PDB-1z7c: Crystal Structure of Human Placental Lactogen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z7c

タイトル

Crystal Structure of Human Placental Lactogen

要素

Chorionic somatomammotropin hormone

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR /

four-helix bundle protein (ヘリックスバンドル) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of growth / animal organ development /

growth hormone receptor binding / growth hormone receptor signaling pathway / Prolactin receptor signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to nutrient levels / endosome lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Walsh, S.T.R. / Kossiakoff, A.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure and Site 1 Binding Energetics of Human Placental Lactogen.
著者: Walsh, S.T.R. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2005年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z7c.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z7c.ent.gz	34 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a4x-2 3fmv-3 4a1g-3 6u8h-d 3omw-4 4ea9-d 4dfd-2 4kyz-4 3odc-2 3sid-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (8) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (8)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Chorionic somatomammotropin hormone

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.504, 30.047, 53.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-192- HOH

#1: タンパク質	Chorionic somatomammotropin hormone / Choriomammotropin / Lactogen 分子量: 22335.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSH1 / プラスミド: Custom / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01243, UniProt: P0DML2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Chorionic somatomammotropin hormone / Choriomammotropin / Lactogen

分子量: 22335.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSH1 / プラスミド: Custom / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01243, UniProt: P0DML2*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium phosphate, PEG 3400, sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	14-BM-D	1	1
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.9792934, 0.97912954, 0.95373385

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2001年6月3日
CUSTOM-MADE	2	CCD	2002年7月17日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si (111) double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si (111) double-crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9792934	1
3	0.97912954	1
4	0.95373385	1

反射

解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 13322 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.9

反射シェル

解像度: 1.9→1.9 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.503 / % possible all: 70.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 2.7 Å / D res low: 15 Å / FOM : 0.48 / 反射: 4723

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9793	3.5	-9.9
1	3 wavelength	2	0.9791	6	-7.6
1	3 wavelength	3	0.9537	3.6	-2.9

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	23.671	0.147	0	0.203	0.479
2	Se	60	0.573	0.484	0.37	0.628
3	Se	52.555	0.103	0.44	0.301	0.505
4	Se	60	0.331	0.289	0.034	0.615
5	Se	60	0.18	0.239	0.399	0.507

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
8.55-15	0.6	285
5.8-8.55	0.63	414
4.65-5.8	0.59	503
3.99-4.65	0.55	596
3.55-3.99	0.54	656
3.23-3.55	0.45	720
2.98-3.23	0.4	772
2.78-2.98	0.32	777

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.68 / 反射: 4723 / Reflection acentric: 4165 / Reflection centric: 558

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-14.943	0.9	0.94	0.82	193	140	53
4.8-7.7	0.88	0.89	0.82	659	543	116
3.9-4.8	0.87	0.88	0.85	804	702	102
3.4-3.9	0.8	0.81	0.73	814	721	93
2.9-3.4	0.61	0.62	0.49	1416	1289	127
2.7-2.9	0.44	0.45	0.34	837	770	67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
RESOLVE	2.06	位相決定
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 11.418 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26704	1126	9.8 %	RANDOM
R_work	0.22939	-	-	-
obs	0.23308	10328	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.324 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0.61 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.95 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.34 Å	0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1322	0	0	65	1387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.141	1.973	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.406	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.483	23.971	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.704	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.28	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.283	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.216	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.443	1.5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.252	2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.481	3	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.951	4.5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	73	-
R_work	0.286	648	-
obs	-	-	85.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.7971 Å / Origin y: 0.1042 Å / Origin z: 8.6682 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0404 Å²	-0.0163 Å²	-0.0088 Å²	-	-0.0536 Å²	0.0059 Å²	-	-	-0.0207 Å²
L	1.1255 °²	-0.4078 °²	-0.7467 °²	-	0.8713 °²	0.8567 °²	-	-	2.4429 °²
S	-0.0668 Å °	-0.0432 Å °	-0.1178 Å °	0.0133 Å °	-0.0821 Å °	0.0464 Å °	0.0146 Å °	-0.1507 Å °	0.149 Å °

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:gol.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:peg.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:gol.param
X-RAY DIFFRACTION	5	CNS_TOPPAR:peg.param

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