PDB-8tlz: Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tlz

タイトル

Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Receptor Decoys

要素

MHC class I polypeptide-related sequence A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / modified MICA / ligand NKG2D

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response to tumor cell / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell activation / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Preclinical characterization of Pan-NKG2D ligand-binding NKG2D receptor decoys.
著者: Rupert, P.B. / Buerger, M. / Girard, E.J. / Frutoso, M. / Parrilla, D. / Ng, K. / Gooley, T. / Groh, V. / Strong, R.K.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tlz.cif.gz	153.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tlz.ent.gz	119.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tlz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tlz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tlz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8tlz_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	8tlz_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tm0C 8tm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MHC class I polypeptide-related sequence A

B: MHC class I polypeptide-related sequence A

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MHC class I polypeptide-related sequence A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MHC class I polypeptide-related sequence A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.823, 127.823, 157.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	MHC class I polypeptide-related sequence A 分子量: 22144.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q29983

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Peg 3350, DL-Malic acid (pH 7.0)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97648 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97648 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→110.7 Å / Num. obs: 20359 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 19.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.75-2.8	12.2	0.752	995	0.937	0.984	0.221	0.786	1.647	100
2.8-2.85	12.3	0.614	1005	0.944	0.985	0.18	0.641	1.731	100
2.85-2.9	12.3	0.565	983	0.948	0.987	0.165	0.589	1.739	100
2.9-2.96	12.4	0.442	987	0.971	0.993	0.129	0.462	1.748	99.9
2.96-3.03	12.4	0.4	999	0.966	0.991	0.118	0.418	1.812	100
3.03-3.1	12.4	0.298	992	0.982	0.995	0.087	0.311	1.859	100
3.1-3.17	12.5	0.264	994	0.985	0.996	0.076	0.275	1.896	100
3.17-3.26	12.5	0.209	1014	0.986	0.997	0.061	0.218	1.963	100
3.26-3.36	12.5	0.171	989	0.992	0.998	0.05	0.178	1.999	100
3.36-3.46	12.5	0.139	1007	0.993	0.998	0.041	0.145	2.069	100
3.46-3.59	12.6	0.115	999	0.995	0.999	0.033	0.12	2.011	100
3.59-3.73	12.4	0.106	1010	0.996	0.999	0.031	0.11	2.207	100
3.73-3.9	12.6	0.092	1014	0.997	0.999	0.026	0.096	1.928	100
3.9-4.11	12.5	0.081	1019	0.998	1	0.024	0.084	1.833	100
4.11-4.36	12.7	0.07	1013	0.998	0.999	0.02	0.073	1.662	100
4.36-4.7	12.6	0.067	1034	0.998	1	0.019	0.07	1.703	100
4.7-5.17	12.5	0.071	1034	0.998	0.999	0.02	0.074	1.807	99.9
5.17-5.92	12.3	0.075	1045	0.998	0.999	0.022	0.078	1.859	99.9
5.92-7.46	11.6	0.051	1071	0.999	1	0.015	0.053	1.306	100
7.46-50	11.3	0.026	1155	1	1	0.008	0.028	0.653	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→110.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 22.302 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26999	1054	5.2 %	RANDOM
R_work	0.23047	-	-	-
obs	0.23257	19230	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.392 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.24 Å²	-0.62 Å²	0 Å²
2-	-	-1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.75→110.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2637	0	116	50	2803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.979	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.845	3	5777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.611	5	327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.014	23.357	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.224	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.382	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.28	5.596	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.28	5.595	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	8.379	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.263	8.38	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.665	6.042	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.661	6.035	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.867	9.002	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.478	63.622	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.476	63.619	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10190 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.819 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	63	-
R_work	0.303	1379	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0979	-0.5614	-0.0067	5.204	-0.676	0.3452	0.0744	-0.1108	-0.1553	-0.18	0.1683	0.4013	-0.2097	-0.0535	-0.2427	0.2249	0.0192	0.1482	0.0628	0.0446	0.192	-52.87	28.101	10.182
2	0.884	0.5538	-0.4013	5.8486	-0.1425	1.4529	-0.1539	-0.1291	0.0558	0.1873	0.2444	-0.0873	0.154	0.1723	-0.0905	0.1524	0.105	0.0028	0.1248	0.0385	0.0626	-41.99	4.46	19.15

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 175

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 3種, 53分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-糖 , 2種, 3分子

-非ポリマー , 3種, 53分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 3種, 53分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)