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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sts | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase (Y181C, V106A) varient in Complex with 5-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)-4-fluorophenoxy)-7-fluoro-2-naphthonitrile (JLJ636), a non-nucleoside inhibitor | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Hydrolase (加水分解酵素) / REVERSE TRANSCRIPTASE (逆転写酵素) / ANTIVIRAL (抗ウイルス薬) / DRUG DESIGN (医薬品設計) / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...: / : / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Hollander, K. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023 タイトル: Exploring novel HIV-1 reverse transcriptase inhibitors with drug-resistant mutants: A double mutant surprise. 著者: Hollander, K. / Chan, A.H. / Frey, K.M. / Hunker, O. / Ippolito, J.A. / Spasov, K.A. / Yeh, Y.J. / Jorgensen, W.L. / Ho, Y.C. / Anderson, K.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sts.cif.gz | 382.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sts.ent.gz | 302.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/8sts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/8sts | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64014.309 Da / 分子数: 2 / 変異: Y181C, V106A, C280S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素, DNAポリメラーゼ, retroviral ribonuclease H #2: タンパク質 | 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P03366 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM HEPES pH 7.0, 20% PEG 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.920105 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.920105 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.02→128.312 Å / Num. obs: 56957 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.02→3.072 Å / Rmerge(I) obs: 2.914 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2810 / CC1/2: 0.375 / Rpim(I) all: 1.15 / Rrim(I) all: 3.134 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EET 解像度: 3.02→38.11 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.02→38.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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