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- PDB-1ahd: DETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF AN ANTENNAPEDIA HO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ahd
タイトルDETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF AN ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
  • Homeotic protein antennapediaホメオシス
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


specification of segmental identity, thorax / anterior/posterior axis specification / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain ...Homeobox protein, antennapedia type / Homeobox protein, antennapedia type, conserved site / 'Homeobox' antennapedia-type protein signature. / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeotic protein antennapedia
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila subobscura (ハエ)
手法溶液NMR
データ登録者Billeter, M. / Qian, Y.Q. / Otting, G. / Muller, M. / Gehring, W.J. / Wuthrich, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Determination of the nuclear magnetic resonance solution structure of an Antennapedia homeodomain-DNA complex.
著者: Billeter, M. / Qian, Y.Q. / Otting, G. / Muller, M. / Gehring, W. / Wuthrich, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Nuclear magnetic resonance spectroscopy of a DNA complex with the uniformly 13C-labeled Antennapedia homeodomain and structure determination of the DNA-bound homeodomain
著者: Qian, Y.Q. / Otting, G. / Billeter, M. / Mueller, M. / Gehring, W.J. / Wuthrich, K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Determination of the Three-Dimensional Structure of the Antennapedia Homeodomain from Drosophila in Solution by 1H Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Billeter, M. / Qian, Y.-Q. / Otting, G. / Mueller, M. / Gehring, W.J. / Wuthrich, K.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: Protein-DNA Contacts in the Structure of a Homeodomain-DNA Complex Determined by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy in Solution
著者: Otting, G. / Qian, Y.Q. / Billeter, M. / Mueller, M. / Affolter, M. / Gehring, W.J. / Wuthrich, K.
#4: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1989
タイトル: The Structure of the Antennapedia Homeodomain Determined by NMR Spectroscopy in Solution: Comparison with Prokaryotic Repressors
著者: Qian, Y.-Q. / Billeter, M. / Otting, G. / Mueller, M. / Gehring, W.J. / Wuthrich, K.
履歴
登録1993年4月2日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年3月30日Group: Structure summary
改定 1.42024年4月10日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')
P: Homeotic protein antennapedia


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2213
ポリマ－17,2213
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / -
代表モデル

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 4337.855 Da / 分子数: 1 / 変異: C39S / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4221.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Homeotic protein antennapedia / ホメオシス


分子量: 8661.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila subobscura (ハエ) / 遺伝子: Antp / 器官: FRUIT果物 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24645

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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