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- PDB-2cse: Features of Reovirus Outer-Capsid Protein mu1 Revealed by Electro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cse
タイトルFeatures of Reovirus Outer-Capsid Protein mu1 Revealed by Electron and Image Reconstruction of the virion at 7.0-A Resolution
要素
  • Minor core protein lambda 3
  • Sigma 2 proteinΣ
  • guanylyltransferase
  • major capsid surface protein sigma-3
  • major core protein lambda 1
  • major outer-capsid protein mu1
キーワードVIRUS (ウイルス) / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / image processing (デジタル画像処理) / reovirus / membrane penetration protein / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping ...icosahedral viral capsid / host cell surface binding / viral inner capsid / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / host cell endoplasmic reticulum / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / ウイルスのライフサイクル / viral genome replication / カプシド / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / GTP binding / host cell plasma membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) ...Mu1 membrane penetration protein, domain I / Reovirus, outer capsid sigma 3 / Reovirus, outer capsid sigma-3 domain superfamily / Reovirus outer capsid protein, Sigma 3 / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-3 / RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / Outer capsid protein mu-1 / Outer capsid protein lambda-2 / Inner capsid protein sigma-2 / RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / Inner capsid protein lambda-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス)
Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Zhang, X. / Ji, Y. / Zhang, L. / Harrison, S.C. / Marinescu, D.C. / Nibert, M.L. / Baker, T.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Features of reovirus outer capsid protein mu1 revealed by electron cryomicroscopy and image reconstruction of the virion at 7.0 Angstrom resolution.
著者: Xing Zhang / Yongchang Ji / Lan Zhang / Stephen C Harrison / Dan C Marinescu / Max L Nibert / Timothy S Baker /
要旨: Reovirus is a useful model for addressing the molecular basis of membrane penetration by one of the larger nonenveloped animal viruses. We now report the structure of the reovirus virion at ...Reovirus is a useful model for addressing the molecular basis of membrane penetration by one of the larger nonenveloped animal viruses. We now report the structure of the reovirus virion at approximately 7.0 A resolution as obtained by electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction. Several features of the myristoylated outer capsid protein mu1, not seen in a previous X-ray crystal structure of the mu1-sigma3 heterohexamer, are evident in the virion. These features appear to be important for stabilizing the outer capsid, regulating the conformational changes in mu1 that accompany perforation of target membranes, and contributing directly to membrane penetration during cell entry.
履歴
登録2005年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.angle_alpha / _cell.angle_beta / _cell.angle_gamma / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major outer-capsid protein mu1
B: major outer-capsid protein mu1
C: major outer-capsid protein mu1
S: major capsid surface protein sigma-3
D: major capsid surface protein sigma-3
E: major capsid surface protein sigma-3
F: major capsid surface protein sigma-3
M: major capsid surface protein sigma-3
N: major capsid surface protein sigma-3
O: major capsid surface protein sigma-3
G: major capsid surface protein sigma-3
H: major capsid surface protein sigma-3
I: major capsid surface protein sigma-3
P: major outer-capsid protein mu1
Q: major outer-capsid protein mu1
R: major outer-capsid protein mu1
J: major outer-capsid protein mu1
K: major outer-capsid protein mu1
L: major outer-capsid protein mu1
T: major outer-capsid protein mu1
U: guanylyltransferase
V: major core protein lambda 1
W: major core protein lambda 1
X: Sigma 2 protein
Y: Sigma 2 protein
Z: Sigma 2 protein
1: Minor core protein lambda 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,887,92627
ポリマ－1,887,92627
非ポリマー00
水0
1
A: major outer-capsid protein mu1
B: major outer-capsid protein mu1
C: major outer-capsid protein mu1
S: major capsid surface protein sigma-3
D: major capsid surface protein sigma-3
E: major capsid surface protein sigma-3
F: major capsid surface protein sigma-3
M: major capsid surface protein sigma-3
N: major capsid surface protein sigma-3
O: major capsid surface protein sigma-3
G: major capsid surface protein sigma-3
H: major capsid surface protein sigma-3
I: major capsid surface protein sigma-3
P: major outer-capsid protein mu1
Q: major outer-capsid protein mu1
R: major outer-capsid protein mu1
J: major outer-capsid protein mu1
K: major outer-capsid protein mu1
L: major outer-capsid protein mu1
T: major outer-capsid protein mu1
U: guanylyltransferase
V: major core protein lambda 1
W: major core protein lambda 1
X: Sigma 2 protein
Y: Sigma 2 protein
Z: Sigma 2 protein
1: Minor core protein lambda 3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,275,5431620
ポリマ－113,275,5431620
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: major outer-capsid protein mu1
B: major outer-capsid protein mu1
C: major outer-capsid protein mu1
S: major capsid surface protein sigma-3
D: major capsid surface protein sigma-3
E: major capsid surface protein sigma-3
F: major capsid surface protein sigma-3
M: major capsid surface protein sigma-3
N: major capsid surface protein sigma-3
O: major capsid surface protein sigma-3
G: major capsid surface protein sigma-3
H: major capsid surface protein sigma-3
I: major capsid surface protein sigma-3
P: major outer-capsid protein mu1
Q: major outer-capsid protein mu1
R: major outer-capsid protein mu1
J: major outer-capsid protein mu1
K: major outer-capsid protein mu1
L: major outer-capsid protein mu1
T: major outer-capsid protein mu1
U: guanylyltransferase
V: major core protein lambda 1
W: major core protein lambda 1
X: Sigma 2 protein
Y: Sigma 2 protein
Z: Sigma 2 protein
1: Minor core protein lambda 3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 9.44 MDa, 135 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,439,629135
ポリマ－9,439,629135
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: major outer-capsid protein mu1
B: major outer-capsid protein mu1
C: major outer-capsid protein mu1
S: major capsid surface protein sigma-3
D: major capsid surface protein sigma-3
E: major capsid surface protein sigma-3
F: major capsid surface protein sigma-3
M: major capsid surface protein sigma-3
N: major capsid surface protein sigma-3
O: major capsid surface protein sigma-3
G: major capsid surface protein sigma-3
H: major capsid surface protein sigma-3
I: major capsid surface protein sigma-3
P: major outer-capsid protein mu1
Q: major outer-capsid protein mu1
R: major outer-capsid protein mu1
J: major outer-capsid protein mu1
K: major outer-capsid protein mu1
L: major outer-capsid protein mu1
T: major outer-capsid protein mu1
U: guanylyltransferase
V: major core protein lambda 1
W: major core protein lambda 1
X: Sigma 2 protein
Y: Sigma 2 protein
Z: Sigma 2 protein
1: Minor core protein lambda 3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 11.3 MDa, 162 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,327,554162
ポリマ－11,327,554162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 6種, 27分子 ABCPQRJKLTSDEFMNOGHIUVWXYZ1

