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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jcn | ||||||
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タイトル | Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association: Initiation Complex I | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / translation initiation / GTPase (GTPアーゼ) / 70S / bacterial ribosome / IF2 / initiation factor 2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation ...guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / chaperone-mediated protein folding / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / response to reactive oxygen species / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sprink, T. / Ramrath, D.J.F. / Yamamoto, H. / Yamamoto, K. / Loerke, J. / Ismer, J. / Hildebrand, P.W. / Scheerer, P. / Buerger, J. / Mielke, T. / Spahn, C.M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016 タイトル: Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association. 著者: Thiemo Sprink / David J F Ramrath / Hiroshi Yamamoto / Kaori Yamamoto / Justus Loerke / Jochen Ismer / Peter W Hildebrand / Patrick Scheerer / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / 要旨: Throughout the four phases of protein biosynthesis-initiation, elongation, termination, and recycling-the ribosome is controlled and regulated by at least one specified translational guanosine ...Throughout the four phases of protein biosynthesis-initiation, elongation, termination, and recycling-the ribosome is controlled and regulated by at least one specified translational guanosine triphosphatase (trGTPase). Although the structural basis for trGTPase interaction with the ribosome has been solved for the last three steps of translation, the high-resolution structure for the key initiation trGTPase, initiation factor 2 (IF2), complexed with the ribosome, remains elusive. We determine the structure of IF2 complexed with a nonhydrolyzable guanosine triphosphate analog and initiator fMet-tRNAi (Met) in the context of the Escherichia coli ribosome to 3.7-Å resolution using cryo-electron microscopy. The structural analysis reveals previously unseen intrinsic conformational modes of the 70S initiation complex, establishing the mutual interplay of IF2 and initator transfer RNA (tRNA) with the ribsosome and providing the structural foundation for a mechanistic understanding of the final steps of translation initiation. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 3jcn.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jcn.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3jcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jcn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 01234CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 5種, 5分子 ABavz
#6: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#7: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: U00096.3 |
#32: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: U00096.3 |
#52: RNA鎖 | 分子量: 24818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#55: RNA鎖 | 分子量: 1900.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 b
#33: タンパク質 | 分子量: 97498.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: infB, gicD, ssyG, b3168, JW3137 / プラスミド: pQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A705 |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 cdfghijklmnopqrstuwx
#34: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
#36: タンパク質 | 分子量: 16772.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#38: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#39: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#40: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#41: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#42: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#43: タンパク質 | 分子量: 11698.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#44: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#45: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#46: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4 |
#47: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#48: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#49: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#50: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#51: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#53: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
#54: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#56: 化合物 | ChemComp-GNP / |
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#57: 化合物 | ChemComp-FME / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine | |||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Quantifoil R3-3 Cu 300 mesh with 2 nm carbon support film | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I). 手法: Blot for 2-4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||
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EM imaging | 加速電圧: 300 kV / 倍率(補正後): 39000 X / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI POLARA 300 / モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率(公称値): 31000 X / 資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN / Specimen-ID: 1
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撮影 |
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-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND4 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14872 / ピクセルサイズ(公称値): 1.23 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.23 Å 詳細: Final maps were calculated from two combined datasets. To avoid overfitting, the data were refined in a resolution-limited scheme using SPIDER. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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