is the metazoan second messenger produced by DNA-activated cyclic GMP-AMP synthase.
著者: Gao, P. / Ascano, M. / Wu, Y. / Barchet, W. / Gaffney, B.L. / Zillinger, T. / Serganov, A.A. / Liu, Y. / Jones, R.A. / Hartmann, G. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
D: DNA-F
E: DNA-R
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8938
ポリマ－52,9253
非ポリマー9685
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.124, 97.613, 131.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-736-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42512.121 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 147-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mb21d1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8C6L5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA-F


分子量: 5253.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence was synthesized by regular protocol
#3: DNA鎖 DNA-R


分子量: 5159.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence was synthesized by regular protocol

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非ポリマー , 5種, 319分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-GH3 / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dGTP


タイプ: RNA linking / 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#7: 化合物 ChemComp-GDO / 3'-deoxy-guanosine 5'-monophosphate


タイプ: RNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細3'-dGTP WAS ADDED TO THE CRYSTALLIZATION CONDITION AND A ppp-3'dG-p-3'dG LIGAND WAS OBSERVED WHICH ...3'-dGTP WAS ADDED TO THE CRYSTALLIZATION CONDITION AND A ppp-3'dG-p-3'dG LIGAND WAS OBSERVED WHICH HAS BEEN REPRESENTED AS GH3 AND GDO WITH A 2' TO 5' LINK

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.1 M NaAc, 12% MPD, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 40199 / Num. obs: 40199 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→39.176 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 1693 4.21 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.1776 40199 99.93 %-
all-40199 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 592 56 314 3886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7185123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6761468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.156556
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.00740.27061390.22983173X-RAY DIFFRACTION100
2.0074-2.07220.24391400.20663175X-RAY DIFFRACTION100
2.0722-2.14630.25751400.19883170X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.23220.23111400.18383180X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.33380.23061390.18283170X-RAY DIFFRACTION100
2.3338-2.45680.20141390.18183165X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.61070.23561410.18733207X-RAY DIFFRACTION100
2.6107-2.81220.23951420.19053214X-RAY DIFFRACTION100
2.8122-3.09510.23381400.19123210X-RAY DIFFRACTION100
3.0951-3.54270.19411430.16863234X-RAY DIFFRACTION100
3.5427-4.46240.1931430.15213253X-RAY DIFFRACTION100
4.4624-39.18380.19541470.17023355X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0177-0.23540.26251.8582-0.22764.52280.1038-0.01410.5016-0.09670.03980.1921-0.7865-0.4799-0.12390.2218-0.0920.04010.10570.01610.3714182.6343414.9017172.8272
22.42880.2553-0.63932.7591.31023.3135-0.0460.41480.1113-0.50760.05260.1582-0.0805-0.0083-0.06730.3118-0.04620.00690.22760.05730.2328184.4307405.4958163.9369
33.1463-1.3796-0.37093.1872-0.71271.71930.26860.5516-0.4925-0.9143-0.2755-0.22390.33770.16890.03350.4140.02720.10750.3273-0.0420.3443194.1611390.4467158.093
41.0155-0.0224-0.02953.5201-0.66041.80570.04050.23990.248-0.4384-0.2-0.4111-0.13780.30780.04020.2827-0.0340.1090.27320.07960.2875193.8757410.1476160.0395
51.996-0.2793-0.86191.388-0.40352.23290.11510.0630.0728-0.1885-0.1196-0.41090.01960.2729-0.0230.15590.0070.04530.1428-0.00570.2254188.2509389.6212171.0105
61.90380.05820.23051.64910.46911.0630.1201-0.22780.07590.1479-0.0334-0.259-0.02990.2181-0.09080.1775-0.0386-0.00310.2180.00580.2009190.2979398.134186.5218
74.1604-0.7105-1.3422.86940.99472.9618-0.3148-1.25720.33430.88610.371-0.57460.05540.5501-0.00030.2663-0.1104-0.09420.5699-0.13470.4165201.9576405.9702193.3055
84.52960.35880.01412.7202-0.94991.69820.26150.5370.5276-0.58410.20520.185-0.7945-0.263-0.26070.46040.05710.08610.26720.08720.3276168.6724410.3089170.7274
93.551-0.02830.95424.30881.18312.03720.27680.42490.5443-0.20810.1514-0.00550.5591-1.5638-0.0420.356-0.1477-0.02120.5970.1240.2595166.8405408.7279172.2822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 149 through 182 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 258 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 259 through 314 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 315 through 376 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 377 through 482 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 483 through 506 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 4 through 17 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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