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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sih | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PRMT4 with Compound YD1-289 | ||||||
要素 | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / PRMT4 / YD1-289 / TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal ...: / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / protein methyltransferase activity / histone arginine N-methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / histone methyltransferase activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / response to cAMP / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / Heme signaling / lysine-acetylated histone binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / RMTs methylate histone arginines / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Circadian Clock / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of PRMT4 with Compound YD1-289 著者: Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sih.cif.gz | 87.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sih.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sih | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | This construct only comprises the methyltransferase domain of CARM1 (PRMT4). The authors do not know the quaternary structure of this domain in isolation. However, the software PISA predicts it to be a dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40946.520 Da / 分子数: 1 / 断片: methyltransferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CARM1, PRMT4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86X55, type I protein arginine methyltransferase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-I1K / 分子量: 609.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43N11O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5 M Ammonium chloride, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 25134 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.741 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 206006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 6.047 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.216 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→45.38 Å
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拘束条件 |
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