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万見
- EMDB-2673: Cryo-EM map of CAP-Gly-microtubule complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2673
タイトルCryo-EM map of CAP-Gly-microtubule complex
マップデータReconstruction of microtubule with p150glued(1-105) - amplitude corrected to visualise the decoration.
試料
  • 試料: Microtubule complexed with p150glued (1-105)
  • タンパク質・ペプチド: p150glued, microtubule
キーワードmicrotubule (微小管) / dynactin (ダイナクチン) / +TIPs / p150 / CAP-Gly
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / cell cortex region / centriole-centriole cohesion / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure / melanosome transport / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end ...positive regulation of neuromuscular junction development / centriolar subdistal appendage / cell cortex region / centriole-centriole cohesion / ventral spinal cord development / microtubule anchoring at centrosome / maintenance of synapse structure / melanosome transport / nuclear membrane disassembly / microtubule plus-end / positive regulation of microtubule nucleation / XBP1(S) activates chaperone genes / dynein complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / non-motile cilium assembly / retrograde transport, endosome to Golgi / nuclear migration / microtubule associated complex / motor behavior / neuromuscular process / neuromuscular junction development / 細胞結合 / cell leading edge / establishment of mitotic spindle orientation / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / COPI-mediated anterograde transport / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of microtubule polymerization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / neuron projection maintenance / 中心小体 / tubulin binding / AURKA Activation by TPX2 / ciliary basal body / tau protein binding / 紡錘体 / spindle / 動原体 / 紡錘体 / neuron cellular homeostasis / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / 核膜 / nervous system development / 細胞皮質 / microtubule binding / 微小管 / neuron projection / 細胞分裂 / 神経繊維 / 中心体 / neuronal cell body / protein kinase binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dynein associated protein / Dynein associated protein / Dynein associated protein / CAP-Gly domain signature. / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain / CAP Gly-rich domain superfamily / CAP-Gly domain / CAP-Gly domain profile. / CAP_GLY
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynactin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å
データ登録者Wang Q / Crevenna AH / Kunze I / Mizuno N
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the extended CAP-Gly domains of p150(glued) binding to microtubules and the implication for tubulin dynamics.
著者: Qianmin Wang / Alvaro H Crevenna / Ines Kunze / Naoko Mizuno /
要旨: p150(glued) belongs to a group of proteins accumulating at microtubule plus ends (+TIPs). It plays a key role in initiating retrograde transport by recruiting and tethering endosomes and dynein to ...p150(glued) belongs to a group of proteins accumulating at microtubule plus ends (+TIPs). It plays a key role in initiating retrograde transport by recruiting and tethering endosomes and dynein to microtubules. p150(glued) contains an N-terminal microtubule-binding cytoskeleton-associated protein glycine-rich (CAP-Gly) domain that accelerates tubulin polymerization. Although this copolymerization is well-studied using light microscopic techniques, structural consequences of this interaction are elusive. Here, using electron-microscopic and spectroscopic approaches, we provide a detailed structural view of p150(glued) CAP-Gly binding to microtubules and tubulin. Cryo-EM 3D reconstructions of p150(glued)-CAP-Gly complexed with microtubules revealed the recognition of the microtubule surface, including tubulin C-terminal tails by CAP-Gly. These binding surfaces differ from other retrograde initiation proteins like EB1 or dynein, which could facilitate the simultaneous attachment of all accessory components. Furthermore, the CAP-Gly domain, with its basic extensions, facilitates lateral and longitudinal interactions of tubulin molecules by covering the tubulin acidic tails. This shielding effect of CAP-Gly and its basic extensions may provide a molecular basis of the roles of p150(glued) in microtubule dynamics.
履歴
登録2014年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年7月23日-
マップ公開2014年8月6日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1870
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1870
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2673-117...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 646.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of microtubule with p150glued(1-105) - amplitude corrected to visualise the decoration.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 1870.0 / ムービー #1: 1870
最小 - 最大-14331.546875 - 5082.45703125
平均 (標準偏差)-430.802703860000008 (±2901.322998050000024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ604760
Spacing604760
セルA: 103.87 Å / B: 132.6 Å / C: 132.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.212.212.21
M x/y/z476060
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z103.870132.600132.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS476060
D min/max/mean-14331.5475082.457-430.803

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule complexed with p150glued (1-105)

全体名称: Microtubule complexed with p150glued (1-105)
要素
  • 試料: Microtubule complexed with p150glued (1-105)
  • タンパク質・ペプチド: p150glued, microtubule

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超分子 #1000: Microtubule complexed with p150glued (1-105)

超分子名称: Microtubule complexed with p150glued (1-105) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One CAP-Gly bound to tubulin monomer / Number unique components: 1

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分子 #1: p150glued, microtubule

分子名称: p150glued, microtubule / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: dynactin1 / 集合状態: polymer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 10 KDa / 理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Gold / 組換プラスミド: pEC vector
配列UniProtKB: Dynactin subunit 1 / InterPro: CAP Gly-rich domain, Dynein associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 80 mM Pipes, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil grid, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 5 seconds with force 2, before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 67873 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
日付2012年5月22日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 220 / 平均電子線量: 20 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: Phases of individual images are flipped.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.98 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 129 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN, IHRSR, bsoft
詳細The particles were aligned using SPIDER and helical symmetry was applied using IHRSR.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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