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- EMDB-2670: Occupied class from the supervised classification of a negatively... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2670
タイトルOccupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
マップデータOccupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
試料
  • 試料: Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
  • 複合体: 40S
  • タンパク質・ペプチド: eIF3
  • タンパク質・ペプチド: eIF1
キーワードEukaryotic translation (真核生物の翻訳) / Translation initiation / eIF3 (EIF3) / 40S / Ribosome (リボソーム)
生物種Lachancea kluyveri (菌類)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.1 Å
データ登録者Aylett CHS / Boehringer D / Erzberger JP / Zhang S / Schaefer T / Ban N
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Molecular architecture of the 40S⋅eIF1⋅eIF3 translation initiation complex.
著者: Jan P Erzberger / Florian Stengel / Riccardo Pellarin / Suyang Zhang / Tanja Schaefer / Christopher H S Aylett / Peter Cimermančič / Daniel Boehringer / Andrej Sali / Ruedi Aebersold / Nenad Ban /
要旨: Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, ...Eukaryotic translation initiation requires the recruitment of the large, multiprotein eIF3 complex to the 40S ribosomal subunit. We present X-ray structures of all major components of the minimal, six-subunit Saccharomyces cerevisiae eIF3 core. These structures, together with electron microscopy reconstructions, cross-linking coupled to mass spectrometry, and integrative structure modeling, allowed us to position and orient all eIF3 components on the 40S⋅eIF1 complex, revealing an extended, modular arrangement of eIF3 subunits. Yeast eIF3 engages 40S in a clamp-like manner, fully encircling 40S to position key initiation factors on opposite ends of the mRNA channel, providing a platform for the recruitment, assembly, and regulation of the translation initiation machinery. The structures of eIF3 components reported here also have implications for understanding the architecture of the mammalian 43S preinitiation complex and the complex of eIF3, 40S, and the hepatitis C internal ribosomal entry site RNA.
履歴
登録2014年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年6月25日-
マップ公開2014年9月10日-
更新2014年9月10日-
現状2014年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2670.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2670.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.46 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.75 / ムービー #1: 0.75
最小 - 最大-2.68660688 - 7.31199741
平均 (標準偏差)0.07138462 (±0.63173282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-36-36-36
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 393.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.465.465.46
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.120393.120393.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-36-36-36
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-2.6877.3120.071

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Occupied class from the supervised classification of a negatively...

全体名称: Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
要素
  • 試料: Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
  • 複合体: 40S
  • タンパク質・ペプチド: eIF3
  • タンパク質・ペプチド: eIF1

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超分子 #1000: Occupied class from the supervised classification of a negatively...

超分子名称: Occupied class from the supervised classification of a negatively stained Lachancea kluyveri 40S-eIF1-eIF3 complex.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: This is the occupied class from two-way supervised classification of a single data set. Density corresponding to eIF3 is visible in this map only. The unoccupied map is provided for the purposes of comparison.
Number unique components: 3

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超分子 #1: 40S

超分子名称: 40S / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: eIF3

分子名称: eIF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Includes eIF3 polypeptides: A, B, C, I, G, J / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類)
分子量理論値: 400 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC-HMK

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分子 #2: eIF1

分子名称: eIF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Lachancea kluyveri (菌類)
分子量理論値: 10 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pLIC-HMK

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 750 mM sucrose, 75 mM KCl, 25 mM Hepes pH 7.6, 10 mM MgCl2, 2 mM TCEP and 5 uM glutaraldehyde.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A fine film of carbon produced upon a cleaved mica substrate was applied first to the surface of the isolated sample and then to a 50 mM solution of uranyl acetate. The film was recovered ...詳細: A fine film of carbon produced upon a cleaved mica substrate was applied first to the surface of the isolated sample and then to a 50 mM solution of uranyl acetate. The film was recovered onto the surface of holey carbon copper grids (Quantifoil) and excess stain removed by blotting with filter paper.
グリッド詳細: Quantifoil R1/2
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 83000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification
日付2013年10月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 600 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: per frame
最終 角度割当詳細: SPIDER VO EA: 6 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic-5, SPIDER / 使用した粒子像数: 12611
詳細Imagic 5 and SPIDER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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