#1: タンパク質
major outer-capsid protein mu1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 76346.336 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Lang / 参照: UniProt: P11077
#2: タンパク質
major capsid surface protein sigma-3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 41237.117 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Lang / 参照: UniProt: P07939
#3: タンパク質 guanylyltransferase / / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 144098.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Dearing / 参照: UniProt: P11079
#4: タンパク質 major core protein lambda 1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 142008.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Lang / 参照: UniProt: Q9WAB2
#5: タンパク質 Sigma 2 protein / Σ / Core protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 47155.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Lang / 参照: UniProt: P11314
#6: タンパク質 Minor core protein lambda 3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 142510.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus 1 (ウイルス) / 属: Orthoreovirus / 生物種: Mammalian orthoreovirus / 株: Lang / 参照: UniProt: P17376, UniProt: P0CK32*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN REOVIRUS VIRIONS (T3D) / タイプ: VIRUS / 詳細: The structure was monodisperse.
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: MAMMALIAN
緩衝液名称: 10 mM TRIS / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM TRIS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGED INTO ETHANE

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電子顕微鏡撮影

EM imaging

電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Specimen-ID: 1

ID加速電圧 (kV)倍率（補正後） (X)日付詳細モデルCs (mm)最大 デフォーカス（公称値） (nm)最小 デフォーカス（公称値） (nm)倍率（公称値） (X)温度 (K)傾斜角・最大 (°)傾斜角・最小 (°)
1200450001997年12月10日SAMPLES WERE MAINTAINED AT -176 CELSIUS DEGREE IN THE ELECTRON MICROSCOPES.FEI/PHILIPS CM200FEG232001300380009700
2300474402002年4月18日FEI/PHILIPS CM300FEG/T39200
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 54

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解析

CTF補正詳細: CTF correction of each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: PFT, OOR, POR / 解像度: 7 Å / 粒子像の数: 7939 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.3 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.21 Å / 倍率補正: CROSS-CORRELATION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11EJ6

1ej6

11EJ61PDBexperimental model
21JMU

1jmu

11JMU2PDBexperimental model
31N35

1n35

11N353PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16111 0 0 0 16111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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