+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8t7g | ||||||
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Title | Structure of the CK variant of Fab F1 (FabC-F1) | ||||||
Components | (CK variant of Fab F1 ...) x 2 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / enhanced crystallization / EphA2 binding / engineered protein / Fab | ||||||
Function / homology | DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2024 Title: Engineered antigen-binding fragments for enhanced crystallization of antibody:antigen complexes. Authors: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / ...Authors: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / Atwell, S. / Kossiakoff, A.A. / Sidhu, S.S. #1: Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2018 Title: Locking the Elbow: Improved Antibody Fab Fragments as Chaperones for Structure Determination. Authors: Bailey, L.J. / Sheehy, K.M. / Dominik, P.K. / Liang, W.G. / Rui, H. / Clark, M. / Jaskolowski, M. / Kim, Y. / Deneka, D. / Tang, W.J. / Kossiakoff, A.A. #2: Journal: Plos One / Year: 2020 Title: Rapid and robust antibody Fab fragment crystallization utilizing edge-to-edge beta-sheet packing. Authors: Lieu, R. / Antonysamy, S. / Druzina, Z. / Ho, C. / Kang, N.R. / Pustilnik, A. / Wang, J. / Atwell, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8t7g.cif.gz | 207.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8t7g.ent.gz | 144.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8t7g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/8t7g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8t58C 8t6iC 8t7fSC 8t7iC 8t8iC 8t9yC 8trsC 8trtC 8ts5C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Antibody | Mass: 25332.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fab selected/engineered by phage display / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pSCSTa / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23267.811 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: HAGLSSP replaced by QGTTS Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fab selected/engineered by phage display / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pSCSTa / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 4 types, 222 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 22% PEG8000, 200 mM sodium chloride, 100 mM sodium acetate, pH 4.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2022 / Details: Mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→62.65 Å / Num. obs: 40653 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.88 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.179 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1987 / CC1/2: 0.373 / Rpim(I) all: 0.87 / % possible all: 78.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 8T7F Resolution: 2→62.65 Å / SU ML: 0.2406 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.458 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→62.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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