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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eet | ||||||
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タイトル | HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR MSC204 | ||||||
要素 | (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE逆転写酵素) x 2 | ||||||
キーワード | Viral protein (ウイルスタンパク質) / transferase (転移酵素) / Heterodimer / protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA ...HIV-1 retropepsin / : / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / : / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / 逆転写酵素 / viral genome integration into host DNA / viral penetration into host nucleus / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNAポリメラーゼ / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.73 Å | ||||||
データ登録者 | Hogberg, M. / Sahlberg, C. / Engelhardt, P. / Noreen, R. / Kangasmetsa, J. / Johansson, N.G. / Oberg, B. / Vrang, L. / Zhang, H. / Sahlberg, B.L. ...Hogberg, M. / Sahlberg, C. / Engelhardt, P. / Noreen, R. / Kangasmetsa, J. / Johansson, N.G. / Oberg, B. / Vrang, L. / Zhang, H. / Sahlberg, B.L. / Unge, T. / Lovgren, S. / Fridborg, K. / Backbro, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1999 タイトル: Urea-PETT compounds as a new class of HIV-1 reverse transcriptase inhibitors. 3. Synthesis and further structure-activity relationship studies of PETT analogues. 著者: Hogberg, M. / Sahlberg, C. / Engelhardt, P. / Noreen, R. / Kangasmetsa, J. / Johansson, N.G. / Oberg, B. / Vrang, L. / Zhang, H. / Sahlberg, B.L. / Unge, T. / Lovgren, S. / Fridborg, K. / Backbro, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eet.cif.gz | 204.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eet.ent.gz | 162 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eet.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/1eet | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64160.551 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-557 / 変異: E478Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: BH10 / プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49927.422 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1001-1427 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 遺伝子: BH10 / プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, 逆転写酵素 |
#3: 化合物 | ChemComp-BFU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Ammonium Sulfate, Potassium chloride, HEPES, Magnesium Chloride , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: This particular structure is not described in this paper. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.375 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.375 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.73→47.5 Å / Num. all: 39238 / Num. obs: 36910 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 53.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.73→2.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Num. unique all: 5540 / % possible all: 88.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.73→47.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2977863.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.73→47.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.73→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 51.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.381 / % reflection Rfree: 4.6 % / Rfactor Rwork: 0.33 |