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Yorodumi- PDB-8skb: Crystal Structure of GDP-mannose 3,5 epimerase de Myrciaria dubia... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8skb | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of GDP-mannose 3,5 epimerase de Myrciaria dubia in complex with NAD | ||||||||||||
Components | GDP-mannose 3,5 epimerase | ||||||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / GDP-mannose 3 / 5 epimerase / Enzyme | ||||||||||||
Function / homology | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Myrciaria dubia (camu-camu) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.58 Å | ||||||||||||
Authors | Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
Funding support | Peru, Brazil, 3items
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Citation | Journal: J.Exp.Bot. / Year: 2024 Title: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit camu-camu. Authors: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8skb.cif.gz | 527.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8skb.ent.gz | 434.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8skb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7smlC 8sccC 8sg0C 8usuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46500.715 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Myrciaria dubia (camu-camu) / Plasmid: pET151/D-TOPO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: GDP-mannose 3,5-epimerase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH8.5, 30% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS SIRIUS / Beamline: MANACA / Wavelength: 0.97718 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 9, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97718 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→107.2 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.3 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.302 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 294769 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.67 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.343 / Num. measured all: 27532 / Num. unique obs: 4579 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.6 / Rrim(I) all: 1.476 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.58→107.2 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.58→107.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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