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- PDB-3j4b: Structure of T7 gatekeeper protein (gp11) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j4b
タイトルStructure of T7 gatekeeper protein (gp11)
要素Tail tubular protein A
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bacteriophage (ファージ) / DNA ejection / tail complex (尾) / gatekeeper
機能・相同性Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / Tail tubular protein gp11
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å
データ登録者Cuervo, A. / Pulido-Cid, M. / Chagoyen, M. / Arranz, R. / Gonzalez-Garcia, V.A. / Garcia-Doval, C. / Caston, J.R. / Valpuesta, J.M. / van Raaij, M.J. / Martin-Benito, J. / Carrascosa, J.L.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Structural characterization of the bacteriophage T7 tail machinery.
著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín- ...著者: Ana Cuervo / Mar Pulido-Cid / Mónica Chagoyen / Rocío Arranz / Verónica A González-García / Carmela Garcia-Doval / José R Castón / José M Valpuesta / Mark J van Raaij / Jaime Martín-Benito / José L Carrascosa /
要旨: Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well ...Most bacterial viruses need a specialized machinery, called "tail," to inject their genomes inside the bacterial cytoplasm without disrupting the cellular integrity. Bacteriophage T7 is a well characterized member of the Podoviridae family infecting Escherichia coli, and it has a short noncontractile tail that assembles sequentially on the viral head after DNA packaging. The T7 tail is a complex of around 2.7 MDa composed of at least four proteins as follows: the connector (gene product 8, gp8), the tail tubular proteins gp11 and gp12, and the fibers (gp17). Using cryo-electron microscopy and single particle image reconstruction techniques, we have determined the precise topology of the tail proteins by comparing the structure of the T7 tail extracted from viruses and a complex formed by recombinant gp8, gp11, and gp12 proteins. Furthermore, the order of assembly of the structural components within the complex was deduced from interaction assays with cloned and purified tail proteins. The existence of common folds among similar tail proteins allowed us to obtain pseudo-atomic threaded models of gp8 (connector) and gp11 (gatekeeper) proteins, which were docked into the corresponding cryo-EM volumes of the tail complex. This pseudo-atomic model of the connector-gatekeeper interaction revealed the existence of a common molecular architecture among viruses belonging to the three tailed bacteriophage families, strongly suggesting that a common molecular mechanism has been favored during evolution to coordinate the transition between DNA packaging and tail assembly.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5690
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • PDB-3j4a との合成表示
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5690
  • + PDB-3j4a
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail tubular protein A
J: Tail tubular protein A
K: Tail tubular protein A
L: Tail tubular protein A
B: Tail tubular protein A
C: Tail tubular protein A
D: Tail tubular protein A
E: Tail tubular protein A
F: Tail tubular protein A
G: Tail tubular protein A
H: Tail tubular protein A
I: Tail tubular protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,24512
ポリマ－251,24512
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Tail tubular protein A / gp11 / gatekeeper / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 20937.119 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 13-196 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
遺伝子: 11 / プラスミド: pRSET-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P03746

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T7 tail complex formed by proteins gp8, gp11 and gp12
タイプ: VIRUS / 詳細: gp8 (12mer), gp11 (12mer), gp12 (6mer)
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: BACTERIA / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Escherichia coli
緩衝液名称: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl / pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 10 mM MgCl2, 100 mM NaCl
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: R2/2 Quantifoil coated with a thin carbon layer
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE
詳細: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted and plunged into liquid ethane (LEICA EM CPC).
手法: Samples were applied to grids for 1 minute, blotted and plunged into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年11月8日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 108696 X / 倍率（補正後）: 108696 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.26 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 113 K / 最低温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 264
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
4Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: each micrograph
対称性点対称性: C12 (12回回転対称)
3次元再構成手法: Cross-common lines / 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC / 粒子像の数: 1820 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.75 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.75 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: C6) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Volumetric correlation
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--One monomer was manually fitted and then the oligomer was generated using SITUS program
原子モデル構築PDB-ID: 1VT0

1vt0
PDB 未公開エントリ


Accession code: 1VT0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 0 0 2208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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