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万見
- EMDB-1024: Six molecules of SV40 large T antigen assemble in a propeller-sha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1024
タイトルSix molecules of SV40 large T antigen assemble in a propeller-shaped particle around a channel.
マップデータSV40 T antigen
試料
  • 試料: SV40 T antigen
  • タンパク質・ペプチド: Large T antigenLarge tumor antigen
機能・相同性T antigen, Ori-binding / DNA replication origin binding
機能・相同性情報
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者San Martin C
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 1997
タイトル: Six molecules of SV40 large T antigen assemble in a propeller-shaped particle around a channel.
著者: M C San Martín / C Gruss / J M Carazo /
要旨: The large T antigen of simian virus 40 (SV40) is a multifunctional regulatory protein, responsible for both the control of viral infection and the required alterations of cellular processes. T ...The large T antigen of simian virus 40 (SV40) is a multifunctional regulatory protein, responsible for both the control of viral infection and the required alterations of cellular processes. T antigen is the only viral protein required for viral DNA replication. It binds specifically to the viral origin and as a helicase unwinds the SV40 DNA bidirectionally. The functional complex is a double hexameric oligomer. In the absence of DNA, but in the presence of ATP or a non-hydrolyzable analog, T antigen assembles into hexamers, which are active as a helicase when a partially single-stranded (3') entry site exists on the substrate. We have used negative staining electron microscopy, single particle image processing and three-dimensional reconstruction with a new algebraic reconstruction techniques (ART) algorithm to study the structure of these hexameric particles in the presence of different nucleotide cofactors (ATP, ADP, and the non-hydrolyzable analogs ATPgammaS and AMP-PNP). In every case a strong 6-fold structure was found, with the six density maxima arranged in a ring-like particle around a channel, and a well-defined vorticity. Because these structural features have recently been found in other prokaryotic helicases, they seem to be strongly related to the activity of the protein, which suggests a general functional model conserved through evolution.
履歴
登録2003年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年2月12日-
マップ公開2003年2月12日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 14.104508243
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 14.104508243
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1024.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 478.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SV40 T antigen
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度
表面レベル1: 11.5 / ムービー #1: 14.1045082
最小 - 最大-20.978200000000001 - 26.756599999999999
平均 (標準偏差)-0.00284247 (±5.642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ505050
Spacing505050
セルA=B=C: 190 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z505050
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z190.000190.000190.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS505050
D min/max/mean-20.97826.757-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SV40 T antigen

全体名称: SV40 T antigen
要素
  • 試料: SV40 T antigen
  • タンパク質・ペプチド: Large T antigenLarge tumor antigen

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超分子 #1000: SV40 T antigen

超分子名称: SV40 T antigen / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Large T antigen

分子名称: Large T antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: T antigen / コピー数: 6 / 集合状態: homohexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Simian virus 40 (ウイルス) / 別称: SV40
分子量理論値: 500 KDa
組換発現生物種: AcNPV
配列GO: DNA replication origin binding / InterPro: T antigen, Ori-binding

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.06 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris.HCl pH 7.5 5 mM KCl 1.5 mM MgCl2 0.1 mM DTT 4 mM ADP
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl Acetate
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 5.6 mm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Jeol / 試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 55
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: EIKONIX IEEE 488 / 実像数: 8 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 1472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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