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万見
- EMDB-20536: Cryo-EM Structure of the Respiratory Syncytial Virus Polymerase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20536
タイトルCryo-EM Structure of the Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the Tetrameric Phosphoprotein (P)
マップデータSharpened map after non-uniform refinement in cryoSPARC
試料
  • 複合体: Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the Tetrameric Phosphoprotein (P)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
キーワードRNA-binding protein (RNA結合タンパク質) / RSV / RdRp (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / PRNTase / polyribonucleotidyl transferase / RNA capping (5'キャップ) / viral replication (ウイルス複製) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ウイルスのライフサイクル / virion component / : / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ウイルスのライフサイクル / virion component / : / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gilman MSA / McLellan JS
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structure of the Respiratory Syncytial Virus Polymerase Complex.
著者: Morgan S A Gilman / Cheng Liu / Amy Fung / Ishani Behera / Paul Jordan / Peter Rigaux / Nina Ysebaert / Sergey Tcherniuk / Julien Sourimant / Jean-François Eléouët / Priscila Sutto-Ortiz / ...著者: Morgan S A Gilman / Cheng Liu / Amy Fung / Ishani Behera / Paul Jordan / Peter Rigaux / Nina Ysebaert / Sergey Tcherniuk / Julien Sourimant / Jean-François Eléouët / Priscila Sutto-Ortiz / Etienne Decroly / Dirk Roymans / Zhinan Jin / Jason S McLellan /
要旨: Numerous interventions are in clinical development for respiratory syncytial virus (RSV) infection, including small molecules that target viral transcription and replication. These processes are ...Numerous interventions are in clinical development for respiratory syncytial virus (RSV) infection, including small molecules that target viral transcription and replication. These processes are catalyzed by a complex comprising the RNA-dependent RNA polymerase (L) and the tetrameric phosphoprotein (P). RSV P recruits multiple proteins to the polymerase complex and, with the exception of its oligomerization domain, is thought to be intrinsically disordered. Despite their critical roles in RSV transcription and replication, structures of L and P have remained elusive. Here, we describe the 3.2-Å cryo-EM structure of RSV L bound to tetrameric P. The structure reveals a striking tentacular arrangement of P, with each of the four monomers adopting a distinct conformation. The structure also rationalizes inhibitor escape mutants and mutations observed in live-attenuated vaccine candidates. These results provide a framework for determining the molecular underpinnings of RSV replication and transcription and should facilitate the design of effective RSV inhibitors.
履歴
登録2019年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pzk
  • 表面レベル: 0.35
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map after non-uniform refinement in cryoSPARC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35 / ムービー #1: 0.35
最小 - 最大-2.3509736 - 3.9801807
平均 (標準偏差)0.00022415227 (±0.08759908)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0751.0751.075
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.200275.200275.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.3513.9800.000

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map after non-uniform refinement in cryoSPARC

ファイルemd_20536_additional.map
注釈Unsharpened map after non-uniform refinement in cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the T...

全体名称: Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the Tetrameric Phosphoprotein (P)
要素
  • 複合体: Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the Tetrameric Phosphoprotein (P)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein

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超分子 #1: Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the T...

超分子名称: Respiratory Syncytial Virus Polymerase (L) Protein Bound by the Tetrameric Phosphoprotein (P)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス)
分子量理論値: 370 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス)
株: A2
分子量理論値: 254.48275 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSWSHPQFE KGSGSGSSWS HPQFEKGSGS LVPRGSMDPI INGNSANVYL TDSYLKGVIS FSECNALGSY IFNGPYLKND YTNLISRQN PLIEHMNLKK LNITQSLISK YHKGEIKLEE PTYFQSLLMT YKSMTSSEQI ATTNLLKKII RRAIEISDVK V YAILNKLG ...文字列:
MGSWSHPQFE KGSGSGSSWS HPQFEKGSGS LVPRGSMDPI INGNSANVYL TDSYLKGVIS FSECNALGSY IFNGPYLKND YTNLISRQN PLIEHMNLKK LNITQSLISK YHKGEIKLEE PTYFQSLLMT YKSMTSSEQI ATTNLLKKII RRAIEISDVK V YAILNKLG LKEKDKIKSN NGQDEDNSVI TTIIKDDILS AVKDNQSHLK ADKNHSTKQK DTIKTTLLKK LMCSMQHPPS WL IHWFNLY TKLNNILTQY RSNEVKNHGF TLIDNQTLSG FQFILNQYGC IVYHKELKRI TVTTYNQFLT WKDISLSRLN VCL ITWISN CLNTLNKSLG LRCGFNNVIL TQLFLYGDCI LKLFHNEGFY IIKEVEGFIM SLILNITEED QFRKRFYNSM LNNI TDAAN KAQKNLLSRV CHTLLDKTVS DNIINGRWII LLSKFLKLIK LAGDNNLNNL SELYFLFRIF GHPMVDERQA MDAVK INCN ETKFYLLSSL SMLRGAFIYR IIKGFVNNYN RWPTLRNAIV LPLRWLTYYK LNTYPSLLEL TERDLIVLSG LRFYRE FRL PKKVDLEMII NDKAISPPKN LIWTSFPRNY MPSHIQNYIE HEKLKFSESD KSRRVLEYYL RDNKFNECDL YNCVVNQ SY LNNPNHVVSL TGKERELSVG RMFAMQPGMF RQVQILAEKM IAENILQFFP ESLTRYGDLE LQKILELKAG ISNKSNRY N DNYNNYISKC SIITDLSKFN QAFRYETSCI CSDVLDELHG VQSLFSWLHL TIPHVTIICT YRHAPPYIGD HIVDLNNVD EQSGLYRYHM GGIEGWCQKL WTIEAISLLD LISLKGKFSI TALINGDNQS IDISKPIRLM EGQTHAQADY LLALNSLKLL YKEYAGIGH KLKGTETYIS RDMQFMSKTI QHNGVYYPAS IKKVLRVGPW INTILDDFKV SLESIGSLTQ ELEYRGESLL C SLIFRNVW LYNQIALQLK NHALCNNKLY LDILKVLKHL KTFFNLDNID TALTLYMNLP MLFGGGDPNL LYRSFYRRTP DF LTEAIVH SVFILSYYTN HDLKDKLQDL SDDRLNKFLT CIITFDKNPN AEFVTLMRDP QALGSERQAK ITSEINRLAV TEV LSTAPN KIFSKSAQHY TTTEIDLNDI MQNIEPTYPH GLRVVYESLP FYKAEKIVNL ISGTKSITNI LEKTSAIDLT DIDR ATEMM RKNITLLIRI LPLDCNRDKR EILSMENLSI TELSKYVRER SWSLSNIVGV TSPSIMYTMD IKYTTSTISS GIIIE KYNV NSLTRGERGP TKPWVGSSTQ EKKTMPVYNR QVLTKKQRDQ IDLLAKLDWV YASIDNKDEF MEELSIGTLG LTYEKA KKL FPQYLSVNYL HRLTVSSRPC EFPASIPAYR TTNYHFDTSP INRILTEKYG DEDIDIVFQN CISFGLSLMS VVEQFTN VC PNRIILIPKL NEIHLMKPPI FTGDVDIHKL KQVIQKQHMF LPDKISLTQY VELFLSNKTL KSGSHVNSNL ILAHKISD Y FHNTYILSTN LAGHWILIIQ LMKDSKGIFE KDWGEGYITD HMFINLKVFF NAYKTYLLCF HKGYGKAKLE CDMNTSDLL CVLELIDSSY WKSMSKVFLE QKVIKYILSQ DASLHRVKGC HSFKLWFLKR LNVAEFTVCP WVVNIDYHPT HMKAILTYID LVRMGLINI DRIHIKNKHK FNDEFYTSNL FYINYNFSDN THLLTKHIRI ANSELENNYN KLYHPTPETL ENILANPIKS N DKKTLNDY CIGKNVDSIM LPLLSNKKLI KSSAMIRTNY SKQDLYNLFP MVVIDRIIDH SGNTAKSNQL YTTTSHQISL VH NSTSLYC MLPWHHINRF NFVFSSTGCK ISIEYILKDL KIKDPNCIAF IGEGAGNLLL RTVVELHPDI RYIYRSLKDC NDH SLPIEF LRLYNGHINI DYGENLTIPA TDATNNIHWS YLHIKFAEPI SLFVCDAELS VTVNWSKIII EWSKHVRKCK YCSS VNKCM LIVKYHAQDD IDFKLDNITI LKTYVCLGSK LKGSEVYLVL TIGPANIFPV FNVVQNAKLI LSRTKNFIMP KKADK ESID ANIKSLIPFL CYPITKKGIN TALSKLKSVV SGDILSYSIA GRNEVFSNKL INHKHMNILK WFNHVLNFRS TELNYN HLY MVESTYPYLS ELLNSLTTNE LKKLIKITGS LLYNFHNE

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス)
株: A2
分子量理論値: 29.062895 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD ...文字列:
MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD AMIGLREEMI EKIRTEALMT NDRLEAMARL RNEESEKMAK DTSDEVSLNP TSEKLNNLLE GNDSDNDLSL ED FKGENKY FQGHHHHHH

UniProtKB: Phosphoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.29 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
35.0 mMNH2C(CH2OH)3-HClTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
350.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.5 mMC9H15O6P-HClTCEP
5.0 %C3H8O3glycerolグリセリン
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated using cryoSPARC.
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 196720
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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