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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2705 | |||||||||
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タイトル | A structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC | |||||||||
マップデータ | Cryo-em reconstruction of YidC bound a ribosome nascent chain complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome (リボソーム) / YidC / protein translocation / bioinformatics (バイオインフォマティクス) / MD simulation / membrane (生体膜) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / protein insertion into membrane / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / protein insertion into membrane / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / フォールディング / protein-containing complex assembly / lipid binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wickles S / Singharoy A / Andreani J / Seemayer S / Bischoff L / Berninghausen O / Soeding J / Schulten K / van der Sluis EO / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: A structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC. 著者: Stephan Wickles / Abhishek Singharoy / Jessica Andreani / Stefan Seemayer / Lukas Bischoff / Otto Berninghausen / Johannes Soeding / Klaus Schulten / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann / 要旨: The integration of most membrane proteins into the cytoplasmic membrane of bacteria occurs co-translationally. The universally conserved YidC protein mediates this process either individually as a ...The integration of most membrane proteins into the cytoplasmic membrane of bacteria occurs co-translationally. The universally conserved YidC protein mediates this process either individually as a membrane protein insertase, or in concert with the SecY complex. Here, we present a structural model of YidC based on evolutionary co-variation analysis, lipid-versus-protein-exposure and molecular dynamics simulations. The model suggests a distinctive arrangement of the conserved five transmembrane domains and a helical hairpin between transmembrane segment 2 (TM2) and TM3 on the cytoplasmic membrane surface. The model was used for docking into a cryo-electron microscopy reconstruction of a translating YidC-ribosome complex carrying the YidC substrate FOc. This structure reveals how a single copy of YidC interacts with the ribosome at the ribosomal tunnel exit and identifies a site for membrane protein insertion at the YidC protein-lipid interface. Together, these data suggest a mechanism for the co-translational mode of YidC-mediated membrane protein insertion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2705.map.gz | 34.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2705-v30.xml emd-2705.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2705.png | 237.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2705 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2705 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-em reconstruction of YidC bound a ribosome nascent chain complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.035 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
全体 | 名称: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c)
超分子 | 名称: Monomeric YidC bound to ribosome nascent chain complex(F0c) タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Ribosome nascent chain complex
超分子 | 名称: Ribosome nascent chain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: YidC
分子 | 名称: YidC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2013年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 9999 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus group |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 58960 |