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- PDB-8rxr: Crystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxr
タイトルCrystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024
要素Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / Complex / Kinase (キナーゼ) / Autophagy (オートファジー) / Drug Discovery (創薬) / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity ...Toll Like Receptor 9 (TLR9) Cascade / protein lipidation / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / positive regulation by host of viral genome replication / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / protein localization to phagophore assembly site / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / phosphatidylinositol-mediated signaling / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / オートファゴソーム / PI3キナーゼ / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / オートファジー / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / axoneme / autophagosome maturation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / autophagosome assembly / PI3K Cascade / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / regulation of cytokinesis / regulation of autophagy / オートファジー / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / オートファジー / ペルオキシソーム / エンドサイトーシス / phagocytic vesicle membrane / late endosome / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / kinase activity / midbody / エンドソーム / protein kinase activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / リン酸化 / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase ...Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / イミダゾール / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Yu, Y. / Bogdan, M. / Parpal, S. / Silvander, C. / Lindstrom, J. / Simeon, J. / Timson, M.J. / Al-Hashimi, H. / Smith, B.D. ...Tresaugues, L. / Yu, Y. / Bogdan, M. / Parpal, S. / Silvander, C. / Lindstrom, J. / Simeon, J. / Timson, M.J. / Al-Hashimi, H. / Smith, B.D. / Flynn, D.L. / Viklund, J. / Martinsson, J. / De Milito, A. / Andersson, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Oncol / 年: 2024
タイトル: Combining VPS34 inhibitors with STING agonists enhances type I interferon signaling and anti-tumor efficacy.
著者: Yu, Y. / Bogdan, M. / Noman, M.Z. / Parpal, S. / Bartolini, E. / Van Moer, K. / Kleinendorst, S.C. / Bilgrav Saether, K. / Tresaugues, L. / Silvander, C. / Lindstrom, J. / Simeon, J. / ...著者: Yu, Y. / Bogdan, M. / Noman, M.Z. / Parpal, S. / Bartolini, E. / Van Moer, K. / Kleinendorst, S.C. / Bilgrav Saether, K. / Tresaugues, L. / Silvander, C. / Lindstrom, J. / Simeon, J. / Timson, M.J. / Al-Hashimi, H. / Smith, B.D. / Flynn, D.L. / Alexeyenko, A. / Viklund, J. / Andersson, M. / Martinsson, J. / Pokrovskaja Tamm, K. / De Milito, A. / Janji, B.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,80216
ポリマ－137,1132
非ポリマー1,68914
水10,629590
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 69.5 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5109
ポリマ－68,5561
非ポリマー9538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 69.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2927
ポリマ－68,5561
非ポリマー7366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)288.824, 98.65, 62.895
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.266, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1283-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3 / PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 ...PI3-kinase type 3 / PI3K type 3 / PtdIns-3-kinase type 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase p100 subunit / Phosphoinositide-3-kinase class 3 / hVps34


分子量: 68556.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Construct encompassing helical and catalytic domains of VPS34
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C3, VPS34 / プラスミド: pNIC28-Bsa24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q8NEB9, PI3キナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 604分子

#2: 化合物 ChemComp-A1H4E / 4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]-3H-pyridin-6-one


分子量: 345.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22F3N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 % / 解説: Large plates
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22.5 % PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: flux of nitrogen 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97802 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→49.374 Å / Num. obs: 108408 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10600 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.73 / Rrim(I) all: 1.164 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→49.374 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.177 / SU B: 4.677 / SU ML: 0.118 / Average fsc free: 0.9583 / Average fsc work: 0.9691 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 5315 4.904 %
Rwork0.1816 103076 -
all0.184 --
obs-108391 99.481 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 47.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.131 Å2-0 Å2-1.143 Å2
2---0.735 Å20 Å2
3---0.953 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→49.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8728 0 105 590 9423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0129044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.8612216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4671.78220283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.69451084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.213552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.685101687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.94310429
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21998
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.27884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.24457
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.24643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1210.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1410.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7314.4624321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7314.4624321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8678.0175403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8668.0175404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7984.9734723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7984.9744724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9248.9246810
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9248.9246811
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.32242.81610451
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.32242.81810452
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.06-2.1130.3543680.31876060.3280330.910.92299.26550.319
2.113-2.1710.3073980.29873740.29878420.9360.93799.10740.294
2.171-2.2340.2843600.26671810.26675520.940.95299.85430.257
2.234-2.3030.2793370.23669790.23873490.9530.96399.5510.222
2.303-2.3780.2513320.21368060.21571620.9620.97299.66490.195
2.378-2.4610.2533430.20965760.21269560.9610.97499.46810.19
2.461-2.5540.2473720.20962610.21166690.9620.97499.46020.189
2.554-2.6580.2483420.20360650.20564560.9650.97799.2410.183
2.658-2.7760.2563360.19157980.19561450.960.97999.8210.176
2.776-2.9110.2662760.20156310.20459220.9560.97699.74670.187
2.911-3.0680.2362760.19253170.19456280.9650.97899.37810.182
3.068-3.2530.2362680.20550390.20753330.9670.97699.51250.198
3.253-3.4760.2462260.20547360.20750080.9710.97999.08150.201
3.476-3.7530.2651850.20144460.20446420.9610.98199.7630.201
3.753-4.1090.1792170.15840950.15943190.9810.98799.83790.16
4.109-4.590.1611670.12436950.12638990.9850.99199.0510.132
4.59-5.2930.1981570.13332850.13634700.980.99199.19310.142
5.293-6.4640.2031520.15827760.1629290.9830.98999.96590.164
6.464-9.0640.181250.13121640.13423030.9860.99199.39210.143
9.064-49.3740.175780.12912460.13213290.9840.9999.62380.142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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