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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1900 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of the SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex | |||||||||
マップデータ | CCP4 Map file of Bacteriophage spp1 Dit-Tal complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage / SPP1 / Tail tip / gp19.1 / Dit / gp21 / Tal / tail adsorption apparatus / infection mechanism | |||||||||
生物種 | unidentified phage (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Goulet A / Lai-Kee-Him J / Veesler D / Auzat I / Robin G / Shepherd DA / Ashcroft AE / Richard E / Lichiere J / Tavares P ...Goulet A / Lai-Kee-Him J / Veesler D / Auzat I / Robin G / Shepherd DA / Ashcroft AE / Richard E / Lichiere J / Tavares P / Cambillau C / Bron P | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011 タイトル: The opening of the SPP1 bacteriophage tail, a prevalent mechanism in Gram-positive-infecting siphophages. 著者: Adeline Goulet / Joséphine Lai-Kee-Him / David Veesler / Isabelle Auzat / Gautier Robin / Dale A Shepherd / Alison E Ashcroft / Eric Richard / Julie Lichière / Paulo Tavares / Christian ...著者: Adeline Goulet / Joséphine Lai-Kee-Him / David Veesler / Isabelle Auzat / Gautier Robin / Dale A Shepherd / Alison E Ashcroft / Eric Richard / Julie Lichière / Paulo Tavares / Christian Cambillau / Patrick Bron / 要旨: The SPP1 siphophage uses its long non-contractile tail and tail tip to recognize and infect the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis. The tail-end cap and its attached tip are the critical ...The SPP1 siphophage uses its long non-contractile tail and tail tip to recognize and infect the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis. The tail-end cap and its attached tip are the critical components for host recognition and opening of the tail tube for genome exit. In the present work, we determined the cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of a complex formed by the cap protein gp19.1 (Dit) and the N terminus of the downstream protein of gp19.1 in the SPP1 genome, gp21(1-552) (Tal). This complex assembles two back-to-back stacked gp19.1 ring hexamers, interacting loosely, and two gp21(1-552) trimers interacting with gp19.1 at both ends of the stack. Remarkably, one gp21(1-552) trimer displays a "closed" conformation, whereas the second is "open" delineating a central channel. The two conformational states dock nicely into the EM map of the SPP1 cap domain, respectively, before and after DNA release. Moreover, the open/closed conformations of gp19.1-gp21(1-552) are consistent with the structures of the corresponding proteins in the siphophage p2 baseplate, where the Tal protein (ORF16) attached to the ring of Dit (ORF15) was also found to adopt these two conformations. Therefore, the present contribution allowed us to revisit the SPP1 tail distal-end architectural organization. Considering the sequence conservation among Dit and the N-terminal region of Tal-like proteins in Gram-positive-infecting Siphoviridae, it also reveals the Tal opening mechanism as a hallmark of siphophages probably involved in the generation of the firing signal initiating the cascade of events that lead to phage DNA release in vivo. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1900.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1900-v30.xml emd-1900.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd-1900.jpg | 75.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1900 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1900_validation.pdf.gz | 210.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1900_full_validation.pdf.gz | 209.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1900_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1900 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CCP4 Map file of Bacteriophage spp1 Dit-Tal complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
全体 | 名称: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex
超分子 | 名称: SPP1 bacteriophage gp19.1-gp21(1-552) complex / タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: This complex assembles two back-to- back stacked gp19.1 ring hexamers, interacting loosely, and two gp21(1-552) trimers interacting with gp19.1 at both ends of the stack Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 730 KDa / 手法: SEC, MALS, RI, UV, QELS |
-分子 #1: gp19.1
分子 | 名称: gp19.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Dit / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified phage (ファージ) / 別称: Dit |
-分子 #2: gp21(1-552)
分子 | 名称: gp21(1-552) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Tal / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified phage (ファージ) / 別称: Tal |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.07 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: Quantifoil R 2/2 grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 102.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Vitrification instrument: Cryoplunge CP3 gatan / 手法: Blot for 2s, both sides |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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温度 | 平均: 98.15 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega JEOL エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | Images recorded on a JEOL 2200FS |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 45591 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 15171 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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詳細 | The initial fit was done by manual docking followed by refinement using the (fit in map) Chimera plugging |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |