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Yorodumi- PDB-8sg0: Crystal Structure of GDP-manose 3,5 epimerase de Myrciaria dubia ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sg0 | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of GDP-manose 3,5 epimerase de Myrciaria dubia in complex with substrate, product and NAD | ||||||||||||
Components | GDP-mannose 3,5-epimerase | ||||||||||||
Keywords | PLANT PROTEIN / L-galactose 1-dehydrogenase / Enzyme | ||||||||||||
Function / homology | GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-GALACTOSE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Myrciaria dubia (camu-camu) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25 Å | ||||||||||||
Authors | Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
Funding support | Peru, Brazil, 3items
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Citation | Journal: J.Exp.Bot. / Year: 2024 Title: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit camu-camu. Authors: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sg0.cif.gz | 322.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sg0.ent.gz | 255.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sg0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sg0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7smlC 8sccC 8skbC 8usuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 46500.715 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Myrciaria dubia (camu-camu) / Plasmid: pET151/D-TOPO / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): DE3 / References: GDP-mannose 3,5-epimerase |
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-Non-polymers , 5 types, 1090 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.89 Å3/Da / Density % sol: 35.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris 8.5, 30 % w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.25→44.81 Å / Num. obs: 184491 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 1145495 |
Reflection shell | Resolution: 1.25→1.27 Å / % possible obs: 67.4 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Num. measured all: 22357 / Num. unique obs: 6305 / CC1/2: 0.831 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.48 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 2.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.25→44.81 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 15.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.25→44.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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